Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Eepd1-201ENSMUST00000040677 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Casp3-201ENSMUST00000093517 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Matk-202ENSMUST00000117488 1980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Auh-202ENSMUST00000110031 3235 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Rassf1-204ENSMUST00000122225 1783 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 B4galt3-205ENSMUST00000126699 1758 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Fxyd6-201ENSMUST00000085939 1788 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Rassf1-202ENSMUST00000093786 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 C130026I21Rik-201ENSMUST00000064341 1561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Cd302-202ENSMUST00000074606 1354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 A430078I02Rik-202ENSMUST00000154066 2233 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Gnb1-203ENSMUST00000165335 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Epha10-201ENSMUST00000059343 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Stxbp5l-202ENSMUST00000114775 1691 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Mpped2-202ENSMUST00000111063 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Dock3-201ENSMUST00000044532 9063 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 AC153794.1-201ENSMUST00000169148 126 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Tecr-201ENSMUST00000019382 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 AC108846.1-201ENSMUST00000214531 513 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 AC164629.2-201ENSMUST00000217916 270 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 AC107711.5-202ENSMUST00000226429 702 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Ptp4a2-201ENSMUST00000030578 3646 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Plekhf1-201ENSMUST00000098513 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Eral1-201ENSMUST00000021183 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Atoh1-201ENSMUST00000101351 2121 ntAPPRIS P1 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Bmi1-201ENSMUST00000028071 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Celf3-208ENSMUST00000198316 2505 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Neil3-201ENSMUST00000047768 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Clcn2-202ENSMUST00000120099 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Gm26825-201ENSMUST00000181751 2026 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Shd-201ENSMUST00000044216 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Gm45203-201ENSMUST00000206384 1831 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Kxd1-202ENSMUST00000117580 696 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Gm15889-201ENSMUST00000159142 1083 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Gm44430-201ENSMUST00000203376 995 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Gm44771-201ENSMUST00000206975 626 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Gm31727-201ENSMUST00000210102 360 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Tmem270-201ENSMUST00000047305 932 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Olfr601-201ENSMUST00000080474 990 ntAPPRIS P1 BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Pla2g12b-201ENSMUST00000009790 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Amfr-201ENSMUST00000053766 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 2810459M11Rik-202ENSMUST00000165824 3331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Slc6a8-206ENSMUST00000164449 2151 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Myo16-204ENSMUST00000208309 2462 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Ntn1-202ENSMUST00000108674 5874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 6430573F11Rik-202ENSMUST00000135373 2573 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Fam46c-201ENSMUST00000061455 5640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Lrig1-201ENSMUST00000032105 4831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Acsl3-205ENSMUST00000142704 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Ociad2-202ENSMUST00000200776 2359 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 A130048G24Rik-201ENSMUST00000193052 2750 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Casp8-204ENSMUST00000191201 1849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Nmnat3-201ENSMUST00000112935 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Dok3-201ENSMUST00000047877 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Rnf26-208ENSMUST00000185479 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
Sf3b1Q99NB9 Cspg5-202ENSMUST00000196060 3790 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Gm7935-201ENSMUST00000100555 1278 ntBASIC17.46■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 2410004I01Rik-201ENSMUST00000138424 1187 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Platr15-201ENSMUST00000147128 768 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Gm13054-201ENSMUST00000154192 820 ntTSL 3 BASIC17.46■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Syne4-208ENSMUST00000176304 1006 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Mrps18a-201ENSMUST00000024763 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Tesc-201ENSMUST00000031304 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 4930451I11Rik-201ENSMUST00000061695 481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Kcns2-201ENSMUST00000072868 5456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Sox4-201ENSMUST00000067230 4795 ntAPPRIS P1 BASIC17.45■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Prkcg-202ENSMUST00000172109 2119 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Pkp4-202ENSMUST00000102754 4614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Sft2d2-201ENSMUST00000043338 5535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Fam3a-206ENSMUST00000114143 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Gprin1-202ENSMUST00000135343 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Man2a2-201ENSMUST00000098346 6554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Nsun5-201ENSMUST00000000940 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Gm45412-201ENSMUST00000210217 2275 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Tpm1-215ENSMUST00000113705 1759 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Zscan10-204ENSMUST00000118369 1006 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Gm13830-201ENSMUST00000124378 417 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Gm5864-201ENSMUST00000202263 970 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Lmo1-203ENSMUST00000208136 772 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Gm16638-201ENSMUST00000148687 1865 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Gm15743-202ENSMUST00000182690 1901 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Ankrd63-201ENSMUST00000104937 4861 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Atp6v1c1-201ENSMUST00000022904 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Gbe1-206ENSMUST00000170464 2736 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Tedc2-201ENSMUST00000024930 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Ghrhr-201ENSMUST00000063578 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Nrbp1-207ENSMUST00000202576 2221 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Nrbp1-201ENSMUST00000031034 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Fcgrt-203ENSMUST00000210642 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Nhs-201ENSMUST00000081569 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Srrm2-209ENSMUST00000190686 8864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Slc26a10-205ENSMUST00000222911 3067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Kmt5b-202ENSMUST00000052699 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Cnpy1-202ENSMUST00000118882 1984 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 0610009B22Rik-202ENSMUST00000109098 892 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Chchd2-ps-201ENSMUST00000117487 462 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Gm13884-201ENSMUST00000118103 829 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Ssr2-205ENSMUST00000193934 569 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 Hs3st2-202ENSMUST00000206880 1149 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Sf3b1Q99NB9 1810010D01Rik-204ENSMUST00000208788 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.8 ms