Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Vsig10l-204ENSMUST00000203769 2473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11750-201ENSMUST00000146016 583 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Bl-201ENSMUST00000173080 1138 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4189-202ENSMUST00000174167 367 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Hsd3b2-203ENSMUST00000177651 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Bl-204ENSMUST00000184502 862 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Zmym3-204ENSMUST00000118092 1502 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Magi3-203ENSMUST00000122303 3827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Dcdc2c-206ENSMUST00000221349 2209 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6089-201ENSMUST00000197666 938 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm40849-201ENSMUST00000222330 603 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Puf60-201ENSMUST00000002599 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Slc16a3-202ENSMUST00000100130 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Slc35g1-201ENSMUST00000054098 3471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Tcp11-202ENSMUST00000043925 1746 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Sclt1-201ENSMUST00000026866 3005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8839-201ENSMUST00000121279 1645 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Rflna-201ENSMUST00000036109 1681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc27-202ENSMUST00000106961 1863 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Frs3os-201ENSMUST00000136531 978 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 D530014G21Rik-201ENSMUST00000208416 587 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb48-201ENSMUST00000066715 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5898-201ENSMUST00000121016 2071 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gpaa1-201ENSMUST00000023221 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Plppr2-203ENSMUST00000190387 2608 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Lncpint-201ENSMUST00000115107 1676 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Hs3st1-201ENSMUST00000053116 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12480-201ENSMUST00000129576 774 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem141-205ENSMUST00000142087 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 AL669916.2-201ENSMUST00000213219 358 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 3830406C13Rik-207ENSMUST00000223927 1010 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Casq1-201ENSMUST00000003554 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 AC154527.4-201ENSMUST00000224364 1667 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Zswim1-201ENSMUST00000017908 2705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11779-201ENSMUST00000118541 368 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Coa3-201ENSMUST00000017332 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21887-203ENSMUST00000180251 531 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Grwd1-201ENSMUST00000107723 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 N6amt1-201ENSMUST00000054442 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Osgin2-201ENSMUST00000037198 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Kmt5b-203ENSMUST00000113968 3216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Asph-204ENSMUST00000084915 2884 ntTSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem198-201ENSMUST00000050899 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 AC124392.1-201ENSMUST00000225172 5324 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Mras-201ENSMUST00000035045 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Rab37-202ENSMUST00000067754 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Cgn-204ENSMUST00000155485 2361 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4995-201ENSMUST00000117247 432 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9172-201ENSMUST00000212092 954 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5364-201ENSMUST00000216789 889 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Lrr1-203ENSMUST00000222520 767 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Lhb-201ENSMUST00000072453 678 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Psma5-201ENSMUST00000090569 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Tuba1c-201ENSMUST00000058914 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Cdk13-201ENSMUST00000042365 5202 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem254c-202ENSMUST00000100819 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo17-205ENSMUST00000167118 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem176a-202ENSMUST00000168406 1086 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6550-201ENSMUST00000187574 993 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Tdrkh-208ENSMUST00000200486 1231 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45144-201ENSMUST00000207473 354 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Cfd-202ENSMUST00000217837 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Lgi2-201ENSMUST00000039750 6456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Acss2-202ENSMUST00000065973 2876 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Opn4-202ENSMUST00000168444 2075 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Krt83-201ENSMUST00000023718 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Vegfa-201ENSMUST00000024747 2765 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Naprt-201ENSMUST00000023237 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Fam155a-206ENSMUST00000208933 1569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb22-201ENSMUST00000053429 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Homer2-206ENSMUST00000207983 1634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Sec22b-202ENSMUST00000122288 1177 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 4930570G19Rik-204ENSMUST00000149387 986 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Egfl8-201ENSMUST00000015611 1150 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Nat8b-ps-201ENSMUST00000162660 699 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 4930445N18Rik-202ENSMUST00000181345 1033 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Urah-204ENSMUST00000185612 716 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Urah-207ENSMUST00000211372 688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Urah-201ENSMUST00000026554 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Egfl8-202ENSMUST00000097345 1064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88bQ4QRL3 Slc9a2-201ENSMUST00000027231 5019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Syde2-201ENSMUST00000039517 5495 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Bean1-201ENSMUST00000093245 3199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Hcn2-202ENSMUST00000099513 3195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Pqlc1-202ENSMUST00000091798 1989 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Gjb1-201ENSMUST00000052130 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 9530059O14Rik-202ENSMUST00000181682 2093 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Pak1ip1-201ENSMUST00000046951 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 AC110091.2-202ENSMUST00000216718 1148 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Aqp12-201ENSMUST00000059676 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Chsy3-201ENSMUST00000080721 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Serinc2-203ENSMUST00000122374 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5a1-201ENSMUST00000026495 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Gm36447-201ENSMUST00000201101 1978 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Dnal4-201ENSMUST00000023055 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc42ep3-201ENSMUST00000068958 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Mid1ip1-202ENSMUST00000115524 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Mid1ip1-201ENSMUST00000008179 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Olfr1564-201ENSMUST00000112162 1091 ntAPPRIS P2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13431-203ENSMUST00000147012 388 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23 ms