Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 4930478K11Rik-201ENSMUST00000181875 715 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Gm27359-201ENSMUST00000184153 110 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Gm27785-201ENSMUST00000184268 110 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Gm27466-201ENSMUST00000184396 110 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Gm27703-201ENSMUST00000184836 110 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Zfp524-202ENSMUST00000207901 1263 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 AC127302.2-201ENSMUST00000215212 268 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Gm5628-201ENSMUST00000222318 1049 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Iqcf3-201ENSMUST00000062917 1131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Slc35b2-202ENSMUST00000223987 1766 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Nr1h2-203ENSMUST00000107911 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Zscan12-201ENSMUST00000053293 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Sfrp2-201ENSMUST00000029625 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Eif4g3-201ENSMUST00000058133 2663 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Yipf2-201ENSMUST00000034700 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Nrip2-202ENSMUST00000120405 1468 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Tssc4-206ENSMUST00000177841 1364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Dhdds-202ENSMUST00000105885 998 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 2410004P03Rik-203ENSMUST00000190691 953 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 D530033B14Rik-201ENSMUST00000205412 546 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Slc38a10-202ENSMUST00000053692 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Bend7-204ENSMUST00000184139 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Coq10a-205ENSMUST00000220027 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Gm45141-201ENSMUST00000206502 1888 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Gabra4-205ENSMUST00000199357 2407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Meox1-201ENSMUST00000057054 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Kdm1a-203ENSMUST00000116273 3008 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Isyna1-201ENSMUST00000019283 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 0610005C13Rik-201ENSMUST00000209416 856 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Men1-205ENSMUST00000113501 2508 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Tk2-201ENSMUST00000050211 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Map2k1-201ENSMUST00000005066 2436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
Scn4aQ9ER60 Rps6kb2-202ENSMUST00000118483 1409 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Gm42934-201ENSMUST00000196920 1345 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Gpr160-207ENSMUST00000166278 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Pou2f2-206ENSMUST00000108418 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 9530059O14Rik-202ENSMUST00000181682 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Ilvbl-204ENSMUST00000218271 1606 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Ifna12-201ENSMUST00000102806 797 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Wdr38-202ENSMUST00000112872 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Lcn6-202ENSMUST00000114197 635 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Gm35549-203ENSMUST00000204619 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Prrg2-207ENSMUST00000210500 922 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 AC155729.1-201ENSMUST00000227758 544 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Rxfp4-201ENSMUST00000063119 1245 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 AL590614.2-201ENSMUST00000225374 1937 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Vps53-203ENSMUST00000108419 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 1700051A21Rik-201ENSMUST00000147937 1516 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Ninj2-202ENSMUST00000112711 853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Gm6226-201ENSMUST00000117765 1146 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Trp53tg5-201ENSMUST00000017864 934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Cldn25-ps-201ENSMUST00000197641 693 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Lmcd1-201ENSMUST00000032376 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Sirt4-202ENSMUST00000112067 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Dtx3-204ENSMUST00000130855 1925 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Gfra1-208ENSMUST00000152507 1937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Dtx3-201ENSMUST00000038217 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Mettl27-203ENSMUST00000111218 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Pgc-201ENSMUST00000024782 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Rpap3-201ENSMUST00000023104 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Igfbpl1-201ENSMUST00000044297 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Gm42560-201ENSMUST00000201216 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Tmem86b-204ENSMUST00000206610 522 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Lca5l-201ENSMUST00000054855 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Dnajb9-201ENSMUST00000015049 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Best4-ps-201ENSMUST00000129783 1380 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Mff-211ENSMUST00000161648 1715 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Isoc2a-201ENSMUST00000125249 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Relb-202ENSMUST00000094762 2209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Relb-203ENSMUST00000098754 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Skor2-201ENSMUST00000166956 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Rpl39-201ENSMUST00000115231 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Mmab-203ENSMUST00000123256 1277 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Cmtm5-201ENSMUST00000037814 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Wfdc6b-201ENSMUST00000094346 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Emd-203ENSMUST00000096424 896 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Mag-207ENSMUST00000191081 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Kcng2-201ENSMUST00000077962 2813 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Tmod2-207ENSMUST00000215462 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Ghr-203ENSMUST00000110698 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Ffar2-203ENSMUST00000168528 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Ube2f-210ENSMUST00000191368 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Gm10253-201ENSMUST00000194270 940 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 CT030161.3-201ENSMUST00000218235 367 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Cort-201ENSMUST00000030815 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Reep6-201ENSMUST00000040081 850 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Atat1-214ENSMUST00000149277 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Hsf1-205ENSMUST00000227478 2084 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Hsd17b14-201ENSMUST00000107752 1400 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Mapkapk2-201ENSMUST00000016672 2854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Mmab-202ENSMUST00000112245 644 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Gm11185-201ENSMUST00000117732 1007 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Gm15653-201ENSMUST00000119247 907 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Slc25a5-201ENSMUST00000016463 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Hsf4-207ENSMUST00000174837 1251 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Kansl3-206ENSMUST00000187628 336 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Lsamp-207ENSMUST00000189229 637 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Lsamp-210ENSMUST00000191610 1297 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 Gm45785-201ENSMUST00000209690 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Scn4aQ9ER60 AC125350.2-201ENSMUST00000224737 727 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 47.7 ms