Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Tead3-205ENSMUST00000154873 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Elac2-202ENSMUST00000101049 2884 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Zfp655-206ENSMUST00000200039 1765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Usb1-201ENSMUST00000034245 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Snx11-202ENSMUST00000107661 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Traf1P39428 4933434E20Rik-209ENSMUST00000162114 1411 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Arhgef25-212ENSMUST00000222006 1896 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Paip2-201ENSMUST00000041314 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Mmp28-201ENSMUST00000021020 2311 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Aqp5-202ENSMUST00000169082 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Cwh43-201ENSMUST00000031040 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Gm7153-201ENSMUST00000117092 455 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Gm14464-201ENSMUST00000119658 1254 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Hotairm1-202ENSMUST00000132559 713 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 0610025J13Rik-203ENSMUST00000180374 713 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 AC107711.5-202ENSMUST00000226429 702 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Gtpbp3-208ENSMUST00000168847 2803 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Fam109a-203ENSMUST00000198271 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Eif4g3-202ENSMUST00000084214 6139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Mex3a-201ENSMUST00000172699 5778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 4930447C04Rik-202ENSMUST00000110489 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 H2-DMb1-201ENSMUST00000114232 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Anxa2-201ENSMUST00000034756 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Ccdc69-201ENSMUST00000055040 1402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 2210016L21Rik-201ENSMUST00000031538 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Nf2-205ENSMUST00000109910 4720 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Zfp264-201ENSMUST00000208656 1563 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
Traf1P39428 C230012O17Rik-201ENSMUST00000130085 2999 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Med18-201ENSMUST00000102567 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Cpd-201ENSMUST00000021201 7946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Chst2-201ENSMUST00000036267 7328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Cops6-201ENSMUST00000019638 1787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Fam57b-207ENSMUST00000207020 1777 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
Traf1P39428 Spi1-201ENSMUST00000002180 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Yif1b-203ENSMUST00000108238 1126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Mis18bp1-202ENSMUST00000124201 717 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Gm28402-201ENSMUST00000188574 373 ntTSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Fuz-206ENSMUST00000207485 1140 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Mrpl36-202ENSMUST00000221730 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Lrp3-201ENSMUST00000118444 3877 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Hsd17b1-201ENSMUST00000019445 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Nagpa-203ENSMUST00000147567 2230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Bcl7b-203ENSMUST00000111188 1434 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Cct8-201ENSMUST00000026704 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Mtcl1-201ENSMUST00000086693 7221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Pla2g2c-201ENSMUST00000030530 1618 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Igdcc4-205ENSMUST00000213533 6220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Igdcc4-201ENSMUST00000035499 6223 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Il17re-208ENSMUST00000204774 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Phf20l1-201ENSMUST00000048188 6670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Foxp4-204ENSMUST00000113265 3999 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Ctsg-201ENSMUST00000015583 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Traf1P39428 E2f7-205ENSMUST00000173634 827 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Ankrd40-201ENSMUST00000021227 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Prm2-201ENSMUST00000037996 621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Sh3glb1-205ENSMUST00000199854 1416 ntTSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Fxyd6-201ENSMUST00000085939 1788 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Enoph1-202ENSMUST00000169390 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Irgc1-204ENSMUST00000205776 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Ing1-202ENSMUST00000209565 1971 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Dusp8-201ENSMUST00000039926 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Adnp-202ENSMUST00000088001 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Ntrk1-201ENSMUST00000029712 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Abi1-215ENSMUST00000178908 2239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Pigl-201ENSMUST00000014389 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Rad23a-202ENSMUST00000109761 1842 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Mrpl49-201ENSMUST00000007482 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Fgf17-201ENSMUST00000022697 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Madcam1-201ENSMUST00000020554 1436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Nfe2l1-202ENSMUST00000107657 3869 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Lcn12-202ENSMUST00000114245 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Dohh-202ENSMUST00000121047 946 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Mras-203ENSMUST00000122384 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Gm28051-201ENSMUST00000179306 445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Gm43077-201ENSMUST00000200602 491 ntTSL 3 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 D830030K20Rik-204ENSMUST00000225885 1142 ntBASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Tomm22-201ENSMUST00000023062 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Atg101-201ENSMUST00000048393 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Sec61b-201ENSMUST00000065678 564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Cmtm7-202ENSMUST00000084867 874 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Col13a1-204ENSMUST00000105453 2935 ntTSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Clcn2-202ENSMUST00000120099 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Slc16a7-205ENSMUST00000210780 2562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Rara-204ENSMUST00000107475 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 St3gal3-203ENSMUST00000106410 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Nrxn2-202ENSMUST00000113458 3503 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Prrt4-201ENSMUST00000159200 3411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Crhr2-203ENSMUST00000114374 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Spats2l-212ENSMUST00000170139 2315 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Alkal1-201ENSMUST00000133144 971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Mthfsl-204ENSMUST00000186863 725 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Umpk-ps-201ENSMUST00000211897 827 ntBASIC19.11■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Dhx32-201ENSMUST00000033290 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Manbal-201ENSMUST00000081202 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Gm26548-201ENSMUST00000181165 2029 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Tjp1-202ENSMUST00000102592 7049 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Erlin1-201ENSMUST00000071698 3228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Acsl3-205ENSMUST00000142704 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Traf1P39428 B4galnt4-201ENSMUST00000048002 3556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
Traf1P39428 Eif4a2-201ENSMUST00000023599 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.1 ms