Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Zc3h14-203ENSMUST00000110104 3146 ntTSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Nfe2l1-202ENSMUST00000107657 3869 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Msx2-201ENSMUST00000021922 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Smim1-210ENSMUST00000146054 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Prima1-201ENSMUST00000074416 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Hnrnph1-201ENSMUST00000069304 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Neo1-201ENSMUST00000068664 7379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Tnfsf14-201ENSMUST00000005976 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Zdhhc6-207ENSMUST00000224897 2168 ntAPPRIS P1 BASIC16.2■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 6430573F11Rik-202ENSMUST00000135373 2573 ntTSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Spg21-202ENSMUST00000213957 1302 ntTSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Mrs2-201ENSMUST00000021772 7035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Anxa2-201ENSMUST00000034756 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Rasd1-201ENSMUST00000062405 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Trim45-202ENSMUST00000094048 1815 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Dusp9-201ENSMUST00000019701 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Casp9-201ENSMUST00000030747 3897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Matk-202ENSMUST00000117488 1980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Ppan-201ENSMUST00000004203 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Gm24589-201ENSMUST00000116692 94 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem178b-203ENSMUST00000180886 712 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Gm44771-201ENSMUST00000206975 626 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Gm31727-201ENSMUST00000210102 360 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Mgarp-201ENSMUST00000038154 1232 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Syt9-201ENSMUST00000073459 3817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Spr-ps1-201ENSMUST00000089584 605 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Uri1-201ENSMUST00000085513 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Taok3-203ENSMUST00000111978 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Sntg2-201ENSMUST00000021004 2411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 A130014A01Rik-201ENSMUST00000183021 2323 ntBASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Fam57b-201ENSMUST00000079423 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Gm17055-201ENSMUST00000166951 2232 ntTSL 5 BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Picalm-206ENSMUST00000207484 8209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Cep104-201ENSMUST00000047497 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Cdv3-201ENSMUST00000035484 3387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Dag1-201ENSMUST00000080435 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Rpf1-201ENSMUST00000029838 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd17-202ENSMUST00000081914 8057 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Axin1-203ENSMUST00000163421 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Bpifb4-203ENSMUST00000109759 2115 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Stambpl1-201ENSMUST00000054956 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Rara-204ENSMUST00000107475 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Zcchc4-203ENSMUST00000113904 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Ppt2-205ENSMUST00000169067 1392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Thsd7a-202ENSMUST00000119581 5678 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Stk3-201ENSMUST00000018476 2914 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Prkcz-203ENSMUST00000105624 694 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Urah-202ENSMUST00000106050 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 1810010H24Rik-201ENSMUST00000106767 1100 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Gm14964-202ENSMUST00000149574 716 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 AC156576.2-201ENSMUST00000222752 503 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Lce1a1-201ENSMUST00000074142 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Exosc5-201ENSMUST00000079634 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Klhdc8b-210ENSMUST00000193895 2718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnk4-201ENSMUST00000025908 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Prmt2-202ENSMUST00000099571 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Shroom4-202ENSMUST00000103005 4839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Rbbp7-203ENSMUST00000112327 1862 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Gcat-202ENSMUST00000171999 1763 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Rasa2-201ENSMUST00000034984 5813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Mmd-202ENSMUST00000107887 1654 ntTSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Pick1-206ENSMUST00000166155 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Dtnbp1-203ENSMUST00000220555 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Brpf1-203ENSMUST00000113121 4603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Fam120c-201ENSMUST00000073364 5463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 4833418N02Rik-202ENSMUST00000146560 1495 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Cxcl14-202ENSMUST00000224801 1467 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 AC154855.1-201ENSMUST00000227353 1458 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 BC048679-203ENSMUST00000207871 567 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Gm18115-201ENSMUST00000221209 621 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Skp1a-203ENSMUST00000109072 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Chic2-201ENSMUST00000075452 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Bcl7b-203ENSMUST00000111188 1434 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Sart3-201ENSMUST00000019118 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Klf14-201ENSMUST00000101589 3056 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Idh1-201ENSMUST00000097709 2302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Grk6-201ENSMUST00000001115 2994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Baz1a-205ENSMUST00000173433 5788 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Cyp4f14-202ENSMUST00000179434 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Cyp4f14-201ENSMUST00000054174 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 4930447C04Rik-202ENSMUST00000110489 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Cacng6-202ENSMUST00000183200 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 4932702P03Rik-201ENSMUST00000138447 1482 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 P2rx5-201ENSMUST00000006104 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Fam131b-201ENSMUST00000031891 4065 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp318-201ENSMUST00000113481 7850 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Klf13-201ENSMUST00000063694 6396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16499-203ENSMUST00000204633 2177 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Prss56-201ENSMUST00000044533 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Cbarp-201ENSMUST00000105369 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Wbp2-202ENSMUST00000106444 1012 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16075-201ENSMUST00000135873 361 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Rerg-204ENSMUST00000149100 635 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Snhg4-201ENSMUST00000181664 1190 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Celrr-203ENSMUST00000185678 937 ntTSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Ighv6-1-201ENSMUST00000193612 343 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Cd70-201ENSMUST00000019633 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Gm44930-202ENSMUST00000208733 689 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 Rpl13a-204ENSMUST00000209711 495 ntTSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
Ccdc3Q9D6Y1 D830030K20Rik-204ENSMUST00000225885 1142 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.9 ms