Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr45-201ENSMUST00000043045 1609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6598-201ENSMUST00000202719 2615 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm25990-201ENSMUST00000102440 86 ntBASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12350-201ENSMUST00000121208 462 ntBASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Nabp2-204ENSMUST00000166608 979 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Acvr1b-201ENSMUST00000000544 4413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Cnnm1-201ENSMUST00000165311 5037 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Sufu-202ENSMUST00000111867 1747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Spdef-205ENSMUST00000167489 1708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Layn-204ENSMUST00000217212 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21586-201ENSMUST00000107988 264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21953-201ENSMUST00000108002 264 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20878-208ENSMUST00000181518 264 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 AC138767.1-201ENSMUST00000222661 415 ntBASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Rgp1-201ENSMUST00000030190 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Dcps-201ENSMUST00000034539 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Lce3f-201ENSMUST00000090863 611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Plekhm2-201ENSMUST00000030751 4154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Kifc3-203ENSMUST00000169748 3384 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Klhdc8b-210ENSMUST00000193895 2718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Tekt1-202ENSMUST00000108502 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Pgap2-203ENSMUST00000120119 1979 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Borcs5-201ENSMUST00000062755 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb45-201ENSMUST00000051390 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26718-201ENSMUST00000181048 1378 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 1600012H06Rik-201ENSMUST00000052691 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Kdf1-201ENSMUST00000042919 1708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Crybb1-202ENSMUST00000112375 793 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem208-201ENSMUST00000015000 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10060-201ENSMUST00000212002 111 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 AC114585.2-202ENSMUST00000228094 426 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13032-201ENSMUST00000151848 2001 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Hipk1-201ENSMUST00000029438 4185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Dcaf12l2-201ENSMUST00000115057 2885 ntAPPRIS P1 BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Pou2f2-206ENSMUST00000108418 1934 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf111-204ENSMUST00000213647 4961 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Cidec-202ENSMUST00000113089 1720 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Lonp2-201ENSMUST00000034141 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Rplp2-203ENSMUST00000106004 421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Psmb1-201ENSMUST00000014913 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 2810030D12Rik-203ENSMUST00000190461 1039 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9925-201ENSMUST00000066583 483 ntAPPRIS P1 BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Ppt1-202ENSMUST00000097902 1191 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Zkscan2-203ENSMUST00000128217 2218 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Pth1r-204ENSMUST00000198865 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Fhl2-201ENSMUST00000008280 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Senp6-201ENSMUST00000037484 5111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef19-201ENSMUST00000006618 3414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Nr4a1-201ENSMUST00000023779 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Aebp2-202ENSMUST00000087614 3727 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Hebp2-203ENSMUST00000214548 2083 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Csnk1e-201ENSMUST00000117786 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Yars2-204ENSMUST00000159962 2805 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13418-201ENSMUST00000119097 944 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16194-203ENSMUST00000141239 362 ntTSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Mir5126-201ENSMUST00000175513 77 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Tac4-201ENSMUST00000021242 1251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Prm1-201ENSMUST00000023144 469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Mrgpra9-201ENSMUST00000098436 1049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Pbx4-201ENSMUST00000081503 1560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Rfwd2-201ENSMUST00000076894 5116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6858-201ENSMUST00000208582 1468 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Sf1-202ENSMUST00000113487 2649 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43294-201ENSMUST00000202850 2490 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Chrm4-201ENSMUST00000045537 1440 ntAPPRIS P1 BASIC26.96■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajc24-201ENSMUST00000102555 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Rps27l-203ENSMUST00000127896 575 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18206-201ENSMUST00000207027 926 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18195-201ENSMUST00000207604 706 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Deaf1-209ENSMUST00000211537 2882 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Krt28-201ENSMUST00000006963 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Dph1-201ENSMUST00000044949 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Pcbp4-201ENSMUST00000024260 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Atat1-214ENSMUST00000149277 1388 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Coq8b-202ENSMUST00000108378 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Dnaja3-202ENSMUST00000115854 2505 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 B9d2-201ENSMUST00000108403 1021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd14-202ENSMUST00000121987 1210 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Cabp2-205ENSMUST00000162908 911 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Rpsa-ps1-201ENSMUST00000191040 886 ntBASIC26.95■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Chst13-201ENSMUST00000070890 1653 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Nisch-208ENSMUST00000165981 2415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 F830208F22Rik-202ENSMUST00000143732 2891 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp11b2-201ENSMUST00000167634 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Armc10-202ENSMUST00000095495 2700 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Commd6-201ENSMUST00000100339 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Rps13-ps1-201ENSMUST00000183478 538 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Yipf4-201ENSMUST00000024873 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 6430573F11Rik-202ENSMUST00000135373 2573 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm36858-201ENSMUST00000194501 2391 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2e1-201ENSMUST00000022296 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Mif4gd-203ENSMUST00000106507 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufs2-202ENSMUST00000111318 1545 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Zcchc24-201ENSMUST00000069180 4556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl17-201ENSMUST00000033170 1028 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Aptx-203ENSMUST00000108103 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 4930528D03Rik-201ENSMUST00000181528 1339 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Pex11a-201ENSMUST00000032761 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Nsmf-202ENSMUST00000074422 2824 ntTSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Ccdc88bQ4QRL3 Gm25406-201ENSMUST00000157599 105 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.7 ms