Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Sbf2-213ENSMUST00000171218 1476 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26676-201ENSMUST00000181877 2226 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Arpc1b-211ENSMUST00000196111 1394 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Sdhb-201ENSMUST00000010007 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm2651-201ENSMUST00000203560 838 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Dtnb-222ENSMUST00000174479 3689 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Npas3-203ENSMUST00000223057 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Slc30a5-205ENSMUST00000225922 2722 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.08■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Gm32996-201ENSMUST00000199828 1447 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
Ccdc88bQ4QRL3 Polr3e-203ENSMUST00000207481 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Tom1l2-201ENSMUST00000064019 2151 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11906-201ENSMUST00000124792 680 ntTSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm25745-201ENSMUST00000174945 133 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Mir5131-201ENSMUST00000175426 93 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Izumo1r-201ENSMUST00000034409 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Isg15-201ENSMUST00000085425 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Ggnbp1-201ENSMUST00000053683 1525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Actg1-202ENSMUST00000071555 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Chaf1b-201ENSMUST00000023666 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Plpp7-201ENSMUST00000057423 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Mapk1ip1-203ENSMUST00000119664 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp24-203ENSMUST00000153337 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajb8-201ENSMUST00000061866 990 ntAPPRIS P1 BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Romo1-201ENSMUST00000088610 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Sec24b-201ENSMUST00000001079 5128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Nap1l1-201ENSMUST00000065917 1486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf128-201ENSMUST00000113026 2750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Matn4-201ENSMUST00000103103 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Hand1-203ENSMUST00000160392 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Sirt1-202ENSMUST00000105442 3740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Senp3-202ENSMUST00000066760 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Pgc-201ENSMUST00000024782 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gins4-201ENSMUST00000033950 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Prss53-201ENSMUST00000121394 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 4930477E14Rik-201ENSMUST00000181412 621 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45669-201ENSMUST00000209808 459 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Slc46a1-201ENSMUST00000001126 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Ecel1-201ENSMUST00000027463 2695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 CT010456.1-201ENSMUST00000222465 1688 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Large2-215ENSMUST00000176810 2477 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18733-201ENSMUST00000173950 856 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Entpd4-205ENSMUST00000184314 989 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 6430573P05Rik-202ENSMUST00000192648 597 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 AC127349.1-201ENSMUST00000224590 266 ntBASIC27.05■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Entpd4b-201ENSMUST00000064846 989 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc149-201ENSMUST00000059428 3295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Wipf1-202ENSMUST00000102679 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Amn1-201ENSMUST00000095319 1369 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Cnot6-203ENSMUST00000145353 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 2810039B14Rik-201ENSMUST00000183928 1459 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Ccl27a-217ENSMUST00000155240 343 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 AC154621.1-201ENSMUST00000226155 1119 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Il17re-201ENSMUST00000053569 1898 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2f-201ENSMUST00000059743 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Ythdf2-201ENSMUST00000085181 955 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Ssc4d-204ENSMUST00000111153 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc19-201ENSMUST00000050646 3410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Ch25h-201ENSMUST00000050562 1350 ntAPPRIS P1 BASIC27.04■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnb1-201ENSMUST00000059826 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Col4a3bp-201ENSMUST00000077672 2746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Itgb7-201ENSMUST00000001327 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Agk-201ENSMUST00000031977 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Rbck1-202ENSMUST00000109847 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3336-201ENSMUST00000179347 1149 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Lat-206ENSMUST00000206793 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Ten1-201ENSMUST00000021130 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3336-202ENSMUST00000213065 842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Cd82-205ENSMUST00000116457 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Rcc1-201ENSMUST00000030726 2278 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Slc5a10-201ENSMUST00000051552 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45606-201ENSMUST00000209836 2795 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Plppr2-201ENSMUST00000046371 2626 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Kat2b-ps-201ENSMUST00000128468 2490 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm3-206ENSMUST00000115621 1338 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Shox2-202ENSMUST00000162060 1537 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Oip5-202ENSMUST00000123818 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42802-201ENSMUST00000202475 456 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44264-201ENSMUST00000203049 742 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6376-201ENSMUST00000209407 580 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Vti1a-206ENSMUST00000225529 1244 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Slc26a10-205ENSMUST00000222911 3067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Aspscr1-204ENSMUST00000106159 1615 ntTSL 5 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Atp1b1-201ENSMUST00000027863 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Dclk2-208ENSMUST00000194452 2066 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Atxn7-203ENSMUST00000223880 2946 ntAPPRIS P2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43338-201ENSMUST00000198617 2223 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl5-204ENSMUST00000204097 3149 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Pacsin3-202ENSMUST00000059566 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Atp9a-203ENSMUST00000109176 3691 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15492-201ENSMUST00000156734 606 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Snrpf-201ENSMUST00000020203 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Pts-206ENSMUST00000214873 511 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Apopt1-201ENSMUST00000040519 1065 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2ak-201ENSMUST00000074752 393 ntAPPRIS P1 BASIC27.01■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Mapkapk3-201ENSMUST00000035194 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13446-201ENSMUST00000124555 2033 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 B020017C02Rik-201ENSMUST00000197444 1688 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Kl-201ENSMUST00000078856 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf112-202ENSMUST00000060255 3161 ntTSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Ccdc88bQ4QRL3 Irf7-202ENSMUST00000097952 1764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.8 ms