Protein–RNA interactions for Protein: Q8C9S8

Atg4a, Cysteine protease ATG4A, mousemouse

Predictions only

Length 396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Atg4aQ8C9S8 Rassf1-202ENSMUST00000093786 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Atg4aQ8C9S8 Ager-201ENSMUST00000015596 1370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
Atg4aQ8C9S8 Slc44a1-201ENSMUST00000102911 3102 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Atg4aQ8C9S8 Fbxl12os-202ENSMUST00000136376 2349 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Atg4aQ8C9S8 Arpc5-201ENSMUST00000077755 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Atg4aQ8C9S8 Cacul1-201ENSMUST00000081790 5790 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Atg4aQ8C9S8 Nagk-203ENSMUST00000113851 1323 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Atg4aQ8C9S8 Cdv3-202ENSMUST00000072249 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Atg4aQ8C9S8 Sdf4-203ENSMUST00000105578 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Atg4aQ8C9S8 Cgn-204ENSMUST00000155485 2361 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Atg4aQ8C9S8 Gnb3-201ENSMUST00000024206 1846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Atg4aQ8C9S8 Gm11336-201ENSMUST00000118168 334 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
Atg4aQ8C9S8 4930544D05Rik-204ENSMUST00000180052 755 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Atg4aQ8C9S8 Krtap1-5-201ENSMUST00000054532 1041 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Atg4aQ8C9S8 Glt28d2-201ENSMUST00000033643 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
Atg4aQ8C9S8 Map4k4-201ENSMUST00000163854 5782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Map3k10-202ENSMUST00000108341 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Tbcb-201ENSMUST00000006254 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Rassf1-204ENSMUST00000122225 1783 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Nf2-205ENSMUST00000109910 4720 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Mrpl39-201ENSMUST00000116584 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 4732440D04Rik-203ENSMUST00000191825 5428 ntBASIC20.33■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Haus4-201ENSMUST00000022784 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Cnppd1-208ENSMUST00000190679 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Eif4a2-201ENSMUST00000023599 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Chd5-205ENSMUST00000164662 9375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Hand1-203ENSMUST00000160392 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 D16Ertd472e-203ENSMUST00000114220 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Mrpl37-201ENSMUST00000030365 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Adam33-201ENSMUST00000052104 2795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Mettl27-205ENSMUST00000111221 1796 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 9530018F02Rik-201ENSMUST00000219513 2599 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Rgs3-203ENSMUST00000098031 2072 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Gmcl1-202ENSMUST00000113679 960 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Utp23-204ENSMUST00000161651 582 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Gm18421-201ENSMUST00000204122 625 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Cltb-201ENSMUST00000049575 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 4933427E11Rik-201ENSMUST00000056711 1214 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Nfe2l3-201ENSMUST00000005103 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Fbxl21-201ENSMUST00000045428 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Adck1-204ENSMUST00000222695 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Pitpnm1-201ENSMUST00000049658 4206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Snx25-203ENSMUST00000110378 3445 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Nptx2-201ENSMUST00000071782 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Tmem121b-201ENSMUST00000178687 4869 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Dusp14-205ENSMUST00000164891 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Klhdc8a-201ENSMUST00000046071 4269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Hist1h2bf-201ENSMUST00000105106 461 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 H2-D1-202ENSMUST00000172785 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Bvht-202ENSMUST00000183087 588 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Mir7071-201ENSMUST00000184847 69 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Exosc5-201ENSMUST00000079634 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Rad51d-203ENSMUST00000092844 1228 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Wdr86-201ENSMUST00000068693 2364 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Disc1-208ENSMUST00000122389 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Gtf2h4-201ENSMUST00000001565 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Mis18bp1-208ENSMUST00000222244 2053 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Wac-207ENSMUST00000167020 5208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Gm9774-202ENSMUST00000192538 1392 ntAPPRIS P1 BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Ppp3cb-206ENSMUST00000161989 2322 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Slc29a1-222ENSMUST00000171847 2033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Eps8-201ENSMUST00000058210 4567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Dbnl-202ENSMUST00000102928 2295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Mcoln2-202ENSMUST00000098524 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Wnk2-211ENSMUST00000162581 6628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Madcam1-201ENSMUST00000020554 1436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Ppfia1-201ENSMUST00000168134 5181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Gpr137b-201ENSMUST00000021738 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Iqcd-202ENSMUST00000094391 1673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Cspp1-203ENSMUST00000118263 2162 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Prr3-209ENSMUST00000174849 581 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Mir9-3hg-206ENSMUST00000182937 636 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Lsm1-203ENSMUST00000211168 343 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Nme3-201ENSMUST00000024978 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Banf1-201ENSMUST00000025762 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Slc35b2-202ENSMUST00000223987 1766 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Layn-201ENSMUST00000098782 1786 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Smurf2-201ENSMUST00000092517 3125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Gm20628-201ENSMUST00000177363 3215 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Disc1-201ENSMUST00000074562 2597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Disc1-203ENSMUST00000098311 2597 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Il3ra-203ENSMUST00000224163 2315 ntAPPRIS P2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Tspan5-201ENSMUST00000029800 6653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Tenm3-204ENSMUST00000110346 2267 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Celf6-204ENSMUST00000121266 2610 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Sctr-201ENSMUST00000072886 2012 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Lcmt2-201ENSMUST00000099486 2047 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Ube2d1-201ENSMUST00000020085 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Snapc3-201ENSMUST00000030206 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Gm26663-201ENSMUST00000181105 1882 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 A930003O13Rik-203ENSMUST00000199056 1955 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 4833445I07Rik-201ENSMUST00000193193 1642 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Krt28-201ENSMUST00000006963 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Fam229a-201ENSMUST00000106043 558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Ccdc125-202ENSMUST00000170347 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Gm26827-201ENSMUST00000181911 148 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Cmc1-202ENSMUST00000215799 531 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Fbxo36-201ENSMUST00000097672 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Fancg-201ENSMUST00000030165 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
Atg4aQ8C9S8 Ebf1-203ENSMUST00000109268 2864 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 25.6 ms