Protein–RNA interactions for Protein: Q9D1C8

Vps28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, mousemouse

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps28Q9D1C8 Acot7-206ENSMUST00000167926 1505 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Mon1a-201ENSMUST00000035202 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Zfp689-202ENSMUST00000106299 1417 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Ache-201ENSMUST00000024099 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Trabd-201ENSMUST00000081702 2439 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Haglr-201ENSMUST00000100000 2085 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Snx27-201ENSMUST00000029783 6261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Arid3b-202ENSMUST00000098686 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 H2-D1-202ENSMUST00000172785 2102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Nrl-202ENSMUST00000111404 2422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Acaa1a-201ENSMUST00000039784 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Atp1b1-201ENSMUST00000027863 2580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Hist1h2bf-201ENSMUST00000105106 461 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Mafg-202ENSMUST00000106180 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Mafg-204ENSMUST00000106182 1104 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Atp5g1-202ENSMUST00000107684 596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Echdc2-203ENSMUST00000116307 893 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Cdpf1-204ENSMUST00000144067 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Fbxo9-203ENSMUST00000159099 1201 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Gm3272-201ENSMUST00000181181 1229 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Gm43791-201ENSMUST00000202914 468 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Pdrg1-201ENSMUST00000028972 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Krtap1-5-201ENSMUST00000054532 1041 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Gm10566-201ENSMUST00000086739 996 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Uhmk1-201ENSMUST00000027979 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Clcn2-202ENSMUST00000120099 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Ptgis-202ENSMUST00000088041 1711 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Ppp2r1b-204ENSMUST00000174628 2195 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Fiz1-203ENSMUST00000167804 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Slain2-201ENSMUST00000143829 4828 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Cacfd1-205ENSMUST00000114007 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Il17re-208ENSMUST00000204774 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Kmt5b-203ENSMUST00000113968 3216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 AA414768-201ENSMUST00000121924 1257 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Asnsd1-202ENSMUST00000123519 983 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Gm26039-201ENSMUST00000158152 144 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Krt27-201ENSMUST00000017732 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Gm6728-201ENSMUST00000178117 1065 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Tfdp2-206ENSMUST00000185644 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 A430033K04Rik-204ENSMUST00000200521 1110 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Gm21057-201ENSMUST00000206022 670 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Spata33-206ENSMUST00000212637 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Eif3h-201ENSMUST00000022925 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Hint2-201ENSMUST00000030192 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 A430033K04Rik-201ENSMUST00000032590 1109 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Dap-201ENSMUST00000044524 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Tnrc6c-202ENSMUST00000106344 8847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 H13-204ENSMUST00000125366 5204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Arntl-204ENSMUST00000210238 2976 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Tmtc4-209ENSMUST00000148661 2719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 4933402J07Rik-201ENSMUST00000093342 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Gpr20-201ENSMUST00000064166 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Cdc14b-203ENSMUST00000109770 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Whrn-206ENSMUST00000102867 4013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 4930447C04Rik-202ENSMUST00000110489 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Prdm6-201ENSMUST00000091900 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Uri1-201ENSMUST00000085513 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Actl10-201ENSMUST00000104928 1501 ntAPPRIS P1 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Actl10-202ENSMUST00000226583 1501 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Dab2-208ENSMUST00000160134 1374 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Dbn1-202ENSMUST00000109921 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Gm26592-201ENSMUST00000180870 1730 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Map3k10-202ENSMUST00000108341 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Ube2d1-201ENSMUST00000020085 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Bean1-203ENSMUST00000167633 3275 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Fam57b-207ENSMUST00000207020 1777 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Nme3-201ENSMUST00000024978 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Grcc10-201ENSMUST00000004389 863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Ly6h-202ENSMUST00000065417 985 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Cnpy1-202ENSMUST00000118882 1984 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Bfsp2-201ENSMUST00000124310 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Zbtb25-201ENSMUST00000167011 1681 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Ntrk1-201ENSMUST00000029712 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Syt9-201ENSMUST00000073459 3817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Pkn1-201ENSMUST00000005616 6662 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Trim14-202ENSMUST00000102924 1582 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Cwh43-201ENSMUST00000031040 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Doc2g-201ENSMUST00000025806 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 4933428G20Rik-201ENSMUST00000056955 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Gpd1l-201ENSMUST00000084853 1436 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Pard3-226ENSMUST00000162907 4682 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Itgb4-205ENSMUST00000106461 6208 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Lrrc43-202ENSMUST00000121444 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Plppr2-203ENSMUST00000190387 2608 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Lyzl4-202ENSMUST00000120918 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Ramp2-202ENSMUST00000122006 899 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Gm13025-201ENSMUST00000141469 1163 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Gm17349-201ENSMUST00000163472 300 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Ppdpf-201ENSMUST00000016488 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Gm26827-201ENSMUST00000181911 148 ntTSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Eif1b-201ENSMUST00000007139 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Nkx2-9-201ENSMUST00000072631 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Baiap2-204ENSMUST00000106231 4005 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Platr31-201ENSMUST00000180653 1466 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Rpf1-201ENSMUST00000029838 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Pdss2-201ENSMUST00000095725 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 9430097D07Rik-201ENSMUST00000100190 1501 ntAPPRIS P1 BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Ngrn-201ENSMUST00000117989 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 Brpf1-202ENSMUST00000113119 4826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
Vps28Q9D1C8 A130048G24Rik-201ENSMUST00000193052 2750 ntBASIC17.15■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.9 ms