Protein–RNA interactions for Protein: O88609

Lmx1b, LIM homeobox transcription factor 1-beta, mousemouse

Predictions only

Length 395 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lmx1bO88609 Pdrg1-201ENSMUST00000028972 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Cldn22-201ENSMUST00000038693 995 ntAPPRIS P1 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Ulk1-201ENSMUST00000031490 5213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Ube3c-201ENSMUST00000049453 5048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Ddhd1-201ENSMUST00000051310 5012 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Pkp4-202ENSMUST00000102754 4614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Tfdp2-206ENSMUST00000185644 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Cdk10-201ENSMUST00000036880 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Mtcl1-201ENSMUST00000086693 7221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Tnks-201ENSMUST00000033929 9163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Elac2-202ENSMUST00000101049 2884 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Slc23a4-205ENSMUST00000201355 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Ppp1r9b-201ENSMUST00000038696 4508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Renbp-202ENSMUST00000116578 1418 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Rpp25-201ENSMUST00000080514 1423 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Lrriq4-203ENSMUST00000172350 1797 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Card10-202ENSMUST00000164826 4726 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Yars2-204ENSMUST00000159962 2805 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Actl10-201ENSMUST00000104928 1501 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Actl10-202ENSMUST00000226583 1501 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Fam110a-204ENSMUST00000109865 1853 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Dhx32-203ENSMUST00000106139 2233 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Ing1-202ENSMUST00000209565 1971 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Atp8b2-201ENSMUST00000069805 5559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Nudt16-201ENSMUST00000035179 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Gm9013-201ENSMUST00000132939 882 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Calu-207ENSMUST00000173216 673 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Ank2-226ENSMUST00000189368 339 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Gm29518-201ENSMUST00000190858 372 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Spata33-206ENSMUST00000212637 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Rpp25l-201ENSMUST00000038434 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Insl6-201ENSMUST00000052380 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 C1qbp-201ENSMUST00000078528 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Prmt2-202ENSMUST00000099571 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Gm10461-201ENSMUST00000202073 4786 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Mtcl1-202ENSMUST00000097291 7274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Tmem214-202ENSMUST00000201203 6110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Taf6l-205ENSMUST00000176496 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Gcat-202ENSMUST00000171999 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Atp11a-201ENSMUST00000033818 7549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Tjp1-202ENSMUST00000102592 7049 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Snrpd2-201ENSMUST00000049294 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Prdm11-201ENSMUST00000111272 3012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Sharpin-201ENSMUST00000023211 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Klhl5-204ENSMUST00000204097 3149 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Glmn-201ENSMUST00000078021 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Ppp1r1b-201ENSMUST00000078694 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Ndufaf8-201ENSMUST00000106223 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Gm17808-201ENSMUST00000200859 894 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Mrps6-201ENSMUST00000047429 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Evx2-201ENSMUST00000001867 4191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Zxdc-203ENSMUST00000113539 4864 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Asph-204ENSMUST00000084915 2884 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Ccdc105-201ENSMUST00000105383 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Gm45244-201ENSMUST00000211328 2200 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Dok7-202ENSMUST00000101298 2443 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Gnao1-207ENSMUST00000138659 5526 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Mlxip-202ENSMUST00000111596 2653 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Rala-201ENSMUST00000009003 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Glra1-202ENSMUST00000102716 2390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Smim3-201ENSMUST00000042710 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Gjb3-201ENSMUST00000046532 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 AC154855.1-201ENSMUST00000227353 1458 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Tm2d3-202ENSMUST00000065574 1478 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Ramp2-204ENSMUST00000129680 1178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Rpl14-201ENSMUST00000165532 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 AC156832.2-201ENSMUST00000216217 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 1700022H01Rik-201ENSMUST00000219142 387 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Tmem205-201ENSMUST00000046831 785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Zranb2-203ENSMUST00000106058 2924 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Nelfb-201ENSMUST00000059849 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Dcaf5-201ENSMUST00000054145 5706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Il9r-204ENSMUST00000142396 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Hes6-201ENSMUST00000086851 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Dusp8-201ENSMUST00000039926 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Cdv3-202ENSMUST00000072249 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Snx27-201ENSMUST00000029783 6261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Frrs1l-201ENSMUST00000053681 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Tbc1d9-202ENSMUST00000093393 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Naf1-201ENSMUST00000118009 2990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Slc2a8-201ENSMUST00000028129 2108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Pard6g-201ENSMUST00000070219 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Vopp1-201ENSMUST00000114297 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Gm27704-201ENSMUST00000185094 107 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Flt3l-206ENSMUST00000210197 834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Nme3-201ENSMUST00000024978 715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Ube2t-201ENSMUST00000027687 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Taar2-201ENSMUST00000079134 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 C530025M09Rik-201ENSMUST00000099264 690 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Coq8b-202ENSMUST00000108378 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Krt6a-201ENSMUST00000023788 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Ptgis-202ENSMUST00000088041 1711 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Il17rb-202ENSMUST00000122205 2094 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Epha10-201ENSMUST00000059343 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Garem1-201ENSMUST00000049260 4923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Aifm1-201ENSMUST00000037349 2237 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Dscc1-201ENSMUST00000023059 1324 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Camk2d-228ENSMUST00000200171 5396 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 C230012O17Rik-201ENSMUST00000130085 2999 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Lmx1bO88609 Man2a1-201ENSMUST00000086723 6991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 78.3 ms