Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Gm27463-201ENSMUST00000183569 57 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Trim58Q5NCC9 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Trim58Q5NCC9 Cib1-207ENSMUST00000206084 772 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Trim58Q5NCC9 Espn-202ENSMUST00000049305 1142 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Trim58Q5NCC9 Cib1-202ENSMUST00000071457 702 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Trim58Q5NCC9 Syt9-201ENSMUST00000073459 3817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Trim58Q5NCC9 Gm12359-201ENSMUST00000139017 1399 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Pmepa1-201ENSMUST00000036248 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Dtwd2-203ENSMUST00000163590 2857 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Gm28265-201ENSMUST00000188201 2319 ntBASIC21.33■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Zc3hav1l-201ENSMUST00000058524 6536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Shisa2-201ENSMUST00000053949 3119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Krt84-201ENSMUST00000023720 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Ube2i-207ENSMUST00000172868 2755 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Cntln-201ENSMUST00000047023 5528 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Rnls-201ENSMUST00000096114 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Gpc3-201ENSMUST00000069360 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Slc7a5-201ENSMUST00000045557 3517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Usp36-201ENSMUST00000092382 5609 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Cyp4f41-ps-201ENSMUST00000126790 1077 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Pgap3-205ENSMUST00000128897 1264 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Nsl1-203ENSMUST00000139340 837 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Gm14114-201ENSMUST00000139345 287 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Gm4217-201ENSMUST00000182243 1002 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Ramp1-203ENSMUST00000188475 711 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Pomc-204ENSMUST00000219543 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 AC112142.1-201ENSMUST00000228796 918 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Eme2-202ENSMUST00000121542 1521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Gm18336-201ENSMUST00000180787 2298 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Evc-202ENSMUST00000114148 2119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Kcnn1-207ENSMUST00000212509 1608 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Itga9-201ENSMUST00000044165 7020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Asic2-201ENSMUST00000021045 3436 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Rnf103-201ENSMUST00000064637 3264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Cdca7-201ENSMUST00000102691 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Rrp15-201ENSMUST00000001339 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Gnb1-203ENSMUST00000165335 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Mtg2-202ENSMUST00000108901 1444 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 D16Ertd472e-203ENSMUST00000114220 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Letm1-203ENSMUST00000148451 2478 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Skap1-203ENSMUST00000100521 1539 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Skap1-204ENSMUST00000103154 1507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Mirt1-201ENSMUST00000180489 5292 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Wdr45-201ENSMUST00000043045 1609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Sct-202ENSMUST00000167790 507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 D330020A13Rik-201ENSMUST00000181956 1069 ntAPPRIS P1 BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Sct-201ENSMUST00000046156 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Wdr33-202ENSMUST00000082319 1152 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Gzme-201ENSMUST00000089549 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Cd5-201ENSMUST00000025571 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Ddx41-204ENSMUST00000224765 2199 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Gm45203-201ENSMUST00000206384 1831 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Rhot2-201ENSMUST00000043897 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Atp5b-201ENSMUST00000026459 1916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Atp6v1b2-201ENSMUST00000006435 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Lcorl-202ENSMUST00000045586 5708 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Slain2-201ENSMUST00000143829 4828 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Slc16a7-205ENSMUST00000210780 2562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Rilpl1-201ENSMUST00000062153 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Atf6b-202ENSMUST00000173984 2315 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 4930455H04Rik-201ENSMUST00000117592 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Eri1-201ENSMUST00000033927 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Sf1-202ENSMUST00000113487 2649 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Hsf4-202ENSMUST00000163734 1630 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Rcbtb2-226ENSMUST00000171767 2692 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Snx12-204ENSMUST00000156473 1114 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Ddah2-204ENSMUST00000174493 1254 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Ssr2-207ENSMUST00000195014 1059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Gm9484-201ENSMUST00000195892 1159 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Lce1m-201ENSMUST00000029520 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Pfdn4-201ENSMUST00000063682 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Rtl8a-201ENSMUST00000088779 1195 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Ankra2-204ENSMUST00000150352 2217 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Kif7-202ENSMUST00000178048 4524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Gm26697-201ENSMUST00000180898 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Tarbp1-201ENSMUST00000170518 6383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Large1-202ENSMUST00000119826 4647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Trim14-201ENSMUST00000046897 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Coro1a-202ENSMUST00000106364 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Yipf4-201ENSMUST00000024873 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Atrnl1-201ENSMUST00000077282 6581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Fbxl12os-202ENSMUST00000136376 2349 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Impdh1-202ENSMUST00000159124 2600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Ostf1-201ENSMUST00000025631 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Zic1-202ENSMUST00000065360 2811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Rbl2-201ENSMUST00000034091 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Aptx-203ENSMUST00000108103 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Zkscan6-202ENSMUST00000071465 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Sox14-201ENSMUST00000054819 2065 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Rab7-203ENSMUST00000113597 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Ptf1aos-201ENSMUST00000122978 916 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Pdxk-ps-203ENSMUST00000183934 680 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Cpne1-217ENSMUST00000184265 871 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Dnajc2-201ENSMUST00000030771 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Wipf1-202ENSMUST00000102679 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Ndufs2-202ENSMUST00000111318 1545 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Gm37166-201ENSMUST00000195473 2474 ntBASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Ppp1r1b-204ENSMUST00000137634 1343 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Lrrfip1-212ENSMUST00000189617 2155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Trim58Q5NCC9 Hps6-201ENSMUST00000099393 2696 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.9 ms