Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Krt88-201ENSMUST00000023781 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Bnip2-203ENSMUST00000117450 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Ercc6l2-203ENSMUST00000067821 2743 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Cacna1a-201ENSMUST00000121390 7926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Mapk8ip3-221ENSMUST00000178969 5579 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Axin1-203ENSMUST00000163421 2890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Plppr4-201ENSMUST00000061071 5696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Rhobtb1-202ENSMUST00000067908 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Ankrd17-202ENSMUST00000081914 8057 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Acot7-203ENSMUST00000105652 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gaa-202ENSMUST00000106258 1369 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Ep300-201ENSMUST00000068387 9566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Rps6ka1-202ENSMUST00000105894 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Igsf23-201ENSMUST00000043440 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Prex1-201ENSMUST00000036719 6533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 1700096K18Rik-201ENSMUST00000188465 1454 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Arhgef10-201ENSMUST00000084207 5528 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Sfrp1-201ENSMUST00000033952 4372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gm17349-201ENSMUST00000163472 300 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Calu-207ENSMUST00000173216 673 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Prr3-209ENSMUST00000174849 581 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Ndufs7-201ENSMUST00000020361 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Cdkn2c-201ENSMUST00000063531 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gmnn-201ENSMUST00000006898 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Slc26a10-205ENSMUST00000222911 3067 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Fiz1-202ENSMUST00000165320 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Agbl4-205ENSMUST00000106591 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Tnfsf13-201ENSMUST00000018896 1407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Fam131c-201ENSMUST00000006380 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Nrxn1-217ENSMUST00000174337 3021 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Glrx2-210ENSMUST00000185362 3337 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Kank3-201ENSMUST00000048560 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Fam171a2-201ENSMUST00000049057 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Hmga1-204ENSMUST00000118570 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Dusp9-201ENSMUST00000019701 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gm13032-201ENSMUST00000151848 2001 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Nagk-203ENSMUST00000113851 1323 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Bdkrb1-202ENSMUST00000182899 1313 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Bdkrb1-201ENSMUST00000041229 1338 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gm43294-201ENSMUST00000202850 2490 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Itgb4-205ENSMUST00000106461 6208 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Sncaip-205ENSMUST00000178011 3433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Fam129c-208ENSMUST00000143662 2267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Phldb3-201ENSMUST00000073325 2273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Zscan25-201ENSMUST00000094116 1796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Fst-201ENSMUST00000022287 2556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Sirt7-202ENSMUST00000106183 427 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Fgf8-205ENSMUST00000111927 843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gm17182-201ENSMUST00000163795 860 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Slc25a41-202ENSMUST00000169012 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gm45442-201ENSMUST00000210038 411 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Casp3-203ENSMUST00000210534 583 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Tctex1d4-201ENSMUST00000062206 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Fthl17f-201ENSMUST00000097029 847 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Ankrd17-203ENSMUST00000168058 9311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Kcnn2-208ENSMUST00000211323 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gm42900-201ENSMUST00000197184 2167 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Mirt1-201ENSMUST00000180489 5292 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Fiz1-203ENSMUST00000167804 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Slc22a3-201ENSMUST00000024595 3501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Tigd3-201ENSMUST00000055911 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Sri-205ENSMUST00000148633 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Cul4a-201ENSMUST00000016680 3728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 St3gal3-203ENSMUST00000106410 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Klf14-201ENSMUST00000101589 3056 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Vangl2-203ENSMUST00000111264 2349 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Vps4a-201ENSMUST00000034388 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Ryr2-203ENSMUST00000220597 4924 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Acadvl-201ENSMUST00000018718 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Nbea-201ENSMUST00000029374 10986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gm20544-201ENSMUST00000174338 690 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Flg-203ENSMUST00000178695 777 ntAPPRIS P5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gm43514-201ENSMUST00000198852 424 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gm38973-201ENSMUST00000206810 878 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gm18669-201ENSMUST00000216049 778 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 AC124601.2-201ENSMUST00000222888 759 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Il17b-201ENSMUST00000025471 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Mtnr1b-201ENSMUST00000057920 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Ptpa-202ENSMUST00000113601 1838 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Bub3-201ENSMUST00000084502 2218 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 A530016L24Rik-202ENSMUST00000223266 1547 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Proser2-201ENSMUST00000054254 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Prkar2a-201ENSMUST00000035220 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Ntrk1-201ENSMUST00000029712 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Cmip-202ENSMUST00000166750 2408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Ttc6-203ENSMUST00000172939 5782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Stk32c-202ENSMUST00000165870 1883 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Tmem125-201ENSMUST00000060214 1864 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Ilk-212ENSMUST00000163389 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Mettl4-ps1-202ENSMUST00000130218 1323 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Eif2b5-201ENSMUST00000003320 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Dmap1-201ENSMUST00000102687 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Rara-204ENSMUST00000107475 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Vsig10l-204ENSMUST00000203769 2473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Bean1-204ENSMUST00000171018 3386 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Npas3-203ENSMUST00000223057 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Gm43808-201ENSMUST00000202534 2065 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Atp8b1-201ENSMUST00000025482 6440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Echdc2-204ENSMUST00000116309 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
ShhQ62226 Mir8112-201ENSMUST00000184382 131 ntBASIC15.71■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.6 ms