Protein–RNA interactions for Protein: Q3U319

Rnf40, E3 ubiquitin-protein ligase BRE1B, mousemouse

Predictions only

Length 1,001 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Rnf40Q3U319 Kat2a-202ENSMUST00000103118 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Rnf40Q3U319 Dhfr-201ENSMUST00000022218 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Rnf40Q3U319 Lrch3-210ENSMUST00000170201 2902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Rnf40Q3U319 Taf5l-201ENSMUST00000093039 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Rnf40Q3U319 Sept4-205ENSMUST00000107962 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
Rnf40Q3U319 H2-Q7-201ENSMUST00000071951 1406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Rnf40Q3U319 H2-Q7-203ENSMUST00000078205 1419 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.41
Rnf40Q3U319 Alox12-202ENSMUST00000108574 2314 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.41
Rnf40Q3U319 Gm43034-201ENSMUST00000198678 1364 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Chpf-202ENSMUST00000094818 3065 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Polr3gl-204ENSMUST00000145001 607 ntTSL 3 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Hebp2-202ENSMUST00000213153 968 ntTSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Bcl2l10-201ENSMUST00000034709 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Gm3448-202ENSMUST00000097400 747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Nrxn1-216ENSMUST00000174331 6282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Mms22l-202ENSMUST00000108222 4478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Casp2-201ENSMUST00000031895 3529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Znfx1-201ENSMUST00000048988 7218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Sf1-202ENSMUST00000113487 2649 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Sh2b1-201ENSMUST00000032978 3393 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Fmnl3-201ENSMUST00000081224 4137 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Sars2-201ENSMUST00000094632 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Sgpp1-201ENSMUST00000021450 3323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 L3hypdh-201ENSMUST00000019862 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Rell1-204ENSMUST00000154169 3241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Tmem267-205ENSMUST00000223912 1789 ntAPPRIS P1 BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Cuedc1-201ENSMUST00000018522 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Tuba1b-201ENSMUST00000077577 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Stum-201ENSMUST00000136521 6506 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Mst1-204ENSMUST00000162886 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Nat8l-201ENSMUST00000056355 6529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Gm37820-201ENSMUST00000194021 2147 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Ankrd29-201ENSMUST00000118525 3242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Stpg1-201ENSMUST00000063707 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Gm43060-201ENSMUST00000200621 289 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Wdr70-203ENSMUST00000227371 1130 ntBASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Grifin-201ENSMUST00000042993 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Cisd1-201ENSMUST00000045887 1084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Tmem270-201ENSMUST00000047305 932 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Gpx4-201ENSMUST00000097227 995 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Plppr5-201ENSMUST00000039564 4670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Cyp2r1-201ENSMUST00000032908 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Proc-201ENSMUST00000171765 1566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Sfr1-201ENSMUST00000099353 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Inppl1-201ENSMUST00000035836 4995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 9530080O11Rik-201ENSMUST00000137239 1475 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
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Rnf40Q3U319 Hs3st5-203ENSMUST00000168572 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Cldn4-201ENSMUST00000051401 1816 ntAPPRIS P1 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Gas2l2-201ENSMUST00000052521 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Zdhhc6-207ENSMUST00000224897 2168 ntAPPRIS P1 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Mios-201ENSMUST00000040017 3710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Cap1-203ENSMUST00000106257 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Aptx-203ENSMUST00000108103 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 1110065P20Rik-206ENSMUST00000185036 1223 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Cmc4-201ENSMUST00000033543 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Asic4-202ENSMUST00000113577 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Usp30-201ENSMUST00000031588 4604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Lhx3-202ENSMUST00000054099 2184 ntTSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Adipor1-202ENSMUST00000112237 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Fcgrt-201ENSMUST00000003512 1770 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
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Rnf40Q3U319 Tmem65-201ENSMUST00000072113 3747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Fnbp1-205ENSMUST00000113552 1910 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Caln1-203ENSMUST00000111288 9327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Rbm26-202ENSMUST00000100327 3634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Cxcl12-202ENSMUST00000112866 1878 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Ppp1r12b-203ENSMUST00000112163 828 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Slc37a3-211ENSMUST00000202749 434 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
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Rnf40Q3U319 AC142113.1-201ENSMUST00000214931 801 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 4933406B15Rik-201ENSMUST00000220065 1182 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Trnau1ap-201ENSMUST00000030730 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Gm13241-201ENSMUST00000094493 780 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Sept10-203ENSMUST00000220156 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 AC131586.2-201ENSMUST00000228370 1512 ntBASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Epor-201ENSMUST00000006397 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Nedd4l-202ENSMUST00000163516 8163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Trpv4-203ENSMUST00000112219 2295 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Lefty2-201ENSMUST00000085797 2473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Nfix-201ENSMUST00000076715 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Klhdc8b-214ENSMUST00000195435 1612 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Pde5a-204ENSMUST00000200389 7603 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Pacs2-202ENSMUST00000220541 3101 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Fbxl18-201ENSMUST00000035985 2831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Tpm2-202ENSMUST00000107913 2098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Dbx1-201ENSMUST00000032717 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 AW011738-201ENSMUST00000105140 1848 ntAPPRIS P1 BASIC17.54■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Enah-210ENSMUST00000193074 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Smim3-201ENSMUST00000042710 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Pprc1-203ENSMUST00000111899 5246 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
Rnf40Q3U319 Gm40848-201ENSMUST00000221998 324 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
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