| Hoxa13 | Q62424 | Gm43602-201 | ENSMUST00000196772 | 300 nt | BASIC | 2.18 | □□□□□ -2.06 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm45544-201 | ENSMUST00000211130 | 88 nt | BASIC | 2.18 | □□□□□ -2.06 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | AC144671.1-201 | ENSMUST00000215265 | 99 nt | BASIC | 2.18 | □□□□□ -2.06 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm31450-201 | ENSMUST00000220668 | 132 nt | TSL 2 BASIC | 2.18 | □□□□□ -2.06 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | AC129085.5-201 | ENSMUST00000225468 | 400 nt | BASIC | 2.18 | □□□□□ -2.06 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | mt-Tf-201 | ENSMUST00000082387 | 68 nt | BASIC | 2.18 | □□□□□ -2.06 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm23509-201 | ENSMUST00000083080 | 160 nt | BASIC | 2.18 | □□□□□ -2.06 | | |
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| Hoxa13 | Q62424 | Gm14588-201 | ENSMUST00000119895 | 172 nt | BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
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| Hoxa13 | Q62424 | Gm6377-201 | ENSMUST00000060013 | 2793 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.15 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm24894-201 | ENSMUST00000122744 | 118 nt | BASIC | 2.14 | □□□□□ -2.07 | | |
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| Hoxa13 | Q62424 | Skint5-202 | ENSMUST00000169631 | 4497 nt | APPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm23010-201 | ENSMUST00000104151 | 126 nt | BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
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| Hoxa13 | Q62424 | Mir9-3-201 | ENSMUST00000175497 | 90 nt | BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
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| Hoxa13 | Q62424 | Gm25788-201 | ENSMUST00000082721 | 131 nt | BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Usp9y-201 | ENSMUST00000091188 | 8094 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.13 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm25753-201 | ENSMUST00000116792 | 121 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Fau-ps1-201 | ENSMUST00000119675 | 252 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm14946-201 | ENSMUST00000119859 | 296 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | n-R5s188-201 | ENSMUST00000122646 | 105 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22079-201 | ENSMUST00000157592 | 106 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22888-201 | ENSMUST00000158640 | 77 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
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| Hoxa13 | Q62424 | Olfr1485-ps1-201 | ENSMUST00000208420 | 370 nt | BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Olfr1181-203 | ENSMUST00000213190 | 3934 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.12 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Catsperb-201 | ENSMUST00000055156 | 3716 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22545-201 | ENSMUST00000104350 | 132 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | n-R5s73-201 | ENSMUST00000122508 | 107 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22796-201 | ENSMUST00000157234 | 106 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22558-201 | ENSMUST00000157326 | 95 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm23670-201 | ENSMUST00000157469 | 119 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm24394-201 | ENSMUST00000158141 | 123 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Trav5d-3-201 | ENSMUST00000170041 | 270 nt | BASIC | 2.11 | □□□□□ -2.07 | | |
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| Hoxa13 | Q62424 | Gm23181-201 | ENSMUST00000158685 | 110 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
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| Hoxa13 | Q62424 | Gm20477-201 | ENSMUST00000174028 | 280 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Mir7678-201 | ENSMUST00000185076 | 71 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Mir8090-201 | ENSMUST00000185078 | 136 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | CT009696.1-201 | ENSMUST00000215745 | 256 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
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| Hoxa13 | Q62424 | Gm25684-201 | ENSMUST00000083941 | 107 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Mir466-201 | ENSMUST00000093591 | 73 nt | BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Olfr851-202 | ENSMUST00000214130 | 7123 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.1 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm15289-201 | ENSMUST00000117793 | 244 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22708-201 | ENSMUST00000158987 | 103 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm37579-201 | ENSMUST00000194291 | 142 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm25855-201 | ENSMUST00000082787 | 72 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Mir423-201 | ENSMUST00000083584 | 109 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.07 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | 8030445P17Rik-201 | ENSMUST00000192614 | 2741 nt | BASIC | 2.09 | □□□□□ -2.08 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | BC022960-201 | ENSMUST00000119987 | 1815 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm26081-201 | ENSMUST00000104068 | 132 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm23011-201 | ENSMUST00000104148 | 132 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm23656-201 | ENSMUST00000122626 | 112 nt | BASIC | 2.08 | □□□□□ -2.08 | | |