| Hoxa13 | Q62424 | Gm44057-201 | ENSMUST00000204547 | 96 nt | BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm19118-201 | ENSMUST00000222554 | 98 nt | BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Snord118-201 | ENSMUST00000082965 | 135 nt | BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Pak3-210 | ENSMUST00000172330 | 8135 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 2.43 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Traj43-201 | ENSMUST00000103699 | 57 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm24375-201 | ENSMUST00000104397 | 132 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22947-201 | ENSMUST00000158559 | 91 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22093-201 | ENSMUST00000158980 | 111 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm25820-202 | ENSMUST00000197479 | 128 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm44976-201 | ENSMUST00000205543 | 261 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm3333-201 | ENSMUST00000221637 | 452 nt | TSL 5 BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm43373-201 | ENSMUST00000202552 | 2870 nt | BASIC | 2.42 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22750-201 | ENSMUST00000102076 | 103 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm25485-201 | ENSMUST00000104120 | 132 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm24280-201 | ENSMUST00000104237 | 134 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm23983-201 | ENSMUST00000157142 | 114 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Rnu7-201 | ENSMUST00000158458 | 62 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm24634-201 | ENSMUST00000158672 | 107 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm24837-201 | ENSMUST00000158683 | 81 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Mir6997-201 | ENSMUST00000184313 | 71 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm27959-201 | ENSMUST00000185172 | 111 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm42719-201 | ENSMUST00000197393 | 355 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | AC124739.2-201 | ENSMUST00000222201 | 109 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | mt-Ta-201 | ENSMUST00000082398 | 69 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm37928-201 | ENSMUST00000193265 | 4131 nt | BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Olfr974-202 | ENSMUST00000213246 | 3561 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 2.41 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | AC152951.2-201 | ENSMUST00000218293 | 3587 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.02 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Snord100-201 | ENSMUST00000116836 | 74 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm2830-201 | ENSMUST00000140330 | 385 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm25060-201 | ENSMUST00000157374 | 130 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22338-201 | ENSMUST00000157715 | 129 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm24237-201 | ENSMUST00000157790 | 132 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22535-201 | ENSMUST00000158174 | 119 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm27878-201 | ENSMUST00000184000 | 106 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | AC153512.4-201 | ENSMUST00000217783 | 426 nt | TSL 3 BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm23445-201 | ENSMUST00000082800 | 107 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22738-201 | ENSMUST00000083440 | 147 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Mirlet7f-2-201 | ENSMUST00000083668 | 83 nt | BASIC | 2.4 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22279-201 | ENSMUST00000157200 | 93 nt | BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm24900-201 | ENSMUST00000158128 | 134 nt | BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm42807-201 | ENSMUST00000200141 | 329 nt | BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | CT025689.3-201 | ENSMUST00000223817 | 301 nt | BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Hmgb1l-201 | ENSMUST00000082150 | 571 nt | BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm25815-201 | ENSMUST00000082755 | 107 nt | BASIC | 2.39 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm26339-201 | ENSMUST00000102368 | 99 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm26077-201 | ENSMUST00000104064 | 123 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22105-201 | ENSMUST00000116734 | 116 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm23504-201 | ENSMUST00000158988 | 95 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Mir7226-201 | ENSMUST00000184953 | 60 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm44464-201 | ENSMUST00000198010 | 138 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm43381-201 | ENSMUST00000198553 | 165 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm45386-201 | ENSMUST00000210194 | 218 nt | BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Zfp280c-202 | ENSMUST00000076635 | 4355 nt | APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC | 2.38 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm43753-201 | ENSMUST00000196539 | 3309 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Olfr1029-202 | ENSMUST00000217244 | 3743 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | AC122828.3-201 | ENSMUST00000223019 | 3915 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Zfp638-212 | ENSMUST00000203891 | 3968 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm24482-201 | ENSMUST00000117005 | 93 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22790-201 | ENSMUST00000157229 | 129 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm27672-201 | ENSMUST00000183751 | 204 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Mir6376-201 | ENSMUST00000185149 | 131 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Ighv1-1-201 | ENSMUST00000194912 | 291 nt | BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Trdn-201 | ENSMUST00000095762 | 4514 nt | APPRIS P2 TSL 5 BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | F8-202 | ENSMUST00000114085 | 7295 nt | APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC | 2.37 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm33962-201 | ENSMUST00000182643 | 2592 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Traj30-201 | ENSMUST00000103711 | 59 nt | APPRIS P1 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm23113-201 | ENSMUST00000158477 | 99 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22946-201 | ENSMUST00000158558 | 82 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Mir7039-201 | ENSMUST00000183852 | 85 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm45027-201 | ENSMUST00000207081 | 78 nt | TSL 3 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm8508-201 | ENSMUST00000061226 | 363 nt | BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Olfr1039-203 | ENSMUST00000216566 | 4166 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Olfr801-203 | ENSMUST00000213294 | 4045 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Ppp1r3a-201 | ENSMUST00000045096 | 6965 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 2.36 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm42664-201 | ENSMUST00000199417 | 3239 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22151-201 | ENSMUST00000116963 | 58 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm14626-201 | ENSMUST00000117619 | 216 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm24916-201 | ENSMUST00000157287 | 79 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm29604-201 | ENSMUST00000187176 | 163 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | AC120540.2-201 | ENSMUST00000221716 | 387 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm23303-201 | ENSMUST00000082714 | 152 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Mir489-201 | ENSMUST00000093599 | 107 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Olfr794-202 | ENSMUST00000204820 | 3044 nt | APPRIS P1 TSL 2 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm26624-201 | ENSMUST00000181486 | 3769 nt | TSL 5 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Olfr1442-203 | ENSMUST00000208494 | 3593 nt | APPRIS P1 TSL 3 BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | AC132221.1-201 | ENSMUST00000220577 | 3841 nt | BASIC | 2.35 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm37331-201 | ENSMUST00000192367 | 3375 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22003-201 | ENSMUST00000101885 | 107 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm14567-201 | ENSMUST00000117155 | 174 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm16186-201 | ENSMUST00000120132 | 216 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm13246-201 | ENSMUST00000120994 | 315 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm3848-201 | ENSMUST00000136693 | 299 nt | TSL 1 (best) BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm16510-201 | ENSMUST00000153501 | 249 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22083-201 | ENSMUST00000157586 | 102 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Mir1931-201 | ENSMUST00000158589 | 119 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm22756-201 | ENSMUST00000180118 | 107 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm38298-201 | ENSMUST00000193578 | 118 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Mir3069-201 | ENSMUST00000198802 | 65 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | AC129085.1-201 | ENSMUST00000225263 | 165 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |
| Hoxa13 | Q62424 | Gm26054-201 | ENSMUST00000083037 | 107 nt | BASIC | 2.34 | □□□□□ -2.03 | | |