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| Hes3 | Q61657 | Gm21897-201 | ENSMUST00000178312 | 1500 nt | APPRIS P1 BASIC | 0.24 | □□□□□ -2.37 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm22656-201 | ENSMUST00000104199 | 171 nt | BASIC | 0.24 | □□□□□ -2.37 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm26152-201 | ENSMUST00000157427 | 101 nt | BASIC | 0.24 | □□□□□ -2.37 | | |
| Hes3 | Q61657 | Mir1931-201 | ENSMUST00000158589 | 119 nt | BASIC | 0.24 | □□□□□ -2.37 | | |
| Hes3 | Q61657 | 1700129C05Rik-203 | ENSMUST00000162271 | 325 nt | APPRIS ALT2 TSL 3 BASIC | 0.24 | □□□□□ -2.37 | | |
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| Hes3 | Q61657 | mt-Atp6-201 | ENSMUST00000082408 | 681 nt | APPRIS P1 BASIC | 0.22 | □□□□□ -2.37 | | |
| Hes3 | Q61657 | Fam46d-201 | ENSMUST00000101292 | 2995 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 0.21 | □□□□□ -2.38 | | |
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| Hes3 | Q61657 | Gm26393-201 | ENSMUST00000157625 | 129 nt | BASIC | 0.21 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm22706-201 | ENSMUST00000157907 | 112 nt | BASIC | 0.21 | □□□□□ -2.38 | | |
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| Hes3 | Q61657 | AC104832.1-201 | ENSMUST00000222938 | 550 nt | BASIC | 0.21 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | AC154484.1-201 | ENSMUST00000227311 | 771 nt | BASIC | 0.21 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm26326-201 | ENSMUST00000083070 | 129 nt | BASIC | 0.21 | □□□□□ -2.38 | | |
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| Hes3 | Q61657 | Gm13711-201 | ENSMUST00000119708 | 453 nt | BASIC | 0.2 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm22215-201 | ENSMUST00000157558 | 96 nt | BASIC | 0.2 | □□□□□ -2.38 | | |
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| Hes3 | Q61657 | Gm26116-201 | ENSMUST00000175600 | 77 nt | BASIC | 0.2 | □□□□□ -2.38 | | |
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| Hes3 | Q61657 | Gm28559-201 | ENSMUST00000190532 | 139 nt | BASIC | 0.2 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | 4930511M18Rik-201 | ENSMUST00000197811 | 679 nt | TSL 1 (best) BASIC | 0.2 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm44488-201 | ENSMUST00000199467 | 119 nt | BASIC | 0.2 | □□□□□ -2.38 | | |
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| Hes3 | Q61657 | AC166358.7-201 | ENSMUST00000221132 | 108 nt | BASIC | 0.2 | □□□□□ -2.38 | | |
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| Hes3 | Q61657 | Gm22502-201 | ENSMUST00000082488 | 107 nt | BASIC | 0.2 | □□□□□ -2.38 | | |
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| Hes3 | Q61657 | Gm27717-201 | ENSMUST00000183933 | 151 nt | BASIC | 0.19 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm29276-201 | ENSMUST00000190453 | 932 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 0.19 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm34302-201 | ENSMUST00000192926 | 243 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 0.19 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm37997-201 | ENSMUST00000193515 | 267 nt | BASIC | 0.19 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | AC154994.1-201 | ENSMUST00000217395 | 302 nt | BASIC | 0.19 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | AC098718.2-201 | ENSMUST00000226822 | 285 nt | BASIC | 0.19 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm22294-201 | ENSMUST00000083308 | 104 nt | BASIC | 0.19 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Mir500-201 | ENSMUST00000093600 | 92 nt | BASIC | 0.19 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm8251-201 | ENSMUST00000168641 | 5985 nt | APPRIS P1 BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm23142-201 | ENSMUST00000101848 | 105 nt | BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm26240-201 | ENSMUST00000101893 | 105 nt | BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm6985-201 | ENSMUST00000121255 | 271 nt | BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm24476-201 | ENSMUST00000157437 | 131 nt | BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm22945-201 | ENSMUST00000158557 | 157 nt | BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm23024-201 | ENSMUST00000158770 | 292 nt | BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm15446-203 | ENSMUST00000170826 | 192 nt | TSL 5 BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm23148-201 | ENSMUST00000180367 | 107 nt | BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Rpl23a-ps7-201 | ENSMUST00000185437 | 460 nt | BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm28585-201 | ENSMUST00000187587 | 442 nt | TSL 5 BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm30155-201 | ENSMUST00000223458 | 339 nt | BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm22248-201 | ENSMUST00000082482 | 150 nt | BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm22283-201 | ENSMUST00000082556 | 161 nt | BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm25855-201 | ENSMUST00000082787 | 72 nt | BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm25258-201 | ENSMUST00000083049 | 107 nt | BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm24616-201 | ENSMUST00000083274 | 139 nt | BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm23039-201 | ENSMUST00000083870 | 161 nt | BASIC | 0.18 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm24342-201 | ENSMUST00000103907 | 104 nt | BASIC | 0.17 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm24116-201 | ENSMUST00000103975 | 107 nt | BASIC | 0.17 | □□□□□ -2.38 | | |
| Hes3 | Q61657 | Gm25416-201 | ENSMUST00000104221 | 107 nt | BASIC | 0.17 | □□□□□ -2.38 | | |