Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Clstn2-201ENSMUST00000035027 4365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Rasl10b-202ENSMUST00000108140 3156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Pced1a-202ENSMUST00000110277 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Plxnd1-201ENSMUST00000015511 6907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Atxn7-201ENSMUST00000022257 6853 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Ust-201ENSMUST00000061601 4228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Deaf1-209ENSMUST00000211537 2882 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Ncam2-202ENSMUST00000067602 3563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 9030624G23Rik-201ENSMUST00000101538 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Nos1ap-207ENSMUST00000161966 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Steap1-201ENSMUST00000015796 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Gm17349-201ENSMUST00000163472 300 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2br-203ENSMUST00000180288 1256 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Ttc32-203ENSMUST00000219488 768 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2bq-202ENSMUST00000091749 1254 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem81-201ENSMUST00000058167 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Nudt17-204ENSMUST00000200387 2108 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Eif1a-202ENSMUST00000168382 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Vps4a-201ENSMUST00000034388 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Gm8258-201ENSMUST00000055593 1449 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Ctnnbip1-201ENSMUST00000030839 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Acot1-201ENSMUST00000168120 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd63-201ENSMUST00000104937 4861 ntAPPRIS P1 BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Crocc-203ENSMUST00000102491 6582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Ubtf-206ENSMUST00000107123 2759 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Kif7-202ENSMUST00000178048 4524 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Shc3-201ENSMUST00000021898 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Bend6-202ENSMUST00000115161 2231 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Meox1-201ENSMUST00000057054 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Gm17661-201ENSMUST00000170317 270 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Pih1d2-201ENSMUST00000000171 1256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27389-201ENSMUST00000183622 195 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Mtnr1b-201ENSMUST00000057920 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Cdkn2c-201ENSMUST00000063531 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Eomes-202ENSMUST00000111763 2869 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Dcaf8-206ENSMUST00000192704 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Csf3-201ENSMUST00000038886 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13032-201ENSMUST00000151848 2001 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Polr3d-201ENSMUST00000000793 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc14-204ENSMUST00000137649 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Matk-201ENSMUST00000105328 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Klc3-202ENSMUST00000108457 1632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Mmp11-201ENSMUST00000000924 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Asnsd1-201ENSMUST00000027264 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Pdxdc1-202ENSMUST00000115802 2466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp623-201ENSMUST00000037260 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Tra2a-204ENSMUST00000204189 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Dock3-201ENSMUST00000044532 9063 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Nsg1-201ENSMUST00000031009 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Gpr180-201ENSMUST00000022728 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Prcc-201ENSMUST00000005015 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Cdc34-202ENSMUST00000166603 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 H2afz-207ENSMUST00000174561 810 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Gm21559-201ENSMUST00000220638 855 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Mrps6-201ENSMUST00000047429 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Tigd3-201ENSMUST00000055911 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Kcnj4-201ENSMUST00000057801 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Pym1-201ENSMUST00000065210 1156 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Gm8587-201ENSMUST00000076538 843 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Gm8994-201ENSMUST00000077886 1236 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Mrpl43-201ENSMUST00000097715 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Lancl2-202ENSMUST00000072954 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Slc16a3-201ENSMUST00000070653 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Spata2l-201ENSMUST00000098327 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Fam135a-201ENSMUST00000027337 5536 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Ogg1-201ENSMUST00000032406 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Gnas-222ENSMUST00000180362 1645 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6093-201ENSMUST00000221792 1623 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 4930426D05Rik-202ENSMUST00000139804 1650 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Cog2-201ENSMUST00000034460 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Ankrd22-201ENSMUST00000025686 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Eif2b4-201ENSMUST00000077693 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Elac2-203ENSMUST00000108697 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Msl1-204ENSMUST00000107487 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
Ccdc3Q9D6Y1 Rbpj-203ENSMUST00000113865 5440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 AC154471.1-201ENSMUST00000224418 436 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 AC159205.3-201ENSMUST00000224614 874 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Ube2t-201ENSMUST00000027687 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Rpp25l-201ENSMUST00000038434 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Insl6-201ENSMUST00000052380 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Krtap1-5-201ENSMUST00000054532 1041 ntAPPRIS P1 BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Cebpg-201ENSMUST00000070191 914 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Chst2-201ENSMUST00000036267 7328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Sapcd2-202ENSMUST00000100323 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Med9-201ENSMUST00000081980 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxo42-201ENSMUST00000030757 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Dut-201ENSMUST00000051605 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Nfs1-201ENSMUST00000029147 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 S1pr5-201ENSMUST00000122088 2500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Polr3h-201ENSMUST00000023113 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Uhmk1-201ENSMUST00000027979 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Lrp5-202ENSMUST00000176867 2759 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Ltbp4-202ENSMUST00000108369 5377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Gprin1-202ENSMUST00000135343 4248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Dnajb9-201ENSMUST00000015049 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem198-201ENSMUST00000050899 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Arl1-202ENSMUST00000116234 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Prpsap1-201ENSMUST00000106391 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Hpn-209ENSMUST00000168884 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Ccdc3Q9D6Y1 Rasgrp1-201ENSMUST00000102534 5229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 30.7 ms