Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Pea15a-201ENSMUST00000013842 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Rbpms-213ENSMUST00000191473 2547 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Tbc1d9b-202ENSMUST00000101270 5213 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.89■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Cyb5a-204ENSMUST00000160180 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Fam131a-202ENSMUST00000118919 2262 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Tmem132e-201ENSMUST00000054245 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Clk4-201ENSMUST00000093132 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Rapgef3-207ENSMUST00000134885 1422 ntTSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Ddx19a-201ENSMUST00000040416 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gm26938-201ENSMUST00000182839 744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 AC134329.2-201ENSMUST00000217897 428 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Pdcd2l-201ENSMUST00000002710 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Lce1h-201ENSMUST00000051521 706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Ppp2r5d-201ENSMUST00000002839 2926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gm26885-201ENSMUST00000181920 1688 ntTSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 A730089K16Rik-201ENSMUST00000194526 2427 ntBASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gm44618-201ENSMUST00000208431 2262 ntTSL 3 BASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Slc5a10-201ENSMUST00000051552 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Csnk1g3-201ENSMUST00000069597 4394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.88■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gm15408-201ENSMUST00000124198 1379 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Slc43a1-202ENSMUST00000111624 2556 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Tmed4-201ENSMUST00000004508 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Polr3d-201ENSMUST00000000793 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 1700041G16Rik-202ENSMUST00000186344 1824 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Racgap1-213ENSMUST00000171702 3052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Deaf1-209ENSMUST00000211537 2882 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gm9954-202ENSMUST00000198686 4725 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gata5os-201ENSMUST00000069943 1678 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Polr3h-201ENSMUST00000023113 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gm13401-201ENSMUST00000117074 291 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Ramp2-204ENSMUST00000129680 1178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gm25925-201ENSMUST00000158314 306 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Hint1-201ENSMUST00000020504 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Il17a-201ENSMUST00000027061 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Nthl1-201ENSMUST00000047611 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Prss12-201ENSMUST00000029603 2602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 F2rl3-201ENSMUST00000058099 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Cmtm4-201ENSMUST00000179802 7734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Unc13b-201ENSMUST00000079978 6354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ShhQ62226 4930426D05Rik-202ENSMUST00000139804 1650 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Psmd13-209ENSMUST00000164681 726 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Snrnp48-202ENSMUST00000178564 847 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Evx2-201ENSMUST00000001867 4191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Igsf11-201ENSMUST00000023478 3443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Pitpnm1-201ENSMUST00000049658 4206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ShhQ62226 9130024F11Rik-201ENSMUST00000135238 1300 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Grk6-201ENSMUST00000001115 2994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Plpbp-202ENSMUST00000098851 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Ing1-207ENSMUST00000211007 2241 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Pkn1-201ENSMUST00000005616 6662 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Arpc4-201ENSMUST00000156898 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Hmces-201ENSMUST00000032141 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Apba3-201ENSMUST00000057798 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Cpd-201ENSMUST00000021201 7946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Mycbp-202ENSMUST00000106202 1536 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Serinc2-201ENSMUST00000105996 1878 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Trmo-202ENSMUST00000086563 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Aldh1a3-204ENSMUST00000174215 1066 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gm44973-201ENSMUST00000207050 1003 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Ntpcr-201ENSMUST00000034313 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Lysmd2-201ENSMUST00000034702 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Rpl39l-201ENSMUST00000044103 805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Prok1-201ENSMUST00000049852 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Fbrsl1-206ENSMUST00000198834 2571 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Disc1-208ENSMUST00000122389 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Rab11fip5-202ENSMUST00000204087 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Nsfl1c-201ENSMUST00000028949 1364 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Ttc14-203ENSMUST00000117915 4913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Tlcd1-204ENSMUST00000127587 1412 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Fam181a-201ENSMUST00000179363 1406 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Fam181a-203ENSMUST00000191218 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Kmt5c-201ENSMUST00000098853 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Epn1-202ENSMUST00000098845 2565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Fam135a-201ENSMUST00000027337 5536 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Best2-203ENSMUST00000209421 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Hmces-202ENSMUST00000113606 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Mtcp1-201ENSMUST00000033542 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Taf6l-211ENSMUST00000177056 2006 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Tulp1-201ENSMUST00000041819 2017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Tmem151b-201ENSMUST00000180252 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Hspa1l-201ENSMUST00000007248 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Agfg1-205ENSMUST00000187899 2078 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Hist1h2bf-201ENSMUST00000105106 461 ntAPPRIS P1 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 AA467197-202ENSMUST00000110512 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 5430402O13Rik-201ENSMUST00000126537 869 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 4833413E03Rik-201ENSMUST00000013706 1091 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gm3331-201ENSMUST00000183423 1017 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Mir6349-201ENSMUST00000184059 97 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Efcab11-207ENSMUST00000223114 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 AC154471.1-201ENSMUST00000224418 436 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Nme4-201ENSMUST00000025007 912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gm5867-201ENSMUST00000063197 592 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Zc3h14-203ENSMUST00000110104 3146 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Usp21-202ENSMUST00000111305 2278 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 A930024E05Rik-201ENSMUST00000148466 1896 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Slc25a47-202ENSMUST00000221080 1890 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Abhd10-201ENSMUST00000066983 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Zfp689-202ENSMUST00000106299 1417 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Gm26795-201ENSMUST00000180993 1952 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
ShhQ62226 Krt86-201ENSMUST00000088049 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.1 ms