Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45203-201ENSMUST00000206384 1831 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9917-202ENSMUST00000181099 1499 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Etnk1-204ENSMUST00000205256 2647 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Mansc4-201ENSMUST00000100780 1125 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29707-201ENSMUST00000196325 491 ntBASIC27.76■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Isl2-201ENSMUST00000034869 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gss-203ENSMUST00000130881 1724 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Asnsd1-201ENSMUST00000027264 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp264-201ENSMUST00000208656 1563 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gfra2-202ENSMUST00000227633 1480 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Mzt1-203ENSMUST00000227948 952 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Glra1-203ENSMUST00000108853 1797 ntTSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 9430097D07Rik-201ENSMUST00000100190 1501 ntAPPRIS P1 BASIC27.75■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Celf3-208ENSMUST00000198316 2505 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Snx16-202ENSMUST00000099223 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr55-201ENSMUST00000049323 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 4933434E20Rik-209ENSMUST00000162114 1411 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Pacsin1-204ENSMUST00000114873 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Stat5b-201ENSMUST00000004143 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Pea15a-201ENSMUST00000013842 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Kat14-208ENSMUST00000147747 3299 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Zpbp2-203ENSMUST00000107509 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Clint1-202ENSMUST00000109261 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Agap3-205ENSMUST00000199856 2685 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Por-201ENSMUST00000005651 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Slc16a7-205ENSMUST00000210780 2562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gmnn-202ENSMUST00000110382 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12895-201ENSMUST00000122214 226 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17112-201ENSMUST00000163194 432 ntTSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28051-201ENSMUST00000179306 445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38186-201ENSMUST00000192574 449 ntTSL 3 BASIC27.74■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 AC153889.1-201ENSMUST00000219257 330 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Casp3-201ENSMUST00000093517 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Tsc22d1-201ENSMUST00000022587 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Spi1-201ENSMUST00000002180 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Arpc4-201ENSMUST00000156898 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm24-201ENSMUST00000037923 3086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16863-201ENSMUST00000181476 2431 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Prkcz-203ENSMUST00000105624 694 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15889-201ENSMUST00000159142 1083 ntTSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44930-202ENSMUST00000208733 689 ntTSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 3110040N11Rik-201ENSMUST00000026092 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Birc2-201ENSMUST00000054878 378 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Enah-210ENSMUST00000193074 1971 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp768-201ENSMUST00000060783 2356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Tsacc-202ENSMUST00000107556 584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26871-202ENSMUST00000180774 695 ntTSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Ppib-201ENSMUST00000034947 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Ciz1-205ENSMUST00000113338 2666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Tm6sf2-201ENSMUST00000049197 1418 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Schip1-201ENSMUST00000029346 2201 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Eif6-202ENSMUST00000109638 1382 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Atf7-209ENSMUST00000184485 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf181-203ENSMUST00000114095 869 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37280-201ENSMUST00000194583 375 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 AW822252-206ENSMUST00000208904 237 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Neil3-201ENSMUST00000047768 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26825-201ENSMUST00000181751 2026 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Alas2-201ENSMUST00000066337 2037 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Klf16-201ENSMUST00000038558 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Atoh1-201ENSMUST00000101351 2121 ntAPPRIS P1 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb32-202ENSMUST00000108151 1775 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 5031425F14Rik-201ENSMUST00000127920 2098 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Klk12-202ENSMUST00000107970 1115 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Speg-202ENSMUST00000113587 1254 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27459-201ENSMUST00000184860 107 ntBASIC27.7■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Tesc-201ENSMUST00000031304 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Epha10-201ENSMUST00000059343 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Rgmb-201ENSMUST00000170578 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Nxn-201ENSMUST00000021204 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
Ccdc88bQ4QRL3 Ddx39b-203ENSMUST00000173731 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Fam43b-201ENSMUST00000105032 2437 ntAPPRIS P1 BASIC27.7■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Psma3-204ENSMUST00000160864 859 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Hrh3-204ENSMUST00000165248 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Tecr-201ENSMUST00000019382 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd23-204ENSMUST00000194853 1073 ntTSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Ankrd40-201ENSMUST00000021227 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a43-201ENSMUST00000047655 1111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Enoph1-202ENSMUST00000169390 1833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Ache-201ENSMUST00000024099 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Ocel1-201ENSMUST00000002469 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Retreg1-201ENSMUST00000022881 3248 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Shisa7-203ENSMUST00000119433 3481 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Pex11b-202ENSMUST00000118557 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Ciao1-204ENSMUST00000174030 1109 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 AC140264.2-201ENSMUST00000219668 289 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 A730056A06Rik-201ENSMUST00000181299 2689 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Acadvl-201ENSMUST00000018718 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43182-201ENSMUST00000199476 2528 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnj4-201ENSMUST00000057801 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Tox2-205ENSMUST00000165937 1675 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Crhr2-203ENSMUST00000114374 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Ythdf1-201ENSMUST00000037299 3184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Slbp-205ENSMUST00000139518 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Prr3-202ENSMUST00000165613 767 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Ssr2-205ENSMUST00000193934 569 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 AC153556.1-201ENSMUST00000215135 794 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Bpifa3-201ENSMUST00000028984 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Srrd-201ENSMUST00000031289 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Ccdc88bQ4QRL3 Spsb4-201ENSMUST00000055433 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 34.8 ms