Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Hyls1-201ENSMUST00000115110 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Dtx3-202ENSMUST00000116229 1994 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn19-201ENSMUST00000084309 924 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Anxa2-201ENSMUST00000034756 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc166-202ENSMUST00000183130 1563 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 C130026I21Rik-201ENSMUST00000064341 1561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Nkd1-201ENSMUST00000034086 3035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 5830415G21Rik-201ENSMUST00000192543 1332 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 2310002F09Rik-201ENSMUST00000181454 1607 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Atp6v1c1-201ENSMUST00000022904 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Pdgfa-202ENSMUST00000076095 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Trim68-201ENSMUST00000082175 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Ncam2-202ENSMUST00000067602 3563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Gm128-202ENSMUST00000107197 1289 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Mis18bp1-202ENSMUST00000124201 717 ntTSL 3 BASIC27.84■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Epsti1-202ENSMUST00000169978 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Shisa5-218ENSMUST00000200515 1005 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Epsti1-203ENSMUST00000227903 1178 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Pnmt-201ENSMUST00000041301 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9857-201ENSMUST00000050914 393 ntAPPRIS P1 BASIC27.84■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Sec61b-201ENSMUST00000065678 564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Fam129b-201ENSMUST00000028135 3714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Nxnl1-201ENSMUST00000048243 2285 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Ciz1-201ENSMUST00000048964 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Tnfsf14-201ENSMUST00000005976 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Agfg2-202ENSMUST00000100544 2858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Lcn12-202ENSMUST00000114245 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf186-201ENSMUST00000116094 1249 ntAPPRIS P1 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Pqlc1-208ENSMUST00000144468 1050 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Rpp40-202ENSMUST00000174230 1053 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem178b-203ENSMUST00000180886 712 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26887-201ENSMUST00000181282 547 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26644-201ENSMUST00000181365 958 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Gm40457-201ENSMUST00000205319 1174 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Sult2b1-204ENSMUST00000209739 1858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 2810004N23Rik-201ENSMUST00000034465 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Ybx2-202ENSMUST00000108601 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Il1rn-201ENSMUST00000114482 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Gas1-201ENSMUST00000065086 2961 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Stk33-201ENSMUST00000090414 2221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3glb1-205ENSMUST00000199854 1416 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Cep57-208ENSMUST00000147115 2262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef25-212ENSMUST00000222006 1896 ntTSL 5 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Ccdc88bQ4QRL3 Mras-202ENSMUST00000119472 1190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Bex3-204ENSMUST00000178632 933 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 4930455H04Rik-201ENSMUST00000117592 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Bcl7b-203ENSMUST00000111188 1434 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Ccdc69-201ENSMUST00000055040 1402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16499-203ENSMUST00000204633 2177 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Prss56-201ENSMUST00000044533 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Cdipt-201ENSMUST00000032920 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Igsf8-201ENSMUST00000039506 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 H2-K1-205ENSMUST00000172912 1570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Clasp2-204ENSMUST00000213663 2727 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Dpy19l1-206ENSMUST00000170356 4715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Ntrk1-201ENSMUST00000029712 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Tdh-201ENSMUST00000022522 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Eif4a2-201ENSMUST00000023599 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Lancl2-202ENSMUST00000072954 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr142-202ENSMUST00000106584 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8969-201ENSMUST00000199694 526 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Il17b-201ENSMUST00000025471 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr142-201ENSMUST00000045319 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 A130014A01Rik-201ENSMUST00000183021 2323 ntBASIC27.81■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2f-204ENSMUST00000178627 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Arhgef9-208ENSMUST00000128565 2285 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Ogfod2-201ENSMUST00000024470 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf141-201ENSMUST00000106682 1101 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn7-203ENSMUST00000108596 664 ntTSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf20-202ENSMUST00000118639 587 ntTSL 3 BASIC27.8■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Fiz1-203ENSMUST00000167804 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Med9-201ENSMUST00000081980 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Cnpy1-202ENSMUST00000118882 1984 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Tfap2a-208ENSMUST00000224999 2058 ntAPPRIS ALT1 BASIC27.79■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Fam104a-201ENSMUST00000120194 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Exog-202ENSMUST00000164213 2627 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37519-201ENSMUST00000191687 2210 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Tenm3-204ENSMUST00000110346 2267 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Mpst-202ENSMUST00000167140 1279 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Map6-206ENSMUST00000208605 2275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 B4galt3-205ENSMUST00000126699 1758 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38119-201ENSMUST00000192027 755 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43077-201ENSMUST00000200602 491 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Hikeshi-207ENSMUST00000207309 835 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Sult2b1-201ENSMUST00000075571 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Madcam1-201ENSMUST00000020554 1436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Kcns3-201ENSMUST00000055673 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Taf6l-201ENSMUST00000003777 1869 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Kmt5c-201ENSMUST00000098853 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Mmp28-201ENSMUST00000021020 2311 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Nmnat3-201ENSMUST00000112935 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Stxbp5l-202ENSMUST00000114775 1691 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Arl1-202ENSMUST00000116234 2080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16272-201ENSMUST00000128218 388 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl3l-202ENSMUST00000170239 1375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Gm20675-201ENSMUST00000175861 338 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 1700025L06Rik-203ENSMUST00000211477 1623 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Lce1a1-201ENSMUST00000074142 705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Cd302-202ENSMUST00000074606 1354 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Ccdc88bQ4QRL3 Macrod2-206ENSMUST00000110064 4883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.5 ms