Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Bdkrb1-202ENSMUST00000182899 1313 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Bdkrb1-201ENSMUST00000041229 1338 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r9b-201ENSMUST00000038696 4508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Pea15a-202ENSMUST00000111247 2435 ntTSL 3 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43702-201ENSMUST00000198772 2546 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7609-201ENSMUST00000113402 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Trim68-201ENSMUST00000082175 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Ttc14-203ENSMUST00000117915 4913 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Rbl2-201ENSMUST00000034091 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2bf-201ENSMUST00000105106 461 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Cutc-202ENSMUST00000112047 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gm29791-202ENSMUST00000207888 369 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Cnih3-204ENSMUST00000209607 564 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Flywch2-201ENSMUST00000024704 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Hint2-201ENSMUST00000030192 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem151b-201ENSMUST00000180252 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Edem1-201ENSMUST00000089162 5817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Rogdi-207ENSMUST00000202281 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem196-201ENSMUST00000058644 1678 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Kmt5c-201ENSMUST00000098853 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Zdhhc6-201ENSMUST00000076891 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 A930012L18Rik-201ENSMUST00000181094 2364 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Agap3-205ENSMUST00000199856 2685 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Srcin1-203ENSMUST00000107596 7054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Aig1-201ENSMUST00000019942 1439 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Mtcl1-201ENSMUST00000086693 7221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Mpig6b-201ENSMUST00000097337 2252 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Matn4-204ENSMUST00000109359 2179 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Taf9-205ENSMUST00000190594 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Eva1c-202ENSMUST00000099543 1554 ntTSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9774-202ENSMUST00000192538 1392 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Mdfi-203ENSMUST00000113280 1281 ntTSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Sae1-203ENSMUST00000210999 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Psma6-201ENSMUST00000021412 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Efcab11-207ENSMUST00000223114 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Gng11-201ENSMUST00000031670 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Wisp2-201ENSMUST00000029188 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem132e-201ENSMUST00000054245 4386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem94-202ENSMUST00000103033 5238 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Iqsec2-202ENSMUST00000112604 5967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxl15-201ENSMUST00000026256 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Gm42900-201ENSMUST00000197184 2167 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Fam98a-201ENSMUST00000112507 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Otud7a-201ENSMUST00000058476 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Diras1-201ENSMUST00000055125 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26781-201ENSMUST00000181385 1477 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Taf6l-211ENSMUST00000177056 2006 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Agbl5-215ENSMUST00000202060 3121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Nsfl1c-201ENSMUST00000028949 1364 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2bj-201ENSMUST00000110452 463 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2bp-202ENSMUST00000110473 621 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Gm16061-201ENSMUST00000122167 857 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp629-206ENSMUST00000132524 215 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Gm4217-201ENSMUST00000182243 1002 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Hist1h2bm-201ENSMUST00000224651 524 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Mgst3-201ENSMUST00000028005 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 4930505A04Rik-201ENSMUST00000041763 904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Nkx2-6-201ENSMUST00000062437 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp689-202ENSMUST00000106299 1417 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Mpst-201ENSMUST00000043865 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Fcgrt-201ENSMUST00000003512 1770 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Praf2-201ENSMUST00000033489 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Nfil3-201ENSMUST00000071065 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Aire-204ENSMUST00000128241 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Aire-205ENSMUST00000130972 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Aire-212ENSMUST00000145975 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Aire-201ENSMUST00000019257 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Trim24-201ENSMUST00000031859 4042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Slc5a10-201ENSMUST00000051552 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Ssu72-201ENSMUST00000030905 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Cdk5-201ENSMUST00000030814 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem214-202ENSMUST00000201203 6110 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Apaf1-208ENSMUST00000162618 5151 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Ggt6-202ENSMUST00000100903 1387 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Odf2-211ENSMUST00000113767 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Nup85-201ENSMUST00000021085 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Prdm8-202ENSMUST00000210477 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Mff-202ENSMUST00000078332 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Cobll1-205ENSMUST00000112431 5024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Rrbp1-202ENSMUST00000037875 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12781-201ENSMUST00000146269 395 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Gm25016-201ENSMUST00000158399 131 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Flg-203ENSMUST00000178695 777 ntAPPRIS P5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Ets1-206ENSMUST00000184887 2107 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Prss40-201ENSMUST00000047840 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Rplp2-201ENSMUST00000084434 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Fam171a1-204ENSMUST00000115099 4149 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Cyth2-201ENSMUST00000056820 2527 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem198-202ENSMUST00000113575 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Ndor1-202ENSMUST00000114349 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Nkiras2-201ENSMUST00000017981 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Hmces-202ENSMUST00000113606 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Nit1-202ENSMUST00000111295 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Camk2b-202ENSMUST00000019133 2223 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Ythdc1-203ENSMUST00000120498 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp119b-201ENSMUST00000056147 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Tfap2a-208ENSMUST00000224999 2058 ntAPPRIS ALT1 BASIC16.67■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Map3k7cl-201ENSMUST00000026700 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Tspan10-201ENSMUST00000044105 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Ccdc3Q9D6Y1 Nmnat3-203ENSMUST00000112938 848 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 17.4 ms