Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

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Length 437 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 AC108858.1-201ENSMUST00000228461 1498 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
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ShhQ62226 B3galnt2-204ENSMUST00000221300 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Gm43702-201ENSMUST00000198772 2546 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Cog2-201ENSMUST00000034460 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Gm15952-201ENSMUST00000122858 490 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Ubtf-207ENSMUST00000128016 1062 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Ube2t-201ENSMUST00000027687 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Ubald1-201ENSMUST00000037843 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
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ShhQ62226 Lins1-203ENSMUST00000121777 2729 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Shank3-203ENSMUST00000109309 7365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Hist1h2bh-201ENSMUST00000224359 1679 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Ppm1b-202ENSMUST00000112304 3262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Rev1-201ENSMUST00000027251 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Ctnnbip1-201ENSMUST00000030839 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 1600012H06Rik-201ENSMUST00000052691 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Cdv3-201ENSMUST00000035484 3387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Ccnd3-215ENSMUST00000183044 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Tmco4-202ENSMUST00000050949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Camsap3-212ENSMUST00000208240 2572 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Fam131b-201ENSMUST00000031891 4065 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Lat2-202ENSMUST00000077636 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Slc16a3-201ENSMUST00000070653 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Avl9-201ENSMUST00000031805 6670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Acbd4-203ENSMUST00000107040 1959 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Cdc123-201ENSMUST00000043864 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Gm29514-202ENSMUST00000186665 2214 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
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ShhQ62226 Psme2-208ENSMUST00000161807 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
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ShhQ62226 Gzmm-201ENSMUST00000020549 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
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ShhQ62226 Olfr279-201ENSMUST00000050451 933 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
ShhQ62226 A230050P20Rik-201ENSMUST00000043911 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
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ShhQ62226 Srcin1-203ENSMUST00000107596 7054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
ShhQ62226 Wisp2-201ENSMUST00000029188 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
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ShhQ62226 E030044B06Rik-201ENSMUST00000181195 1266 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
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ShhQ62226 Nek9-201ENSMUST00000040992 5386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Nuak1-201ENSMUST00000020220 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Dut-201ENSMUST00000051605 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Olfr94-203ENSMUST00000222190 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Prkra-201ENSMUST00000002808 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Cyp2r1-201ENSMUST00000032908 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Tsks-201ENSMUST00000080233 1806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Bean1-201ENSMUST00000093245 3199 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Galk2-202ENSMUST00000094604 1928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Nudt17-204ENSMUST00000200387 2108 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Cdv3-202ENSMUST00000072249 3787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Nsmf-202ENSMUST00000074422 2824 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Pcnx-204ENSMUST00000221721 8318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Asnsd1-202ENSMUST00000123519 983 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Psmg4-201ENSMUST00000124996 474 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Zfp629-206ENSMUST00000132524 215 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Gm27463-201ENSMUST00000183569 57 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Ephx4-201ENSMUST00000049146 1279 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Rprml-201ENSMUST00000057870 1010 ntAPPRIS P1 BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Cmtm7-202ENSMUST00000084867 874 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Ap2a2-201ENSMUST00000003038 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
ShhQ62226 Gpn3-201ENSMUST00000031420 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.1 ms