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| Hoxa3 | P02831 | Gm11398-201 | ENSMUST00000120330 | 320 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm15926-201 | ENSMUST00000120492 | 550 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm14761-201 | ENSMUST00000121363 | 262 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm25283-201 | ENSMUST00000157272 | 77 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
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| Hoxa3 | P02831 | Gm35702-201 | ENSMUST00000198653 | 511 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Mir691-201 | ENSMUST00000199719 | 78 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm42500-201 | ENSMUST00000199898 | 517 nt | TSL 3 BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm19252-201 | ENSMUST00000204705 | 305 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Olfr277-ps1-201 | ENSMUST00000205749 | 285 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | AC167229.1-201 | ENSMUST00000220057 | 469 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm46998-201 | ENSMUST00000221444 | 330 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | AC166341.3-201 | ENSMUST00000221861 | 114 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | AC125311.1-201 | ENSMUST00000226950 | 220 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Ccl5-201 | ENSMUST00000035938 | 532 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Olfr937-201 | ENSMUST00000055567 | 936 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm22061-201 | ENSMUST00000082557 | 107 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm22974-201 | ENSMUST00000083301 | 103 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm23650-201 | ENSMUST00000083355 | 70 nt | BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Olfr784-202 | ENSMUST00000214064 | 3119 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Olfr1079-203 | ENSMUST00000216480 | 2071 nt | APPRIS ALT2 TSL 5 BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Vmn1r46-204 | ENSMUST00000228231 | 13338 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Olfr905-202 | ENSMUST00000214377 | 4429 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Olfr705-202 | ENSMUST00000213721 | 3001 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Vmn2r35-201 | ENSMUST00000169683 | 2586 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 3.46 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Vmn1r169-203 | ENSMUST00000227547 | 2322 nt | APPRIS P1 BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Vmn1r171-203 | ENSMUST00000226321 | 3067 nt | APPRIS ALT2 BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm21033-201 | ENSMUST00000208590 | 2608 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm9343-201 | ENSMUST00000209016 | 2609 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Pde1a-205 | ENSMUST00000102654 | 4122 nt | APPRIS P1 TSL 5 BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Snord116l9-201 | ENSMUST00000101891 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm26504-201 | ENSMUST00000102033 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Mir294-201 | ENSMUST00000104710 | 84 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm12173-201 | ENSMUST00000117622 | 273 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm12779-201 | ENSMUST00000121496 | 143 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm12087-201 | ENSMUST00000121878 | 258 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm14821-201 | ENSMUST00000121975 | 435 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Cdrt4os2-201 | ENSMUST00000128675 | 494 nt | TSL 2 BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm13775-201 | ENSMUST00000153865 | 751 nt | TSL 3 BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm16155-201 | ENSMUST00000155180 | 338 nt | TSL 3 BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm24745-201 | ENSMUST00000157840 | 85 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Lce6a-202 | ENSMUST00000170676 | 485 nt | APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm20673-201 | ENSMUST00000177167 | 430 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm22258-201 | ENSMUST00000177645 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm26502-201 | ENSMUST00000177732 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Snord116l13-201 | ENSMUST00000177737 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm25350-201 | ENSMUST00000177849 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Snord116l15-201 | ENSMUST00000177940 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm23446-201 | ENSMUST00000177977 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Snord116l4-201 | ENSMUST00000177982 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm26201-201 | ENSMUST00000178047 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm24711-201 | ENSMUST00000178062 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm24609-201 | ENSMUST00000178166 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm23265-201 | ENSMUST00000178321 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm22812-201 | ENSMUST00000178329 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Snord116l3-201 | ENSMUST00000178370 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm26246-201 | ENSMUST00000178388 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm22131-201 | ENSMUST00000178415 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm25155-201 | ENSMUST00000178450 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm24760-201 | ENSMUST00000178530 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
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| Hoxa3 | P02831 | Gm22285-201 | ENSMUST00000178576 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm22417-201 | ENSMUST00000178656 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Snord116l2-201 | ENSMUST00000178675 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm26270-201 | ENSMUST00000178690 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Snord116l16-201 | ENSMUST00000178777 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm25210-201 | ENSMUST00000178813 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm24168-201 | ENSMUST00000178825 | 107 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm25157-201 | ENSMUST00000178914 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm23313-201 | ENSMUST00000178931 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Snord116l17-201 | ENSMUST00000178936 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm23089-201 | ENSMUST00000178947 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm22046-201 | ENSMUST00000179027 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Snord116l10-201 | ENSMUST00000179053 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm24153-201 | ENSMUST00000179280 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm25597-201 | ENSMUST00000179388 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Snord116l1-201 | ENSMUST00000179518 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm22941-201 | ENSMUST00000179630 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm25816-201 | ENSMUST00000179764 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
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| Hoxa3 | P02831 | Gm25471-201 | ENSMUST00000180126 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Gm26433-201 | ENSMUST00000180227 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |
| Hoxa3 | P02831 | Snord116l11-201 | ENSMUST00000180312 | 94 nt | BASIC | 3.45 | □□□□□ -1.86 | | |