Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem80-201ENSMUST00000026578 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 H13-204ENSMUST00000125366 5204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Ino80e-201ENSMUST00000050833 1944 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Mettl4-ps1-202ENSMUST00000130218 1323 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Yipf3-201ENSMUST00000095263 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp1r3f-205ENSMUST00000150787 4760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Atxn7-203ENSMUST00000223880 2946 ntAPPRIS P2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Spint2-202ENSMUST00000108236 1211 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 4930544I03Rik-201ENSMUST00000181184 1276 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Bcl7c-205ENSMUST00000205977 891 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Arhgef17-204ENSMUST00000209041 4516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Col15a1-201ENSMUST00000082303 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Tbc1d9b-202ENSMUST00000101270 5213 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem79-201ENSMUST00000001456 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gm19554-201ENSMUST00000220934 2076 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Necab3-202ENSMUST00000109716 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gpaa1-210ENSMUST00000172281 1809 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Rnaseh2a-202ENSMUST00000109736 2981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Chst8-203ENSMUST00000154629 2079 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Mafg-202ENSMUST00000106180 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Mafg-204ENSMUST00000106182 1104 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Plxdc1-202ENSMUST00000107564 619 ntTSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 AA467197-202ENSMUST00000110512 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Ndufb11-201ENSMUST00000116621 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gapdh-202ENSMUST00000117757 1273 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Stx3-208ENSMUST00000211641 1018 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Cbx2-201ENSMUST00000026662 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Lce1h-201ENSMUST00000051521 706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Lce1i-201ENSMUST00000090866 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Hjurp-202ENSMUST00000065420 2217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Slc9a5-201ENSMUST00000073149 3499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Card10-202ENSMUST00000164826 4726 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Fez2-202ENSMUST00000112487 2020 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Dlgap1-209ENSMUST00000140728 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Zfpm1-201ENSMUST00000054052 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Klf16-201ENSMUST00000038558 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Snx14-205ENSMUST00000173011 2238 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Clk4-201ENSMUST00000093132 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Acvr1c-204ENSMUST00000112608 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 1700018L02Rik-201ENSMUST00000187897 2485 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Pacsin1-204ENSMUST00000114873 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Idnk-204ENSMUST00000226010 1898 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13401-201ENSMUST00000117074 291 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gm14114-201ENSMUST00000139345 287 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Smim12-201ENSMUST00000142029 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gm28914-201ENSMUST00000188115 667 ntTSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Ak6-201ENSMUST00000022135 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Rpl39l-201ENSMUST00000044103 805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 A230050P20Rik-201ENSMUST00000043911 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Best2-203ENSMUST00000209421 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Ccnd3-215ENSMUST00000183044 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Lyrm4-201ENSMUST00000053265 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Dscc1-201ENSMUST00000023059 1324 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Zcchc6-207ENSMUST00000225576 2499 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Disc1-208ENSMUST00000122389 1694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Fuz-201ENSMUST00000071207 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Lce1j-201ENSMUST00000107304 420 ntAPPRIS P1 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Mzt2-202ENSMUST00000117136 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gm14859-201ENSMUST00000117752 357 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Asnsd1-202ENSMUST00000123519 983 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 4930544D05Rik-204ENSMUST00000180052 755 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gm27741-201ENSMUST00000185060 237 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Tbpl1-201ENSMUST00000095794 1195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Mfsd13a-201ENSMUST00000086969 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Nrros-203ENSMUST00000115165 2389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Ctsh-201ENSMUST00000034915 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Cpd-201ENSMUST00000021201 7946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 2810408A11Rik-201ENSMUST00000018714 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Ipo9-201ENSMUST00000041023 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Frrs1l-201ENSMUST00000053681 6817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Fkbp5-201ENSMUST00000079413 3542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gpn3-201ENSMUST00000031420 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Hspbp1-201ENSMUST00000079970 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Col9a3-203ENSMUST00000132527 3046 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Usp13-202ENSMUST00000108228 2767 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Bcs1l-202ENSMUST00000113732 1679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Ppp2r1b-205ENSMUST00000175640 1523 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Zbtb8a-201ENSMUST00000030610 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Nr1h2-201ENSMUST00000073488 1999 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Mff-208ENSMUST00000160786 1645 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gm10418-201ENSMUST00000100943 576 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Snx15-207ENSMUST00000154601 767 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Gm45442-201ENSMUST00000210038 411 ntTSL 3 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Stk11-210ENSMUST00000213772 1239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 2310039H08Rik-201ENSMUST00000071430 773 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Efcab11-201ENSMUST00000046485 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 1600012H06Rik-201ENSMUST00000052691 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Cpsf4-207ENSMUST00000162244 1387 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Etnk1-204ENSMUST00000205256 2647 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Isyna1-201ENSMUST00000019283 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Clasp2-204ENSMUST00000213663 2727 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 4930426L09Rik-201ENSMUST00000028069 1459 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Timm17b-201ENSMUST00000033498 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Hsf5-201ENSMUST00000093956 4158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Pdlim5-211ENSMUST00000198381 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Srsf1-201ENSMUST00000079866 2948 ntTSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Mtrf1l-201ENSMUST00000019908 2588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Ccdc3Q9D6Y1 Adam15-203ENSMUST00000107446 1686 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.1 ms