Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Git2-215ENSMUST00000178440 4944 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Git2-201ENSMUST00000043283 4938 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Klhdc8b-210ENSMUST00000193895 2718 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Ankra2-203ENSMUST00000123924 2328 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Nedd4l-202ENSMUST00000163516 8163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Wipi2-201ENSMUST00000036872 5171 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Gm12933-201ENSMUST00000120203 872 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Mir6349-201ENSMUST00000184059 97 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Gm2559-201ENSMUST00000201323 363 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Gm44672-201ENSMUST00000206944 1098 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Zfp125-203ENSMUST00000208744 928 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Gm4968-201ENSMUST00000071458 858 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Fgfr1-214ENSMUST00000178276 4741 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Smim10l1-201ENSMUST00000100864 2842 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Cask-201ENSMUST00000033321 4057 ntTSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Gpat3-203ENSMUST00000112887 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Stambp-206ENSMUST00000206400 2144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Lonp1-201ENSMUST00000047226 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Lrrc47-205ENSMUST00000169622 3468 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Ppfibp1-201ENSMUST00000016631 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 F12-201ENSMUST00000021948 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Sh3bp1-201ENSMUST00000001226 2510 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Gm19531-201ENSMUST00000216737 1377 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Paqr3-201ENSMUST00000069453 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Dbn1-202ENSMUST00000109921 2378 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Gda-201ENSMUST00000087600 5428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Gm13401-201ENSMUST00000117074 291 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Gm11643-201ENSMUST00000119578 864 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 1700067K01Rik-203ENSMUST00000172548 986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 1700007L15Rik-201ENSMUST00000180923 737 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 1700003N22Rik-201ENSMUST00000194834 808 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Gm10138-203ENSMUST00000206952 366 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 AC122769.4-201ENSMUST00000228166 901 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Mtag2-201ENSMUST00000058665 714 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Gtf2h2-201ENSMUST00000066940 1065 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 BC107364-201ENSMUST00000093126 1159 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 BC107364-202ENSMUST00000098841 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Celf1-201ENSMUST00000005643 4830 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Hpn-209ENSMUST00000168884 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Ppp1r1b-201ENSMUST00000078694 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
Use1Q9CQ56 Rara-204ENSMUST00000107475 2469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Ccdc105-201ENSMUST00000105383 1714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Lat2-202ENSMUST00000077636 1717 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Tmem132c-201ENSMUST00000119026 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Fosl2-201ENSMUST00000031017 6537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Nelfb-201ENSMUST00000059849 2637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Donson-201ENSMUST00000023682 2360 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Dennd4b-202ENSMUST00000129564 5647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Msi2-201ENSMUST00000092794 1855 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Cul4a-201ENSMUST00000016680 3728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Gm10649-203ENSMUST00000148066 1812 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Tmem233-201ENSMUST00000111997 2477 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Fmr1-205ENSMUST00000114656 4257 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Bcar1-201ENSMUST00000166232 3142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Elac2-202ENSMUST00000101049 2884 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Rexo1-201ENSMUST00000057910 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Ttpal-202ENSMUST00000109408 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Taz-208ENSMUST00000132437 768 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Acsl3-205ENSMUST00000142704 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Tpsg1-204ENSMUST00000160920 867 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Gm9970-201ENSMUST00000068997 558 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Olfr322-201ENSMUST00000072030 984 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Ubxn1-201ENSMUST00000096255 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Fiz1-208ENSMUST00000208944 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Gm26860-201ENSMUST00000181674 1489 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Hmces-201ENSMUST00000032141 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Ykt6-201ENSMUST00000002818 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Sult2b1-204ENSMUST00000209739 1858 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Tgfb2-201ENSMUST00000045288 5116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 AW011738-201ENSMUST00000105140 1848 ntAPPRIS P1 BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Fezf1-201ENSMUST00000031709 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Slc43a1-202ENSMUST00000111624 2556 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Hspa8-201ENSMUST00000015800 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 BC051019-202ENSMUST00000106735 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Cacng6-202ENSMUST00000183200 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Dnajc3-201ENSMUST00000022734 5141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Slc6a8-204ENSMUST00000114467 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Ptpdc1-201ENSMUST00000035824 4402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Larp1b-206ENSMUST00000191872 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Knl1-201ENSMUST00000028799 5527 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Snph-203ENSMUST00000109875 4910 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Ralgapa1-202ENSMUST00000110687 7874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Selenos-201ENSMUST00000101801 1191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Gm15648-201ENSMUST00000149681 778 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Gm3807-201ENSMUST00000193520 1168 ntBASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Gucd1-211ENSMUST00000219774 806 ntTSL 3 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 4933406B15Rik-201ENSMUST00000220065 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Rbks-201ENSMUST00000031018 1042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Rtl8b-201ENSMUST00000088778 1232 ntAPPRIS P1 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Nos1ap-207ENSMUST00000161966 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Ngb-201ENSMUST00000021420 1616 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Acot5-202ENSMUST00000072505 1401 ntTSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Dhfr-201ENSMUST00000022218 5347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Car2-201ENSMUST00000029078 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Fxyd6-201ENSMUST00000085939 1788 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Agpat3-203ENSMUST00000105388 3681 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Arhgef11-201ENSMUST00000039476 6776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Csrp2-201ENSMUST00000020403 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Txnl1-201ENSMUST00000025476 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Use1Q9CQ56 Zic5-201ENSMUST00000039118 4767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 41.3 ms