Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Gnb2-203ENSMUST00000111023 1471 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Camkk2-211ENSMUST00000200109 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl25-202ENSMUST00000171155 3403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Trmt61a-201ENSMUST00000084947 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Agfg2-201ENSMUST00000031736 2893 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Sirt1-201ENSMUST00000020257 3905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Ythdc1-203ENSMUST00000120498 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Smim1-210ENSMUST00000146054 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Tomm22-201ENSMUST00000023062 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp4f16-201ENSMUST00000003416 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Trim14-202ENSMUST00000102924 1582 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Nsg1-201ENSMUST00000031009 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12359-201ENSMUST00000139017 1399 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Zbtb24-202ENSMUST00000213797 2734 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 P2ry1-203ENSMUST00000193943 2203 ntAPPRIS P1 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Rilpl1-201ENSMUST00000062153 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Slc16a3-201ENSMUST00000070653 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Hmbox1-203ENSMUST00000175744 1771 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Nr2f1-201ENSMUST00000091458 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Gm34391-201ENSMUST00000203706 907 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 CAAA01066804.1-201ENSMUST00000217800 611 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Mgarp-201ENSMUST00000038154 1232 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Rnls-201ENSMUST00000096114 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem241-205ENSMUST00000209859 1426 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Pom121-201ENSMUST00000111171 5580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Pea15a-202ENSMUST00000111247 2435 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl13a-204ENSMUST00000209711 495 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 AC122351.1-201ENSMUST00000220467 126 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r27-201ENSMUST00000026121 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Sdhaf4-201ENSMUST00000027338 683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Zcchc6-207ENSMUST00000225576 2499 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Pacsin1-202ENSMUST00000097360 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Neurl4-202ENSMUST00000108617 4892 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Neurl4-211ENSMUST00000177138 4886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Mfsd10-202ENSMUST00000114329 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14964-202ENSMUST00000149574 716 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Sytl3-204ENSMUST00000159880 1296 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45328-201ENSMUST00000210942 917 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Tfap2a-209ENSMUST00000225180 1828 ntBASIC28.01■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6190-201ENSMUST00000220683 1374 ntBASIC28.01■■■□□ 2.08
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnk4-201ENSMUST00000025908 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Timm29-201ENSMUST00000062125 3170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Map1lc3b-204ENSMUST00000181826 2633 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Grk2-202ENSMUST00000088737 3376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Slc38a10-202ENSMUST00000053692 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Spata2l-202ENSMUST00000166768 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Stambpl1-201ENSMUST00000054956 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Rnf5-201ENSMUST00000015622 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Calm2-201ENSMUST00000040440 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Tsnax-202ENSMUST00000212603 2169 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Bfsp2-201ENSMUST00000124310 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Mag-207ENSMUST00000191081 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Clcn2-202ENSMUST00000120099 2812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28402-201ENSMUST00000188574 373 ntTSL 3 BASIC28■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf17-201ENSMUST00000022697 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Ahcyl1-201ENSMUST00000029490 3863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Kat14-201ENSMUST00000028911 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Fzd5-202ENSMUST00000116133 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Ern1-204ENSMUST00000106801 1957 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Cyb561d2-201ENSMUST00000041459 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16181-201ENSMUST00000118793 567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 AC125350.1-201ENSMUST00000225115 903 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9991-201ENSMUST00000070048 1207 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Tada2b-201ENSMUST00000031097 3791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Car9-201ENSMUST00000030183 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm11-202ENSMUST00000114249 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Rab40c-207ENSMUST00000167626 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 2810468N07Rik-201ENSMUST00000163493 1349 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Cd82-204ENSMUST00000111257 1003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Prm2-201ENSMUST00000037996 621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Gzme-201ENSMUST00000089549 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Acvrl1-203ENSMUST00000119063 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Dok5-201ENSMUST00000029075 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Nr1h3-202ENSMUST00000111354 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Crhbp-201ENSMUST00000045583 1701 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37194-201ENSMUST00000193092 3031 ntBASIC27.98■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Hsd17b1-201ENSMUST00000019445 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Dcaf8-206ENSMUST00000192704 2859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Ppil3-202ENSMUST00000114345 1175 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Dohh-202ENSMUST00000121047 946 ntTSL 2 BASIC27.97■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Med29-201ENSMUST00000003536 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Irf5-205ENSMUST00000167252 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Ap1m1-201ENSMUST00000003117 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Rab43-203ENSMUST00000078647 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Cldn6-201ENSMUST00000024699 1506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Cops6-201ENSMUST00000019638 1787 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Pmm1-201ENSMUST00000023112 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Lce1k-201ENSMUST00000179917 663 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18115-201ENSMUST00000221209 621 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Pla2g2c-201ENSMUST00000030530 1618 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 F12-201ENSMUST00000021948 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Bcl11b-203ENSMUST00000109891 2888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45844-202ENSMUST00000209325 2450 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Cic-202ENSMUST00000163320 6096 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnn2-208ENSMUST00000211323 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Cic-201ENSMUST00000005578 6099 ntTSL 5 BASIC27.96■■■□□ 2.07
Ccdc88bQ4QRL3 Dpep3-201ENSMUST00000034371 1698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 24.5 ms