Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Krtap19-4-201ENSMUST00000051103 304 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Meig1-204ENSMUST00000115083 567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Gm44872-201ENSMUST00000207864 420 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Vsig2-206ENSMUST00000215957 851 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Tmed9-201ENSMUST00000109905 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Ttll9-202ENSMUST00000103155 1552 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Pgam1-ps1-201ENSMUST00000119107 749 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Chchd7-208ENSMUST00000121651 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Snhg15-203ENSMUST00000134527 675 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Xrcc2-204ENSMUST00000134972 464 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Gm4189-202ENSMUST00000174167 367 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Gm18421-201ENSMUST00000204122 625 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Chchd7-201ENSMUST00000041122 672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Klk15-201ENSMUST00000068625 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Arfrp1-203ENSMUST00000127988 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Hmgb3-201ENSMUST00000015361 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Cnih1-201ENSMUST00000015903 1538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Tubb4b-ps1-201ENSMUST00000179460 1336 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Src-203ENSMUST00000109529 2020 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Thap3-202ENSMUST00000105665 832 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Gm4913-201ENSMUST00000117075 1290 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Gm16194-203ENSMUST00000141239 362 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Psmg3-202ENSMUST00000182602 733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Rbfox2-207ENSMUST00000227533 1041 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Orc6-201ENSMUST00000034132 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Vgf-202ENSMUST00000186451 2277 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Schip1-203ENSMUST00000170788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Mef2b-203ENSMUST00000110143 1312 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Mef2b-204ENSMUST00000110146 1342 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Fam105a-201ENSMUST00000100739 2867 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Gm11536-201ENSMUST00000130733 535 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Hint3-203ENSMUST00000161074 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Gm27000-201ENSMUST00000182943 842 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 A430093F15Rik-205ENSMUST00000188480 509 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Gm7506-201ENSMUST00000207758 815 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Coro6-201ENSMUST00000021190 1418 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Scn4aQ9ER60 Retreg2-201ENSMUST00000097694 2561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Srrd-201ENSMUST00000031289 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Sfxn5-202ENSMUST00000059034 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Lefty1-201ENSMUST00000037361 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Map2k2-207ENSMUST00000143517 2405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Tead1-204ENSMUST00000106638 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 4933406B15Rik-201ENSMUST00000220065 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Npb-201ENSMUST00000061309 418 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Sirt7-201ENSMUST00000080202 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 1700086L19Rik-201ENSMUST00000095617 706 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Galk2-202ENSMUST00000094604 1928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Zic1-202ENSMUST00000065360 2811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Nipsnap3b-201ENSMUST00000015391 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Tm7sf2-209ENSMUST00000161528 732 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Cltb-202ENSMUST00000091609 2186 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Dusp13-202ENSMUST00000119866 1342 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Tmem81-201ENSMUST00000058167 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Sh3yl1-202ENSMUST00000110880 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Ntpcr-205ENSMUST00000143504 520 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 9530003J23Rik-202ENSMUST00000159193 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Esd-207ENSMUST00000176957 1117 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Gm21887-203ENSMUST00000180251 531 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Gm36972-201ENSMUST00000194000 676 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 AC171004.1-201ENSMUST00000221723 664 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 AC124549.3-201ENSMUST00000225541 367 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Gabarapl1-201ENSMUST00000032264 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Pmpcb-201ENSMUST00000030882 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 A230072C01Rik-202ENSMUST00000136447 1412 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Glrb-201ENSMUST00000029654 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Marc1-202ENSMUST00000110992 2152 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Tspan5-203ENSMUST00000121826 1114 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Gm44450-201ENSMUST00000199528 114 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Gm26646-202ENSMUST00000205705 439 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Gpank1-201ENSMUST00000052167 1295 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Meis3-205ENSMUST00000176506 1839 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Glra1-202ENSMUST00000102716 2390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Cradd-205ENSMUST00000220279 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Acads-201ENSMUST00000031524 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Rell2-202ENSMUST00000091932 1995 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Srsf12-201ENSMUST00000067864 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Bmpr1b-203ENSMUST00000106230 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Gm13616-201ENSMUST00000120600 222 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Arpp19-210ENSMUST00000170308 429 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Ch25h-201ENSMUST00000050562 1350 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Cyp26c1-201ENSMUST00000073391 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Npepl1-201ENSMUST00000044415 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Aida-206ENSMUST00000193625 1810 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Rhox7b-201ENSMUST00000115156 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Tmem52-201ENSMUST00000023920 932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Rhox7a-201ENSMUST00000096454 983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Ms4a6d-202ENSMUST00000125291 679 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Gm20661-203ENSMUST00000177368 900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Gm15500-202ENSMUST00000071641 1019 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Vangl2-203ENSMUST00000111264 2349 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Tmub1-201ENSMUST00000030799 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Golga7-202ENSMUST00000121783 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 C920006O11Rik-201ENSMUST00000180974 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 4930471E19Rik-201ENSMUST00000219022 1514 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Cldn11-201ENSMUST00000046174 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Hexa-201ENSMUST00000026262 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Fis1-202ENSMUST00000111094 948 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Hagh-202ENSMUST00000118788 1191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
Scn4aQ9ER60 Ankle1-201ENSMUST00000119976 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 35 ms