Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Lrrc47-201ENSMUST00000030894 3395 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Ankle1-201ENSMUST00000119976 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Mtcl1-201ENSMUST00000086693 7221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Fam109a-201ENSMUST00000056654 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Slc30a5-205ENSMUST00000225922 2722 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.18■□□□□ 0.18
ShhQ62226 C430049E01Rik-201ENSMUST00000207913 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Oxct2b-201ENSMUST00000102648 1735 ntAPPRIS P1 BASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Nfib-206ENSMUST00000107248 3294 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Slc35e1-202ENSMUST00000152080 4383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Crebbp-201ENSMUST00000023165 10820 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gm10013-201ENSMUST00000106074 672 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Ablim1-204ENSMUST00000111524 1251 ntTSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gm9103-201ENSMUST00000119371 405 ntBASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 1110065P20Rik-204ENSMUST00000163946 762 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Moap1-202ENSMUST00000178384 1284 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Prss27-201ENSMUST00000059482 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 C1ql3-201ENSMUST00000061545 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Ankdd1a-201ENSMUST00000061766 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Naif1-201ENSMUST00000048431 4650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Nudcd2-201ENSMUST00000020578 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Cers1-202ENSMUST00000140239 2711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.17■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Sirt7-201ENSMUST00000080202 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gm45606-201ENSMUST00000209836 2795 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Ank1-203ENSMUST00000110688 7206 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Apbb1-219ENSMUST00000191601 2690 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Mag-207ENSMUST00000191081 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Nr1h2-202ENSMUST00000107910 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Ndufb11-201ENSMUST00000116621 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gm14859-201ENSMUST00000117752 357 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gm14464-201ENSMUST00000119658 1254 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Ak6-201ENSMUST00000022135 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 AC159205.3-201ENSMUST00000224614 874 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Timm23-208ENSMUST00000226683 750 ntBASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gm10273-201ENSMUST00000092511 1126 ntAPPRIS P1 BASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Prdm6-203ENSMUST00000115399 2227 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gm43042-201ENSMUST00000198676 1820 ntTSL 5 BASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Btbd6-202ENSMUST00000165079 1975 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Guca1b-202ENSMUST00000145462 1556 ntTSL 2 BASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Khdrbs2-201ENSMUST00000027226 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Wipf1-201ENSMUST00000094681 4728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Ube2cbp-201ENSMUST00000034986 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Chst8-203ENSMUST00000154629 2079 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Pon1-201ENSMUST00000002663 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Nf2-205ENSMUST00000109910 4720 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Kat14-208ENSMUST00000147747 3299 ntTSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Fbxl3-201ENSMUST00000022720 4309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Zscan12-201ENSMUST00000053293 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gm16295-201ENSMUST00000139512 643 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Pantr1-210ENSMUST00000185599 343 ntTSL 3 BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Pcyox1-206ENSMUST00000204116 546 ntTSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 2810004N23Rik-201ENSMUST00000034465 2340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 U2af2-201ENSMUST00000005041 2183 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Il17rc-201ENSMUST00000058300 2302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Ly6h-202ENSMUST00000065417 985 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Tpsb2-201ENSMUST00000069616 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Lce1i-201ENSMUST00000090866 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Diaph1-205ENSMUST00000115634 5666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Gapvd1-203ENSMUST00000113099 5758 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Ubtf-206ENSMUST00000107123 2759 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Arhgef19-201ENSMUST00000006618 3414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.15■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Ldlrad4-201ENSMUST00000063775 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.18
ShhQ62226 Xxylt1-201ENSMUST00000055389 2987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Nanp-201ENSMUST00000066640 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Panx2-203ENSMUST00000162424 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Ssc4d-204ENSMUST00000111153 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Igdcc4-205ENSMUST00000213533 6220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Igdcc4-201ENSMUST00000035499 6223 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Rnf157-202ENSMUST00000106398 4553 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Tbx2-201ENSMUST00000000095 3626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Naa10-205ENSMUST00000114390 797 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Mras-203ENSMUST00000122384 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 1810012K08Rik-201ENSMUST00000155199 574 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Gm6345-202ENSMUST00000180900 204 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Piga-208ENSMUST00000208697 947 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Mtag2-201ENSMUST00000058665 714 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Nkx2-9-201ENSMUST00000072631 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Cldn24-201ENSMUST00000079639 663 ntAPPRIS P1 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Rab1b-201ENSMUST00000025804 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Dlgap1-209ENSMUST00000140728 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Senp2-201ENSMUST00000023561 4499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Adrb3-202ENSMUST00000117565 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Tjp1-202ENSMUST00000102592 7049 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Map3k7-202ENSMUST00000080933 5669 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Sft2d2-201ENSMUST00000043338 5535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Eps8-203ENSMUST00000111878 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Rac1-202ENSMUST00000100489 2325 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Camsap2-201ENSMUST00000048309 7823 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Timm17b-201ENSMUST00000033498 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Snx15-201ENSMUST00000025702 1635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Fam131b-203ENSMUST00000143278 4104 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Pmepa1-201ENSMUST00000036248 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Ncam2-202ENSMUST00000067602 3563 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Ddx41-201ENSMUST00000021956 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Gm18959-201ENSMUST00000208954 655 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Thap3-201ENSMUST00000036680 1124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Fam98b-201ENSMUST00000028825 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Il17rb-201ENSMUST00000016110 2061 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Col15a1-201ENSMUST00000082303 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Htra3-202ENSMUST00000114233 1901 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
ShhQ62226 Khsrp-201ENSMUST00000007814 3990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 31.2 ms