Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Ngly1-201ENSMUST00000022310 2935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Rprm-201ENSMUST00000100089 1460 ntAPPRIS P1 BASIC16.46■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Slc35d2-201ENSMUST00000099441 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.23
Lire1P11260 Cnih3-202ENSMUST00000161880 1995 ntTSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Tpm2-202ENSMUST00000107913 2098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Rad1-201ENSMUST00000022856 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Atf6b-202ENSMUST00000173984 2315 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Lire1P11260 AC142113.1-201ENSMUST00000214931 801 ntTSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Prss21-201ENSMUST00000024928 1094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Coq9-201ENSMUST00000034234 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Cacfd1-202ENSMUST00000114004 2194 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Gp5-201ENSMUST00000061190 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Magi1-201ENSMUST00000055224 7007 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Magi1-202ENSMUST00000089317 7209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Acap3-202ENSMUST00000105584 4365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Laptm4b-201ENSMUST00000022867 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Galnt14-202ENSMUST00000112591 1843 ntTSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Scn1b-203ENSMUST00000211945 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.45■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Esyt2-205ENSMUST00000220816 4287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.45■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Gm13509-201ENSMUST00000119733 1308 ntBASIC16.45■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Trpc4ap-202ENSMUST00000103140 3091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Donson-201ENSMUST00000023682 2360 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Fgf4-201ENSMUST00000060336 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Khdc3-201ENSMUST00000034737 1681 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Cwh43-201ENSMUST00000031040 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Ssu72-202ENSMUST00000105595 874 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Atp8a1-204ENSMUST00000113652 854 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Gm3264-202ENSMUST00000166776 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.44■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Psmd3-201ENSMUST00000017365 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Gm29241-201ENSMUST00000189260 1096 ntBASIC16.44■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Rsu1-209ENSMUST00000191959 720 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Pqlc1-207ENSMUST00000140594 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Arpc1a-201ENSMUST00000031625 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Ssbp2-202ENSMUST00000042122 1633 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Pdp1-206ENSMUST00000108302 2525 ntTSL 3 BASIC16.44■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Camkk2-211ENSMUST00000200109 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Rncr4-201ENSMUST00000194541 2234 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Tigd3-201ENSMUST00000055911 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Pwwp2a-201ENSMUST00000061070 3277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Puf60-201ENSMUST00000002599 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 F830208F22Rik-202ENSMUST00000143732 2891 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Snrnp70-201ENSMUST00000074575 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Gm5643-201ENSMUST00000117081 966 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Mir6982-201ENSMUST00000184354 68 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 AC061963.1-203ENSMUST00000213473 453 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 AC158538.1-201ENSMUST00000225870 294 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Zfp580-201ENSMUST00000069324 1096 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Hspe1-201ENSMUST00000075242 774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Wdr33-202ENSMUST00000082319 1152 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Atp2b2-201ENSMUST00000089003 7067 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Nr1h2-203ENSMUST00000107911 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Cacfd1-205ENSMUST00000114007 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Kri1-201ENSMUST00000038671 2598 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Fzr1-205ENSMUST00000140901 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 5730480H06Rik-205ENSMUST00000196950 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Dtwd2-203ENSMUST00000163590 2857 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Cyth2-201ENSMUST00000056820 2527 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Mtg1-201ENSMUST00000036977 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Gm4737-201ENSMUST00000059524 2093 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Nfatc2-201ENSMUST00000029057 2310 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Anapc7-203ENSMUST00000122010 2950 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Hspa8-201ENSMUST00000015800 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Gm28372-201ENSMUST00000188900 1876 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Sar1a-201ENSMUST00000020285 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Col4a3bp-203ENSMUST00000179226 3040 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Actl6a-201ENSMUST00000029214 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Rpl27-202ENSMUST00000107249 732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Serf1-204ENSMUST00000151821 570 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Gm16141-201ENSMUST00000152073 790 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Gm6576-201ENSMUST00000169678 883 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Gm2559-201ENSMUST00000201323 363 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Gm45148-201ENSMUST00000208578 513 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Stmn1-201ENSMUST00000030636 1060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Rpl38-202ENSMUST00000082092 345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Atp2c1-201ENSMUST00000038118 4876 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Pigt-201ENSMUST00000103101 2562 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Acot7-201ENSMUST00000030779 1425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Runx1-203ENSMUST00000168195 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Apbb1-209ENSMUST00000188368 1970 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Xpr1-202ENSMUST00000111774 2753 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Capzb-203ENSMUST00000102507 1702 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Map1s-201ENSMUST00000019405 3314 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Fam131a-202ENSMUST00000118919 2262 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Slc16a3-201ENSMUST00000070653 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Etnk1-201ENSMUST00000032413 6433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Zfx-201ENSMUST00000088102 7002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Trhde-201ENSMUST00000061632 5714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Cspg5-202ENSMUST00000196060 3790 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Fgf23-201ENSMUST00000000186 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Sphk1-201ENSMUST00000063396 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Gm21863-201ENSMUST00000179133 336 ntAPPRIS P1 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Mir9-3hg-206ENSMUST00000182937 636 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Gm7977-201ENSMUST00000193787 748 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Cfap20-201ENSMUST00000034249 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Rnf208-201ENSMUST00000060818 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Endov-203ENSMUST00000106245 5126 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Ache-202ENSMUST00000085934 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Fgf2-208ENSMUST00000200585 5973 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Ina-201ENSMUST00000037636 3240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Lire1P11260 Mbd6-202ENSMUST00000119078 4287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 26.7 ms