Protein–RNA interactions for Protein: Q99NB9

Sf3b1, Splicing factor 3B subunit 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Sf3b1Q99NB9 Cckbr-201ENSMUST00000033189 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Zfp706-201ENSMUST00000078976 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Ism1-201ENSMUST00000099307 2944 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Tspan5-201ENSMUST00000029800 6653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Mpig6b-201ENSMUST00000097337 2252 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 St7l-201ENSMUST00000059271 5728 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Tmem132d-201ENSMUST00000044441 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Larp1b-206ENSMUST00000191872 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Scamp4-201ENSMUST00000079883 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Aire-204ENSMUST00000128241 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Aire-205ENSMUST00000130972 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Aire-212ENSMUST00000145975 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Aire-201ENSMUST00000019257 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Fez2-202ENSMUST00000112487 2020 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Rbm24-201ENSMUST00000037923 3086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Spata2l-201ENSMUST00000098327 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Kctd13-201ENSMUST00000032924 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Cutc-202ENSMUST00000112047 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Ccdc125-202ENSMUST00000170347 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Qdpr-208ENSMUST00000197946 1206 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Gm42477-201ENSMUST00000202427 469 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Vpreb1-201ENSMUST00000075017 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Pih1d1-201ENSMUST00000085375 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Ssx2ip-204ENSMUST00000106153 3446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 BC017158-201ENSMUST00000033044 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Sec61a2-202ENSMUST00000102981 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Sirt7-201ENSMUST00000080202 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Mrpl9-201ENSMUST00000029786 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Noxa1-201ENSMUST00000044018 1617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Ttyh3-201ENSMUST00000042661 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Ythdc1-202ENSMUST00000119339 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Phldb3-201ENSMUST00000073325 2273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Tmem260-209ENSMUST00000226422 6333 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Taf9-205ENSMUST00000190594 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
Sf3b1Q99NB9 Schip1-201ENSMUST00000029346 2201 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Hmces-202ENSMUST00000113606 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Tle4-202ENSMUST00000167776 4545 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Foxa3-201ENSMUST00000036018 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Rogdi-207ENSMUST00000202281 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Srcin1-201ENSMUST00000107590 5493 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Nsun2-202ENSMUST00000109699 2834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Snx3-202ENSMUST00000105499 1057 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 A730015C16Rik-201ENSMUST00000164855 1221 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Gm20033-201ENSMUST00000180470 572 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 A430033K04Rik-204ENSMUST00000200521 1110 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Rgcc-201ENSMUST00000022595 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 A430033K04Rik-201ENSMUST00000032590 1109 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Olfr279-201ENSMUST00000050451 933 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Paox-202ENSMUST00000097967 1024 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Zfp804a-201ENSMUST00000047527 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Pigu-201ENSMUST00000077626 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Dus3l-201ENSMUST00000007747 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Mfsd4a-203ENSMUST00000112370 2565 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Exog-202ENSMUST00000164213 2627 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Pdlim5-211ENSMUST00000198381 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Krt19-201ENSMUST00000007317 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Gapvd1-201ENSMUST00000028224 5695 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Efcab11-201ENSMUST00000046485 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Nup85-201ENSMUST00000021085 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Nxt1-202ENSMUST00000109961 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Nmnat3-203ENSMUST00000112938 848 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Gm7638-201ENSMUST00000121348 967 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 AC134329.2-201ENSMUST00000217897 428 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Nxt1-201ENSMUST00000047177 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Hist1h2aj-201ENSMUST00000091710 352 ntBASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Aebp2-202ENSMUST00000087614 3727 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Tspan10-201ENSMUST00000044105 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Nr1h2-202ENSMUST00000107910 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Slc25a35-202ENSMUST00000102606 1828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Ssc4d-204ENSMUST00000111153 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Nrxn2-204ENSMUST00000113461 5505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Hdgfl3-201ENSMUST00000026094 2865 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Lancl2-201ENSMUST00000050077 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Gm11549-201ENSMUST00000124606 2829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Tra2a-204ENSMUST00000204189 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Arnt-204ENSMUST00000107160 783 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Pdcd5-202ENSMUST00000120714 767 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Cdpf1-204ENSMUST00000144067 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Lsm10-201ENSMUST00000055575 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Eif1b-201ENSMUST00000007139 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Gm42939-201ENSMUST00000197514 2205 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Rd3-201ENSMUST00000175680 1969 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 4430402I18Rik-205ENSMUST00000162110 1559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Akain1-201ENSMUST00000169935 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Dixdc1-207ENSMUST00000121634 2420 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Bdkrb1-202ENSMUST00000182899 1313 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Bdkrb1-201ENSMUST00000041229 1338 ntAPPRIS P1 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Mrm1-201ENSMUST00000018549 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Prmt9-202ENSMUST00000118622 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Ube2q2-201ENSMUST00000059555 3456 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Gm16061-201ENSMUST00000122167 857 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Gm13563-202ENSMUST00000150375 851 ntTSL 3 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Rasgrp2-224ENSMUST00000167240 2192 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Gm23634-201ENSMUST00000175071 91 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 4930544I03Rik-201ENSMUST00000181184 1276 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Gm7791-201ENSMUST00000219066 539 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Kat14-201ENSMUST00000028911 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Gng11-201ENSMUST00000031670 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Ctbp2-201ENSMUST00000033269 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
Sf3b1Q99NB9 Lyrm4-201ENSMUST00000053265 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.5 ms