Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt16-201ENSMUST00000035179 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Zswim6-201ENSMUST00000105097 5456 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Racgap1-213ENSMUST00000171702 3052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11373-201ENSMUST00000129791 2819 ntTSL 5 BASIC28.64■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7008-201ENSMUST00000038121 1366 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Smarcd2-201ENSMUST00000021052 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufb11-201ENSMUST00000116621 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Rab3d-202ENSMUST00000119055 694 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 4930505N22Rik-201ENSMUST00000181820 945 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 1700022H01Rik-201ENSMUST00000219142 387 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Taar2-201ENSMUST00000079134 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Fkbp5-201ENSMUST00000079413 3542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp78-205ENSMUST00000208030 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Ncoa5-203ENSMUST00000122070 3117 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Csf1-203ENSMUST00000120243 2097 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Camsap3-212ENSMUST00000208240 2572 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Pld6-202ENSMUST00000125307 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2br-203ENSMUST00000180288 1256 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufs7-201ENSMUST00000020361 758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Gzmm-201ENSMUST00000020549 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Coq7-201ENSMUST00000032887 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Rpp25l-201ENSMUST00000038434 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2bq-202ENSMUST00000091749 1254 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Gm16712-201ENSMUST00000181962 1960 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5828-201ENSMUST00000071842 1860 ntBASIC28.63■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 U2af2-201ENSMUST00000005041 2183 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Mrm1-201ENSMUST00000018549 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Lhx8-205ENSMUST00000205251 1729 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Hmga1-206ENSMUST00000119486 1003 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Cyp4f41-ps-201ENSMUST00000126790 1077 ntBASIC28.62■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl14-201ENSMUST00000024734 645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Fthl17f-201ENSMUST00000097029 847 ntAPPRIS P1 BASIC28.62■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 A530016L24Rik-202ENSMUST00000223266 1547 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Nfkbib-201ENSMUST00000032815 2061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp623-201ENSMUST00000037260 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Dnajc2-201ENSMUST00000030771 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Il9r-204ENSMUST00000142396 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Cep57-209ENSMUST00000148086 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Rasd1-201ENSMUST00000062405 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem39b-201ENSMUST00000102588 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Snrnp48-201ENSMUST00000091641 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrc57-204ENSMUST00000102499 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 AC159205.3-201ENSMUST00000224614 874 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Nt5c1a-201ENSMUST00000068262 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Cxcl14-201ENSMUST00000021970 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Rasgrp2-224ENSMUST00000167240 2192 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Hmgb3-202ENSMUST00000072699 1571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd15-201ENSMUST00000032709 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Sim1-202ENSMUST00000219436 1687 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Pip5k1c-202ENSMUST00000105327 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17971-201ENSMUST00000190239 806 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17808-201ENSMUST00000200859 894 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2af-201ENSMUST00000073261 399 ntAPPRIS P1 BASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Map6-202ENSMUST00000107100 2335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Il17rb-201ENSMUST00000016110 2061 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Tal1-204ENSMUST00000162489 2894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Klhdc8b-214ENSMUST00000195435 1612 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Gm9013-201ENSMUST00000132939 882 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Lamtor5-201ENSMUST00000145735 881 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27389-201ENSMUST00000183622 195 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Mrps6-201ENSMUST00000047429 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Fam131c-201ENSMUST00000006380 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Cdk11b-202ENSMUST00000105598 2673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem175-204ENSMUST00000146207 1686 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Tyw5-209ENSMUST00000162686 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 C1ql3-201ENSMUST00000061545 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Six3os1-206ENSMUST00000175921 2737 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Fgf8-205ENSMUST00000111927 843 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12781-201ENSMUST00000146269 395 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43791-201ENSMUST00000202914 468 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17949-201ENSMUST00000210548 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Isyna1-201ENSMUST00000019283 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21949-201ENSMUST00000182006 2369 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Acot7-206ENSMUST00000167926 1505 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
Ccdc88bQ4QRL3 Ino80e-201ENSMUST00000050833 1944 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxa1-202ENSMUST00000120363 2043 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl37-201ENSMUST00000030365 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Gspt1-201ENSMUST00000080030 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Rac1-202ENSMUST00000100489 2325 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11860-201ENSMUST00000122346 1010 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Ramp2-204ENSMUST00000129680 1178 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 4933427E11Rik-201ENSMUST00000056711 1214 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Heca-201ENSMUST00000037879 5098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 AC154855.1-201ENSMUST00000227353 1458 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Renbp-202ENSMUST00000116578 1418 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Sgta-201ENSMUST00000005067 1969 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Tmed4-201ENSMUST00000004508 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 1600012H06Rik-202ENSMUST00000164837 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5953-201ENSMUST00000220644 2616 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Icam5-201ENSMUST00000019616 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 1700024G13Rik-201ENSMUST00000100723 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl14-201ENSMUST00000165532 1009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 C130032M10Rik-201ENSMUST00000180393 728 ntAPPRIS P1 BASIC28.55■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 AC156832.2-201ENSMUST00000216217 1295 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Sfrp4-201ENSMUST00000002883 1764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd5-202ENSMUST00000111497 2576 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Fam71e1-202ENSMUST00000205359 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Bud23-202ENSMUST00000085984 1516 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Skp1a-203ENSMUST00000109072 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
Ccdc88bQ4QRL3 Dmap1-201ENSMUST00000102687 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 33.3 ms