Protein–RNA interactions for Protein: Q62226

Shh, Sonic hedgehog protein, mousemouse

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ShhQ62226 Gnb2-204ENSMUST00000111027 1610 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Hbs1l-202ENSMUST00000061324 1998 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Sprtn-201ENSMUST00000034467 4464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Tob1-201ENSMUST00000041589 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Myrip-201ENSMUST00000048121 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Insm1-201ENSMUST00000089257 3100 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Agpat3-202ENSMUST00000105387 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gm5464-201ENSMUST00000100453 2156 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Espn-208ENSMUST00000105654 1566 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Tbcel-201ENSMUST00000066148 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gm26884-201ENSMUST00000181207 3074 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Rnf112-201ENSMUST00000054927 3086 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Dus1l-202ENSMUST00000106133 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Eif4a1-213ENSMUST00000163666 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Smad5-203ENSMUST00000109876 4570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Clta-203ENSMUST00000107847 1121 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Nxt1-202ENSMUST00000109961 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gtf2a2-204ENSMUST00000119905 622 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Mir142hg-201ENSMUST00000123700 269 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 AC163280.1-201ENSMUST00000228194 1100 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Pfdn6-201ENSMUST00000025163 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Fgf8-201ENSMUST00000026240 1117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Lce1m-201ENSMUST00000029520 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Uchl1-201ENSMUST00000031131 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Nxt1-201ENSMUST00000047177 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Dmtn-207ENSMUST00000228001 2437 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Trnt1-202ENSMUST00000113247 1934 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gna11-201ENSMUST00000043604 3414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Ispd-207ENSMUST00000223205 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Vat1-201ENSMUST00000040430 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Ncor1-203ENSMUST00000069456 3171 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Ghrhr-202ENSMUST00000203241 1328 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Ppfia1-201ENSMUST00000168134 5181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Abcd4-210ENSMUST00000223107 2410 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Pex14-201ENSMUST00000103217 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Creg1-202ENSMUST00000111432 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Rusc2-202ENSMUST00000098106 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Tekt1-203ENSMUST00000108503 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Golga7-202ENSMUST00000121783 1945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Dhx15-201ENSMUST00000031061 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gm6209-202ENSMUST00000194629 1506 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gm43182-201ENSMUST00000199476 2528 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Fam229a-201ENSMUST00000106043 558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Slc2a8-204ENSMUST00000153484 1168 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Sct-202ENSMUST00000167790 507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gm6659-201ENSMUST00000174752 547 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Sct-201ENSMUST00000046156 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gm8668-201ENSMUST00000120559 1447 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Zar1-201ENSMUST00000073528 1429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Cyp2u1-203ENSMUST00000200236 1716 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Atp11a-201ENSMUST00000033818 7549 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Podxl2-202ENSMUST00000061262 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Psmd4-202ENSMUST00000107237 1332 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Dbndd2-201ENSMUST00000017878 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Fam171a1-204ENSMUST00000115099 4149 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 1700003E16Rik-202ENSMUST00000203203 2070 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Rrbp1-202ENSMUST00000037875 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Efna4-201ENSMUST00000029674 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Tagln-201ENSMUST00000034590 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gm9194-201ENSMUST00000220749 1447 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Tppp3-201ENSMUST00000014990 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Dusp13-213ENSMUST00000184703 902 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Samd13-205ENSMUST00000197989 591 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gm30025-201ENSMUST00000218555 728 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Dynll2-202ENSMUST00000107923 2443 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Por-201ENSMUST00000005651 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Col4a3bp-202ENSMUST00000109444 5285 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Gm10575-201ENSMUST00000097947 1671 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Spata2l-202ENSMUST00000166768 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
ShhQ62226 Krt77-201ENSMUST00000087996 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Pomgnt2-207ENSMUST00000217610 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Lpin2-213ENSMUST00000156570 1586 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
ShhQ62226 AC121961.1-201ENSMUST00000218594 1779 ntBASIC16.39■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Zfp282-201ENSMUST00000061890 5573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Anks1b-208ENSMUST00000182053 1649 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Cul4a-202ENSMUST00000121426 1044 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Gm11973-203ENSMUST00000155498 867 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Lsm1-203ENSMUST00000211168 343 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Exosc3-201ENSMUST00000030003 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Pomgnt2-201ENSMUST00000084743 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Vsig10-201ENSMUST00000086464 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Tfdp2-209ENSMUST00000188750 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Smarcd2-201ENSMUST00000021052 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Srsf11-202ENSMUST00000072875 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Nt5dc3-201ENSMUST00000099396 5952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Tcf7l1-202ENSMUST00000114053 1888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Cfap206-202ENSMUST00000108136 1688 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Dscc1-202ENSMUST00000110231 1499 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Runx2-204ENSMUST00000159943 2316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Bpnt1-202ENSMUST00000110965 1046 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Nsl1-203ENSMUST00000139340 837 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Coro7-202ENSMUST00000090480 1147 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Slc29a1-201ENSMUST00000051574 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Pkp4-202ENSMUST00000102754 4614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Wtap-205ENSMUST00000160781 2442 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Tmem39b-201ENSMUST00000102588 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
ShhQ62226 2700046G09Rik-201ENSMUST00000181612 1641 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
ShhQ62226 9330154J02Rik-202ENSMUST00000185960 2557 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Anks1b-217ENSMUST00000182550 1868 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
ShhQ62226 Letm1-201ENSMUST00000005431 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.3 ms