Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Rapgef3-207ENSMUST00000134885 1422 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim58Q5NCC9 B3galnt2-204ENSMUST00000221300 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim58Q5NCC9 F2rl3-201ENSMUST00000058099 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim58Q5NCC9 Gm11643-201ENSMUST00000119578 864 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim58Q5NCC9 Fam98c-203ENSMUST00000134176 1189 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim58Q5NCC9 Alcam-206ENSMUST00000168071 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim58Q5NCC9 Gm3764-202ENSMUST00000180582 440 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
Trim58Q5NCC9 Hspa5-202ENSMUST00000100171 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Mob2-201ENSMUST00000084418 1490 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 2310035C23Rik-202ENSMUST00000086721 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Polr2c-201ENSMUST00000109521 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Lrrc47-201ENSMUST00000030894 3395 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Phtf1-203ENSMUST00000090685 3006 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Sept4-205ENSMUST00000107962 1678 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Sos1-201ENSMUST00000068714 8919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Ddx19a-201ENSMUST00000040416 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Il1rn-201ENSMUST00000114482 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Gm43808-201ENSMUST00000202534 2065 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Arid1b-201ENSMUST00000092723 7150 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Sh2b2-203ENSMUST00000196397 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Tfam-203ENSMUST00000121685 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Mrps18a-202ENSMUST00000123646 621 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Gm20049-201ENSMUST00000219950 730 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Tm2d3-202ENSMUST00000065574 1478 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Atf7-209ENSMUST00000184485 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 2010016I18Rik-204ENSMUST00000190356 1562 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Rimklb-201ENSMUST00000068242 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Tgds-201ENSMUST00000022727 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Hpn-209ENSMUST00000168884 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Fcgrt-201ENSMUST00000003512 1770 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Fiz1-202ENSMUST00000165320 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 D1Ertd622e-204ENSMUST00000153115 3495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Bcat2-201ENSMUST00000033098 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Mtmr1-201ENSMUST00000015358 4634 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Sdr39u1-201ENSMUST00000111325 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Mrps10-203ENSMUST00000119945 1018 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Gm12441-201ENSMUST00000121806 588 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Gm12473-201ENSMUST00000137535 579 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Gm3331-201ENSMUST00000183423 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Gm27275-201ENSMUST00000184318 272 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Hsbp1-202ENSMUST00000212468 638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Tmem54-201ENSMUST00000030575 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Gmcl1-201ENSMUST00000001185 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Nos1ap-207ENSMUST00000161966 1607 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Sec1-201ENSMUST00000040636 2470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 4732440D04Rik-203ENSMUST00000191825 5428 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Rnf44-204ENSMUST00000125871 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Hmga1-202ENSMUST00000117254 1328 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Mterf1a-202ENSMUST00000117463 2413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Bmp8a-201ENSMUST00000040496 2405 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Map7-201ENSMUST00000020173 4252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Cebpg-202ENSMUST00000130491 4709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Artn-202ENSMUST00000097913 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Srf-201ENSMUST00000015749 4093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Apba3-201ENSMUST00000057798 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Ntng1-207ENSMUST00000131027 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Ntng1-209ENSMUST00000138344 1452 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Tcf7l2-203ENSMUST00000111646 2839 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Npas3-203ENSMUST00000223057 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Amigo2-201ENSMUST00000053106 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 9930012K11Rik-205ENSMUST00000153871 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Gm20604-201ENSMUST00000174651 2795 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Txnl4b-201ENSMUST00000034159 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Satb1-211ENSMUST00000152830 5993 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 AC125311.2-201ENSMUST00000227477 1940 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Ache-201ENSMUST00000024099 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 AW011738-201ENSMUST00000105140 1848 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Aida-206ENSMUST00000193625 1810 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Ecel1-201ENSMUST00000027463 2695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Nol4l-201ENSMUST00000035346 6399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Serbp1-203ENSMUST00000203077 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Hmga1-204ENSMUST00000118570 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Stk32c-202ENSMUST00000165870 1883 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Il17re-201ENSMUST00000053569 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Itgb1bp1-201ENSMUST00000076260 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Hist1h4a-201ENSMUST00000102964 539 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Gm15723-201ENSMUST00000139331 600 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Fam50b-201ENSMUST00000039605 1229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Sohlh1-201ENSMUST00000076989 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Ero1l-201ENSMUST00000022378 4418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Pomp-201ENSMUST00000031654 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Sulf2-201ENSMUST00000088086 3927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Dcun1d1-201ENSMUST00000108182 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Fam110a-204ENSMUST00000109865 1853 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Tdh-201ENSMUST00000022522 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Cmip-202ENSMUST00000166750 2408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Atp6v1g2-201ENSMUST00000068261 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Park7-201ENSMUST00000030805 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Smarca4-201ENSMUST00000034707 6354 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Mrps23-203ENSMUST00000118784 1404 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Dnaja3-202ENSMUST00000115854 2505 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Proc-201ENSMUST00000171765 1566 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Fam129c-208ENSMUST00000143662 2267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Klc3-202ENSMUST00000108457 1632 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Arpc1a-201ENSMUST00000031625 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Mfsd10-202ENSMUST00000114329 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Lrg1-201ENSMUST00000041357 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Ulk2-201ENSMUST00000004920 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Bcs1l-202ENSMUST00000113732 1679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Trim58Q5NCC9 Gna11-201ENSMUST00000043604 3414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21.2 ms