Protein–RNA interactions for Protein: Q9D5Y1

Ccdc39, Coiled-coil domain-containing protein 39, mousemouse

Predictions only

Length 937 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc39Q9D5Y1 Bcl11b-203ENSMUST00000109891 2888 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Trnt1-202ENSMUST00000113247 1934 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Fam105a-203ENSMUST00000226170 3043 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Gm35558-201ENSMUST00000222675 2219 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Car2-201ENSMUST00000029078 1788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Lancl2-201ENSMUST00000050077 2509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Prlh-201ENSMUST00000166281 276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Arhgap21-201ENSMUST00000114594 7351 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Lsm6-201ENSMUST00000051867 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Rbbp7-202ENSMUST00000112326 1430 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Abr-202ENSMUST00000072740 5394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Brpf1-204ENSMUST00000113122 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Ptgfrn-201ENSMUST00000102694 5902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Mtch2-205ENSMUST00000136872 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Nsun2-202ENSMUST00000109699 2834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Krt77-201ENSMUST00000087996 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Il4i1-201ENSMUST00000033015 2048 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Fem1c-201ENSMUST00000036226 5726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Sec61a2-202ENSMUST00000102981 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Hmga1-205ENSMUST00000118599 529 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Gm3331-201ENSMUST00000183423 1017 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Uqcr11-201ENSMUST00000020372 445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 AC156016.1-201ENSMUST00000227190 1035 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Tm2d1-201ENSMUST00000030292 952 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Slc39a10-201ENSMUST00000027131 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Trmo-202ENSMUST00000086563 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Trim63-202ENSMUST00000105875 1886 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Cyb5d2-201ENSMUST00000079681 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Pex11b-202ENSMUST00000118557 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Srsf11-202ENSMUST00000072875 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Pex14-201ENSMUST00000103217 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Ntng1-204ENSMUST00000106571 1446 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Gm20878-202ENSMUST00000108028 339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Col4a3bp-202ENSMUST00000109444 5285 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Gm16120-201ENSMUST00000127990 808 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Ntng1-210ENSMUST00000138953 1443 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Cyp4f13-204ENSMUST00000139353 1389 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Gm12979-201ENSMUST00000145488 405 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Sct-202ENSMUST00000167790 507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Spock1-201ENSMUST00000172326 1320 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Fau-203ENSMUST00000179142 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Gabra4-205ENSMUST00000199357 2407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp324-204ENSMUST00000210619 447 ntTSL 3 BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 4932443I19Rik-204ENSMUST00000214337 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Hist1h2bh-201ENSMUST00000224359 1679 ntAPPRIS P1 BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Tha1-201ENSMUST00000033230 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Sct-201ENSMUST00000046156 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Spsb4-201ENSMUST00000055433 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Mthfd2-201ENSMUST00000005810 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Izumo2-201ENSMUST00000085422 632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp804a-201ENSMUST00000047527 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 4930452B06Rik-201ENSMUST00000102996 2681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Cacul1-201ENSMUST00000081790 5790 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Ilk-212ENSMUST00000163389 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Sirt7-201ENSMUST00000080202 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Serbp1-203ENSMUST00000203077 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp943-202ENSMUST00000153985 1598 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Ntng1-207ENSMUST00000131027 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Ntng1-209ENSMUST00000138344 1452 ntTSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Ssc4d-203ENSMUST00000111152 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 2210408F21Rik-204ENSMUST00000136571 478 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 2210408F21Rik-213ENSMUST00000153057 652 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Rcbtb2-217ENSMUST00000167401 868 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Mir9-3hg-206ENSMUST00000182937 636 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Tomm20-202ENSMUST00000212771 458 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Otx2os1-204ENSMUST00000227221 751 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Cdk2ap2-201ENSMUST00000025779 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Arfrp1-209ENSMUST00000170190 2483 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Gpc6-204ENSMUST00000125435 2423 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 AC123834.2-201ENSMUST00000224038 2340 ntBASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Laptm4b-201ENSMUST00000022867 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Mcu-202ENSMUST00000020312 2872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem39b-201ENSMUST00000102588 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Tmem80-201ENSMUST00000026578 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Sqor-201ENSMUST00000005953 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Anks1b-208ENSMUST00000182053 1649 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Zfp78-205ENSMUST00000208030 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
Ccdc39Q9D5Y1 Acot7-203ENSMUST00000105652 1393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Tekt1-203ENSMUST00000108503 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Gm2788-202ENSMUST00000147173 1390 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Arf1-202ENSMUST00000163300 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Gm5901-201ENSMUST00000106805 1140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Atf7ip2-204ENSMUST00000119023 1048 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Gm11643-201ENSMUST00000119578 864 ntBASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Gm26879-201ENSMUST00000181127 1176 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Btg1-202ENSMUST00000218953 668 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Prdx5-201ENSMUST00000025904 1262 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Mrps33-201ENSMUST00000031978 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 A930024E05Rik-201ENSMUST00000148466 1896 ntTSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Tesk1-201ENSMUST00000060864 3947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Slc2a13-202ENSMUST00000109283 6536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Itm2c-203ENSMUST00000185569 1465 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Tnfsf13-201ENSMUST00000018896 1407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 P2rx2-201ENSMUST00000058016 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Farsa-201ENSMUST00000003906 1826 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Maneal-201ENSMUST00000064444 2727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Gm5953-201ENSMUST00000220644 2616 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Epo-203ENSMUST00000111039 706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Rhno1-202ENSMUST00000112151 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
Ccdc39Q9D5Y1 Gm20403-201ENSMUST00000173803 372 ntAPPRIS P1 BASIC20.88■□□□□ 0.93
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 27.2 ms