Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Gm28876-201ENSMUST00000188137 703 ntTSL 3 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Krtap1-5-201ENSMUST00000054532 1041 ntAPPRIS P1 BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Agbl5-209ENSMUST00000201225 2646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Lmo4-203ENSMUST00000121796 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3488-202ENSMUST00000181562 1945 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Anapc5-203ENSMUST00000196640 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 9330154J02Rik-202ENSMUST00000185960 2557 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Spint2-202ENSMUST00000108236 1211 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Aida-206ENSMUST00000193625 1810 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Lmbr1-207ENSMUST00000200564 1598 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Cklf-208ENSMUST00000212433 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
Ccdc88bQ4QRL3 Gm22697-201ENSMUST00000175194 63 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Gm33142-201ENSMUST00000193913 867 ntBASIC28.95■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Il17a-201ENSMUST00000027061 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Mtnr1b-201ENSMUST00000057920 1095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkn2c-201ENSMUST00000063531 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 AC123834.2-201ENSMUST00000224038 2340 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Il17rc-201ENSMUST00000058300 2302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Nsfl1c-201ENSMUST00000028949 1364 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Camsap3-207ENSMUST00000207712 2539 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Fuz-206ENSMUST00000207485 1140 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Ttc32-203ENSMUST00000219488 768 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Ldlrad1-201ENSMUST00000094916 1093 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Cxxc1-201ENSMUST00000025444 2618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Nxt1-202ENSMUST00000109961 1116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Tekt5-202ENSMUST00000115831 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Asnsd1-202ENSMUST00000123519 983 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 D230030E09Rik-201ENSMUST00000222459 884 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Pigf-201ENSMUST00000024957 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Hint2-201ENSMUST00000030192 610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Nxt1-201ENSMUST00000047177 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Apbb1-219ENSMUST00000191601 2690 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Vangl2-203ENSMUST00000111264 2349 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7609-201ENSMUST00000113402 1538 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr84-201ENSMUST00000079824 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 A930001A20Rik-201ENSMUST00000182586 1366 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14464-201ENSMUST00000119658 1254 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Klf13-202ENSMUST00000183817 599 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Gm37025-201ENSMUST00000195159 829 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 2310039H08Rik-201ENSMUST00000071430 773 ntAPPRIS P1 BASIC28.92■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 1300014J16Rik-201ENSMUST00000219015 1337 ntBASIC28.92■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Nipsnap3b-201ENSMUST00000015391 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Krt82-201ENSMUST00000023713 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt17-204ENSMUST00000200387 2108 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Meg3-201ENSMUST00000124106 1988 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Agfg1-205ENSMUST00000187899 2078 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Nagk-203ENSMUST00000113851 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Slc25a3-201ENSMUST00000076694 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxo9-203ENSMUST00000159099 1201 ntTSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17661-201ENSMUST00000170317 270 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Cenps-207ENSMUST00000177408 689 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp524-201ENSMUST00000086349 1142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Trib3-201ENSMUST00000040312 2026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Prps1l3-201ENSMUST00000139049 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Cd37-204ENSMUST00000209779 2541 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Dnaja4-202ENSMUST00000120452 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Med14-201ENSMUST00000076016 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Rbm18-201ENSMUST00000028251 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Atp5c1-202ENSMUST00000114896 1735 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Lce1j-201ENSMUST00000107304 420 ntAPPRIS P1 BASIC28.9■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Tppp3-202ENSMUST00000176419 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Grcc10-201ENSMUST00000004389 863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4675-202ENSMUST00000164755 2322 ntTSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Pomgnt2-201ENSMUST00000084743 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Auh-201ENSMUST00000021913 1320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Slc47a2-201ENSMUST00000093029 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Eml4-201ENSMUST00000049503 5109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Yipf3-201ENSMUST00000095263 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 4930544D05Rik-204ENSMUST00000180052 755 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 4933406B15Rik-201ENSMUST00000220065 1182 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Vpreb1-201ENSMUST00000075017 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Wnt10b-203ENSMUST00000226610 2217 ntAPPRIS P1 BASIC28.89■■■□□ 2.22
Ccdc88bQ4QRL3 Nmnat3-202ENSMUST00000112937 1898 ntTSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Pcnp-202ENSMUST00000114444 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Mark2-203ENSMUST00000051711 2867 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Cdpf1-204ENSMUST00000144067 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Gtf3a-204ENSMUST00000146511 1298 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Gfra4-202ENSMUST00000066958 783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Prss54-205ENSMUST00000213096 1501 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Slc7a10-201ENSMUST00000001854 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Fam107a-202ENSMUST00000120411 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10616-201ENSMUST00000205285 2127 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Fam168b-203ENSMUST00000167518 5058 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Man1a-203ENSMUST00000105470 2847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnph3-203ENSMUST00000119814 682 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 1110065P20Rik-204ENSMUST00000163946 762 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Efcab11-207ENSMUST00000223114 1122 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Sh3bp1-202ENSMUST00000061239 1917 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Tia1-203ENSMUST00000095754 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Tgds-201ENSMUST00000022727 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Eif3b-201ENSMUST00000100507 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Crlf3-201ENSMUST00000061283 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Gm25925-201ENSMUST00000158314 306 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc34-202ENSMUST00000166603 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Mtmr9-201ENSMUST00000058679 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Spsb2-203ENSMUST00000112473 1322 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Dbnl-203ENSMUST00000109845 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Map4k3-201ENSMUST00000025089 4225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3272-201ENSMUST00000181181 1229 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10566-201ENSMUST00000086739 996 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.9 ms