Protein–RNA interactions for Protein: Q5SPW0

Vps54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, mousemouse

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Vps54Q5SPW0 Yipf3-201ENSMUST00000095263 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Vps54Q5SPW0 AU019823-202ENSMUST00000145139 2805 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Vps54Q5SPW0 Rsph6a-201ENSMUST00000035521 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Vps54Q5SPW0 Lrch4-204ENSMUST00000176667 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Vps54Q5SPW0 Wnt6-201ENSMUST00000006716 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Vps54Q5SPW0 F2rl3-201ENSMUST00000058099 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Vps54Q5SPW0 Espn-204ENSMUST00000080042 1402 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Vps54Q5SPW0 Polr3gl-201ENSMUST00000091924 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Vps54Q5SPW0 Gm11643-201ENSMUST00000119578 864 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
Vps54Q5SPW0 Gm44965-201ENSMUST00000204121 360 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
Vps54Q5SPW0 6530437J22Rik-201ENSMUST00000207515 773 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
Vps54Q5SPW0 Pacs2-207ENSMUST00000223502 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Gm42939-201ENSMUST00000197514 2205 ntBASIC21.33■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Tob1-201ENSMUST00000041589 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Prdm8-202ENSMUST00000210477 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Gm1673-203ENSMUST00000114383 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Npm3-ps1-201ENSMUST00000119728 528 ntBASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Pgap3-205ENSMUST00000128897 1264 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Gm16127-201ENSMUST00000131619 234 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Zmynd19-202ENSMUST00000148042 1103 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 4930412O13Rik-201ENSMUST00000026889 1187 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Npm3-201ENSMUST00000070215 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Cldn24-201ENSMUST00000079639 663 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Gm7579-201ENSMUST00000097943 732 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Ttyh3-201ENSMUST00000042661 4658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Nadk2-201ENSMUST00000067760 3731 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Gm16897-201ENSMUST00000180780 2492 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Rac1-202ENSMUST00000100489 2325 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Gm4675-202ENSMUST00000164755 2322 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Lzic-201ENSMUST00000030842 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Gpr84-201ENSMUST00000079824 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Trim47-202ENSMUST00000106441 2192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Mmp15-201ENSMUST00000034243 5135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Ntng1-204ENSMUST00000106571 1446 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Ntng1-210ENSMUST00000138953 1443 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Spata2l-201ENSMUST00000098327 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Ankle1-201ENSMUST00000119976 2136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Larp1b-206ENSMUST00000191872 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Gm9484-201ENSMUST00000195892 1159 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Gm16042-201ENSMUST00000204813 1247 ntBASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 2310033P09Rik-201ENSMUST00000020719 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Cdk2ap2-201ENSMUST00000025779 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 1700020N01Rik-201ENSMUST00000057341 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Mmp11-201ENSMUST00000000924 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Ubtf-204ENSMUST00000107117 3258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Plekhh1-201ENSMUST00000039928 6439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Bcs1l-202ENSMUST00000113732 1679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Clint1-201ENSMUST00000109260 3311 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Arhgap23-203ENSMUST00000121799 5816 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Krt86-201ENSMUST00000088049 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Prcc-201ENSMUST00000005015 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Larp1b-202ENSMUST00000048490 2354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Keap1-206ENSMUST00000216436 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Galk2-202ENSMUST00000094604 1928 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Dapk1-207ENSMUST00000226059 5009 ntBASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Tmem51os1-202ENSMUST00000141769 2131 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Gm28374-201ENSMUST00000162374 728 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Cox7a2l-202ENSMUST00000167741 1147 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Igflr1-202ENSMUST00000172251 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Tmem185a-201ENSMUST00000101506 2429 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Six3-203ENSMUST00000176081 3680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Pitx2-201ENSMUST00000029657 1680 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Slc7a10-201ENSMUST00000001854 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 B3galnt2-204ENSMUST00000221300 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Gm7712-202ENSMUST00000222331 1510 ntBASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Pmpcb-201ENSMUST00000030882 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Tmem81-201ENSMUST00000058167 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Spata2l-202ENSMUST00000166768 2707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Rrbp1-202ENSMUST00000037875 2701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Kcns3-201ENSMUST00000055673 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Nlgn2-202ENSMUST00000108634 5568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Dennd2a-201ENSMUST00000036877 4468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 4930540M05Rik-201ENSMUST00000180527 2068 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 4430402I18Rik-205ENSMUST00000162110 1559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Clta-203ENSMUST00000107847 1121 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Mir5122-201ENSMUST00000175004 89 ntBASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 D330020A13Rik-201ENSMUST00000181956 1069 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Arfip2-212ENSMUST00000209550 1141 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Arfip2-214ENSMUST00000210911 938 ntTSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Gm9803-201ENSMUST00000057649 563 ntAPPRIS P1 BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Gm10549-201ENSMUST00000097634 450 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 C1ql3-201ENSMUST00000061545 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Abhd5-202ENSMUST00000111497 2576 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Tmed3-201ENSMUST00000058488 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Nectin2-202ENSMUST00000108450 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Mef2d-202ENSMUST00000107558 1767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Fcgrt-201ENSMUST00000003512 1770 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Edn2-201ENSMUST00000030384 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Lrrc73-201ENSMUST00000095262 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Bex3-202ENSMUST00000113112 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Gm10517-202ENSMUST00000192970 758 ntBASIC21.28■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Pomc-204ENSMUST00000219543 1043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Uchl1-201ENSMUST00000031131 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Rex1bd-201ENSMUST00000075175 671 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Nus1-201ENSMUST00000023830 4605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 H2-Q7-202ENSMUST00000076256 1523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Smad7-201ENSMUST00000026999 4278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 1700041G16Rik-202ENSMUST00000186344 1824 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 2810408A11Rik-201ENSMUST00000018714 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Vps54Q5SPW0 Naa60-212ENSMUST00000186375 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.1 ms