Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Gm7712-202ENSMUST00000222331 1510 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Igsf9b-201ENSMUST00000115247 2857 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Tmem39b-201ENSMUST00000102588 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Shisa7-203ENSMUST00000119433 3481 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Zfp64-202ENSMUST00000109161 1009 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Atf7ip2-204ENSMUST00000119023 1048 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Traf1P39428 E030044B06Rik-201ENSMUST00000181195 1266 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Cmc1-202ENSMUST00000215799 531 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Trim58-201ENSMUST00000075084 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Herpud2-201ENSMUST00000008573 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Gpr162-204ENSMUST00000204667 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Maff-201ENSMUST00000096350 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Egln2-202ENSMUST00000108382 1756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Faxc-201ENSMUST00000029908 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Ntng1-207ENSMUST00000131027 1485 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Ntng1-209ENSMUST00000138344 1452 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Gm26879-201ENSMUST00000181127 1176 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Arhgef4-208ENSMUST00000211073 171 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
Traf1P39428 AC135963.1-201ENSMUST00000211640 717 ntBASIC20.52■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Slc10a4-201ENSMUST00000031127 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Ssx2ip-204ENSMUST00000106153 3446 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Fbxw5-201ENSMUST00000015239 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Nudt11-201ENSMUST00000103007 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Crocc-202ENSMUST00000097816 6273 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Tax1bp3-201ENSMUST00000040687 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Ubr5-201ENSMUST00000110336 9242 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Gm2788-202ENSMUST00000147173 1390 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Cpne1-217ENSMUST00000184265 871 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Cdk2ap2-201ENSMUST00000025779 1080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Slc29a1-201ENSMUST00000051574 1996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Map3k9-201ENSMUST00000035987 4564 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Adpgk-205ENSMUST00000217570 2484 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Bcat2-201ENSMUST00000033098 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Sox30-201ENSMUST00000049038 2997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Kcnk3-201ENSMUST00000066295 3811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Creld1-201ENSMUST00000032422 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Ankle2-202ENSMUST00000086674 5025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Rragd-203ENSMUST00000098190 5008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Gm11532-201ENSMUST00000128111 5272 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 AC108858.1-201ENSMUST00000228461 1498 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Hmces-201ENSMUST00000032141 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Espn-209ENSMUST00000105655 1350 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Plk3-201ENSMUST00000076859 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Ttc19-201ENSMUST00000050646 3410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Stk3-201ENSMUST00000018476 2914 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Rps5-202ENSMUST00000108539 794 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 2210408F21Rik-213ENSMUST00000153057 652 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Gm26643-201ENSMUST00000180854 1274 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Nsg1-204ENSMUST00000201363 820 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 2310033P09Rik-201ENSMUST00000020719 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Negr1-202ENSMUST00000074015 4983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 9330171B17Rik-201ENSMUST00000035939 2073 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Foxj1-201ENSMUST00000036215 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Dolk-201ENSMUST00000100219 2104 ntAPPRIS P1 BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Kcnb1-201ENSMUST00000059826 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Lrrc43-201ENSMUST00000094327 2046 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Cerkl-205ENSMUST00000143974 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Tlcd1-202ENSMUST00000098545 2897 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Gm42939-201ENSMUST00000197514 2205 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Hist1h2bh-201ENSMUST00000224359 1679 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Gm21949-201ENSMUST00000182006 2369 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Pwwp2b-201ENSMUST00000093993 3057 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Insig2-201ENSMUST00000003818 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Gm10418-201ENSMUST00000100943 576 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Sct-202ENSMUST00000167790 507 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Prr23a1-201ENSMUST00000170349 883 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Aldh1a3-204ENSMUST00000174215 1066 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Gm20472-201ENSMUST00000174403 1240 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Gm29994-201ENSMUST00000195495 1193 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 AC122465.1-201ENSMUST00000220813 1209 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Sct-201ENSMUST00000046156 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Odf1-201ENSMUST00000081966 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Fam129b-201ENSMUST00000028135 3714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
Traf1P39428 St7l-201ENSMUST00000059271 5728 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Tial1-201ENSMUST00000033135 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Ddx41-201ENSMUST00000021956 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Pdxdc1-203ENSMUST00000115803 1268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Impa1-204ENSMUST00000191670 1100 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Mrps33-201ENSMUST00000031978 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Rps6ka2-201ENSMUST00000024575 5404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Soga1-201ENSMUST00000069098 7864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Gm38308-201ENSMUST00000194934 1809 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Zfpm1-201ENSMUST00000054052 3390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Dynll2-202ENSMUST00000107923 2443 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Ddit4-201ENSMUST00000020308 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Khdc3-204ENSMUST00000173734 1228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Gm3764-202ENSMUST00000180582 440 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Atp23-201ENSMUST00000026504 903 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Actr3-201ENSMUST00000027579 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Itga9-201ENSMUST00000044165 7020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Dixdc1-207ENSMUST00000121634 2420 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Ctbp2-201ENSMUST00000033269 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Ythdc1-202ENSMUST00000119339 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Rundc3a-202ENSMUST00000107102 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Klf16-201ENSMUST00000038558 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Traf1P39428 P2rx2-201ENSMUST00000058016 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Traf1P39428 2210408F21Rik-211ENSMUST00000151800 750 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Gm7977-201ENSMUST00000193787 748 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
Traf1P39428 Tmem14c-201ENSMUST00000021790 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.3 ms