Protein–RNA interactions for Protein: Q5NCC9

Trim58, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM58, mousemouse

Predictions only

Length 485 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim58Q5NCC9 Cep83-201ENSMUST00000020212 3639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Acbd4-203ENSMUST00000107040 1959 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Polr3h-201ENSMUST00000023113 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Lrch4-204ENSMUST00000176667 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Gm15847-201ENSMUST00000121417 1065 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Dlg1-202ENSMUST00000064477 4663 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Agfg2-202ENSMUST00000100544 2858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Gm13032-201ENSMUST00000151848 2001 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Stard3-201ENSMUST00000018311 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Nptxr-201ENSMUST00000023057 5004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Espn-206ENSMUST00000103196 1323 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Zfp943-202ENSMUST00000153985 1598 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Vps4a-201ENSMUST00000034388 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Tmem81-201ENSMUST00000058167 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Jtb-202ENSMUST00000119304 878 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Tpsg1-204ENSMUST00000160920 867 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Mir2861-201ENSMUST00000175539 82 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Bex2-201ENSMUST00000049130 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 9030624G23Rik-201ENSMUST00000101538 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Meox1-201ENSMUST00000057054 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Cog2-201ENSMUST00000034460 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Tigd3-201ENSMUST00000055911 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Panx2-203ENSMUST00000162424 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Zfp691-202ENSMUST00000106355 1588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Asnsd1-201ENSMUST00000027264 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Tle4-202ENSMUST00000167776 4545 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Matk-201ENSMUST00000105328 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Fam69a-201ENSMUST00000031198 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Espn-209ENSMUST00000105655 1350 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Gm11527-201ENSMUST00000153795 596 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Scamp4-202ENSMUST00000180350 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Gm3807-201ENSMUST00000193520 1168 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Crybb1-201ENSMUST00000031286 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 5033430I15Rik-201ENSMUST00000038032 729 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Tspan10-201ENSMUST00000044105 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Syt7-203ENSMUST00000169121 6834 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Gm26657-201ENSMUST00000181745 1308 ntAPPRIS P1 BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Lins1-203ENSMUST00000121777 2729 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Dnajb9-201ENSMUST00000015049 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Tex264-203ENSMUST00000169068 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Rilpl2-201ENSMUST00000031347 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Nxn-201ENSMUST00000021204 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Lancl2-202ENSMUST00000072954 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Snx3-202ENSMUST00000105499 1057 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Tomm6-201ENSMUST00000113301 594 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 E030030I06Rik-201ENSMUST00000069372 876 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Arpc4-201ENSMUST00000156898 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Fam213a-202ENSMUST00000118466 1567 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Eif2b4-201ENSMUST00000077693 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Brpf1-204ENSMUST00000113122 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Rprm-201ENSMUST00000100089 1460 ntAPPRIS P1 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Zbtb32-202ENSMUST00000108151 1775 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Dut-201ENSMUST00000051605 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Srcin1-201ENSMUST00000107590 5493 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Cdc123-201ENSMUST00000043864 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Shc3-201ENSMUST00000021898 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Atxn2-201ENSMUST00000051950 4472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Tmed4-201ENSMUST00000004508 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Nudt8-203ENSMUST00000122924 1082 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Rab34-209ENSMUST00000207728 567 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Mtag2-201ENSMUST00000058665 714 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Gm10602-201ENSMUST00000098239 609 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Cep57-208ENSMUST00000147115 2262 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Kcnj4-201ENSMUST00000057801 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 1700041G16Rik-202ENSMUST00000186344 1824 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Trim58Q5NCC9 Prkci-201ENSMUST00000108249 4708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Polr3d-201ENSMUST00000000793 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Trak1-209ENSMUST00000210798 5363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Pdxdc1-202ENSMUST00000115802 2466 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Dio3-201ENSMUST00000097228 1449 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Rcn1-201ENSMUST00000006128 2720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Stmn4-202ENSMUST00000118426 1281 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Vkorc1-202ENSMUST00000119922 387 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Dsg2-203ENSMUST00000121837 953 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Gm2559-201ENSMUST00000201323 363 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Gm29791-202ENSMUST00000207888 369 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Gm26885-201ENSMUST00000181920 1688 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Kdm1a-202ENSMUST00000105847 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Gm44618-201ENSMUST00000208431 2262 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Rhobtb3-201ENSMUST00000022078 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Nrl-201ENSMUST00000062232 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Sema6d-203ENSMUST00000077847 6444 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Hmbox1-203ENSMUST00000175744 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Ankrd22-201ENSMUST00000025686 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Etv5-201ENSMUST00000079601 3975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Vgf-204ENSMUST00000190827 2834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Ngb-201ENSMUST00000021420 1616 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Pitx1-201ENSMUST00000021968 2451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Gm27029-202ENSMUST00000107259 1855 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Sept9-201ENSMUST00000019038 3784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Pea15a-201ENSMUST00000013842 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Josd2-203ENSMUST00000118493 922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Rell2-204ENSMUST00000163591 1057 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Tspan2-203ENSMUST00000196611 682 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Mrps10-201ENSMUST00000060752 1109 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Gm4968-201ENSMUST00000071458 858 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Elac2-203ENSMUST00000108697 2612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Olfr94-203ENSMUST00000222190 1611 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Agpat3-201ENSMUST00000001240 5980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Trim58Q5NCC9 Pced1a-202ENSMUST00000110277 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 20.2 ms