Protein–RNA interactions for Protein: P39428

Traf1, TNF receptor-associated factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 409 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Traf1P39428 Coro7-202ENSMUST00000090480 1147 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Cxadr-201ENSMUST00000023572 5734 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Gnptg-202ENSMUST00000115154 2249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Gm45447-201ENSMUST00000209874 1805 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Prkra-201ENSMUST00000002808 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Galnt3-201ENSMUST00000028378 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Wnt10b-202ENSMUST00000166022 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Cyp4f13-204ENSMUST00000139353 1389 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Dennd2a-201ENSMUST00000036877 4468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Fam189a1-201ENSMUST00000119118 4801 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Alkbh5-201ENSMUST00000044250 5730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Krt82-201ENSMUST00000023713 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Eif6-201ENSMUST00000029142 1500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Dennd3-201ENSMUST00000043414 5299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Cckbr-201ENSMUST00000033189 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Rrp15-201ENSMUST00000001339 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Tbx3os2-201ENSMUST00000135385 1345 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Gm10575-201ENSMUST00000097947 1671 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Gm16054-201ENSMUST00000139469 1819 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Edn2-201ENSMUST00000030384 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Runx2-204ENSMUST00000159943 2316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Ankle1-202ENSMUST00000120725 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Mtx1-201ENSMUST00000073572 1617 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Gm20878-202ENSMUST00000108028 339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Nrn1-202ENSMUST00000122286 691 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Fau-203ENSMUST00000179142 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Krtap5-1-202ENSMUST00000188274 742 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Cmtm7-201ENSMUST00000035009 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Ly6g6d-201ENSMUST00000007259 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
Traf1P39428 Rbbp7-202ENSMUST00000112326 1430 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Smad7-201ENSMUST00000026999 4278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Klhl36-201ENSMUST00000034287 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Fam117b-201ENSMUST00000036540 5532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Pdzd8-201ENSMUST00000099274 7076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Hes3-201ENSMUST00000094438 1829 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Nadk2-201ENSMUST00000067760 3731 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Pick1-201ENSMUST00000018295 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Adgra2-202ENSMUST00000178514 5129 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Wtap-205ENSMUST00000160781 2442 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 1700003E16Rik-202ENSMUST00000203203 2070 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Vps9d1-203ENSMUST00000122363 2952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Sap18-201ENSMUST00000111267 660 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Gm13836-201ENSMUST00000121159 501 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Ccdc58-202ENSMUST00000163352 970 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Ccdc58-203ENSMUST00000164916 1096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Prlh-201ENSMUST00000166281 276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Mir2861-201ENSMUST00000175539 82 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Gm21814-202ENSMUST00000203277 873 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 AC156016.1-201ENSMUST00000227190 1035 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Odf3b-204ENSMUST00000227834 930 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Fam71b-201ENSMUST00000063166 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 B3galnt2-207ENSMUST00000221974 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Hbs1l-202ENSMUST00000061324 1998 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Arhgap42-203ENSMUST00000183182 1458 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Nmnat3-202ENSMUST00000112937 1898 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Rassf1-201ENSMUST00000010211 1727 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Pxdc1-202ENSMUST00000053459 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Gm15565-201ENSMUST00000118890 427 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Gm11643-201ENSMUST00000119578 864 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Gm16120-201ENSMUST00000127990 808 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Nsl1-203ENSMUST00000139340 837 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Timm23-208ENSMUST00000226683 750 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Psmd4-201ENSMUST00000071664 1276 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Nme2-202ENSMUST00000072566 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Gm10273-201ENSMUST00000092511 1126 ntAPPRIS P1 BASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Foxp1-230ENSMUST00000177437 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Trim47-202ENSMUST00000106441 2192 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Cdca4-201ENSMUST00000062092 2425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Tfap4-201ENSMUST00000005862 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Nr4a1-201ENSMUST00000023779 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Med14-201ENSMUST00000076016 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Pitx2-201ENSMUST00000029657 1680 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Hrh3-202ENSMUST00000163215 1401 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Scrn2-201ENSMUST00000021249 1530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Gm28374-201ENSMUST00000162374 728 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Gm16042-201ENSMUST00000204813 1247 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Gnb5-201ENSMUST00000076889 1188 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Gm5417-201ENSMUST00000079706 384 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Gm10654-201ENSMUST00000098653 1633 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Pard3-219ENSMUST00000162309 5659 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Oxct2b-201ENSMUST00000102648 1735 ntAPPRIS P1 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Itgb5-201ENSMUST00000069345 3056 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Ppp1r3g-203ENSMUST00000225537 2389 ntAPPRIS P1 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Ncor1-203ENSMUST00000069456 3171 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Tlcd1-204ENSMUST00000127587 1412 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Nova2-202ENSMUST00000220302 8372 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Nova2-201ENSMUST00000032571 8372 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Ankle2-201ENSMUST00000031474 5215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 B3gnt2-202ENSMUST00000062844 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Sema6d-203ENSMUST00000077847 6444 ntTSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Ssc4d-203ENSMUST00000111152 2745 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Phgr1-202ENSMUST00000130293 542 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Uqcr11-201ENSMUST00000020372 445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Lce1m-201ENSMUST00000029520 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Lifr-202ENSMUST00000164529 2844 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Lrrc73-201ENSMUST00000095262 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Vat1-201ENSMUST00000040430 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Fam172a-202ENSMUST00000099358 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Lrch3-201ENSMUST00000023491 5536 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
Traf1P39428 Nlgn2-202ENSMUST00000108634 5568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 59.4 ms