Protein–RNA interactions for Protein: Q9ES34

Ube3b, Ubiquitin-protein ligase E3B, mousemouse

Predictions only

Length 1,070 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ube3bQ9ES34 5031439G07Rik-201ENSMUST00000047144 6845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Nsun2-202ENSMUST00000109699 2834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Ankrd39-201ENSMUST00000001172 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Aire-204ENSMUST00000128241 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Aire-205ENSMUST00000130972 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Aire-212ENSMUST00000145975 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Aire-201ENSMUST00000019257 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Psme3-201ENSMUST00000019470 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Akain1-201ENSMUST00000169935 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Lyrm4-201ENSMUST00000053265 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Slc9a6-201ENSMUST00000077741 4976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Fgf11-201ENSMUST00000011285 2534 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Pqlc1-201ENSMUST00000070135 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Rwdd1-201ENSMUST00000019917 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Uqcr11-201ENSMUST00000020372 445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Vegfc-201ENSMUST00000033919 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Ythdc1-202ENSMUST00000119339 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 P2rx2-201ENSMUST00000058016 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 A230050P20Rik-201ENSMUST00000043911 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Slc25a35-202ENSMUST00000102606 1828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Cdk5-201ENSMUST00000030814 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Nipa2-202ENSMUST00000117812 3039 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Wisp2-201ENSMUST00000029188 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Lrrc73-201ENSMUST00000095262 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Nup85-201ENSMUST00000021085 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Zpbp2-205ENSMUST00000107513 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Bex3-202ENSMUST00000113112 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Gm13401-201ENSMUST00000117074 291 ntBASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Atf7ip2-204ENSMUST00000119023 1048 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Prlh-201ENSMUST00000166281 276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Flywch2-201ENSMUST00000024704 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Ppic-201ENSMUST00000025419 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Ube4b-202ENSMUST00000103212 5626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Tspan10-201ENSMUST00000044105 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Rbmxl1-201ENSMUST00000049245 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Ube3bQ9ES34 Nectin3-201ENSMUST00000023334 3062 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Eml4-203ENSMUST00000112363 5238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Rrp15-201ENSMUST00000001339 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Taf9-205ENSMUST00000190594 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Sox12-202ENSMUST00000182625 4453 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Galnt3-201ENSMUST00000028378 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Fxyd6-203ENSMUST00000217381 1789 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Enah-203ENSMUST00000111025 3385 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Larp1b-206ENSMUST00000191872 1505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Impa1-204ENSMUST00000191670 1100 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Gm10517-202ENSMUST00000192970 758 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Gm19610-201ENSMUST00000202894 408 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Nme2-202ENSMUST00000072566 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Fxn-201ENSMUST00000081333 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Rnpc3-203ENSMUST00000106536 1839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Hspbp1-201ENSMUST00000079970 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 A930024E05Rik-201ENSMUST00000148466 1896 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Lmtk3-204ENSMUST00000209617 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Scamp3-201ENSMUST00000029684 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Brsk2-201ENSMUST00000018971 4049 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Bhlhe22-201ENSMUST00000026120 3344 ntAPPRIS P1 BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 5031439G07Rik-203ENSMUST00000165743 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Chst8-203ENSMUST00000154629 2079 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Wnt10b-203ENSMUST00000226610 2217 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Pomgnt2-201ENSMUST00000084743 2365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Camsap3-207ENSMUST00000207712 2539 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Orai3-201ENSMUST00000061587 1996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Krt86-201ENSMUST00000088049 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Epo-203ENSMUST00000111039 706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Cldn14-205ENSMUST00000177648 1266 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Gm45141-201ENSMUST00000206502 1888 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Slc16a10-202ENSMUST00000213488 2325 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Odf3b-204ENSMUST00000227834 930 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 4930505A04Rik-201ENSMUST00000041763 904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Anapc5-208ENSMUST00000197719 2383 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Slc25a31-201ENSMUST00000091184 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Plin5-202ENSMUST00000113072 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Cdc123-201ENSMUST00000043864 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Tmem245-202ENSMUST00000107609 2643 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Hmces-202ENSMUST00000113606 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Mboat1-201ENSMUST00000047311 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Cxxc4-201ENSMUST00000166288 1290 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Timm23-208ENSMUST00000226683 750 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 AC156016.1-201ENSMUST00000227190 1035 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Tm2d1-201ENSMUST00000030292 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Gm10273-201ENSMUST00000092511 1126 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Dmrt2-201ENSMUST00000053068 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Zfp523-202ENSMUST00000073534 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Fam129b-201ENSMUST00000028135 3714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Hhat-203ENSMUST00000128619 1819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Dlgap1-209ENSMUST00000140728 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Zfp78-205ENSMUST00000208030 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Tax1bp3-201ENSMUST00000040687 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Grb14-201ENSMUST00000028252 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Patz1-203ENSMUST00000094471 2930 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Fbxw8-201ENSMUST00000049474 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Dbnl-203ENSMUST00000109845 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Arhgef4-208ENSMUST00000211073 171 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Gm45709-201ENSMUST00000213052 1075 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Cmtm7-201ENSMUST00000035009 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Csf1-203ENSMUST00000120243 2097 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Fam107a-202ENSMUST00000120411 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Kctd15-201ENSMUST00000032709 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Ube3bQ9ES34 Mark2-203ENSMUST00000051711 2867 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.6 ms