Protein–RNA interactions for Protein: Q3U1J4

Ddb1, DNA damage-binding protein 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,140 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ddb1Q3U1J4 Gfod2-203ENSMUST00000155038 951 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Gm29103-201ENSMUST00000191034 598 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Upk3a-201ENSMUST00000023070 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Cdan1-201ENSMUST00000110700 5996 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 9130024F11Rik-201ENSMUST00000135238 1300 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Fam166b-201ENSMUST00000052829 1349 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Kirrel3-202ENSMUST00000115148 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 U2af2-202ENSMUST00000165399 1810 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Npb-202ENSMUST00000106194 530 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Npb-203ENSMUST00000106195 542 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Gm27357-201ENSMUST00000183754 135 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Ldlrad1-201ENSMUST00000094916 1093 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Tor3a-207ENSMUST00000188964 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Pdia6-201ENSMUST00000057288 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Klc3-203ENSMUST00000108458 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Krt27-201ENSMUST00000017732 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Ssx2ip-203ENSMUST00000106151 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Slc25a10-201ENSMUST00000026899 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Rab11b-203ENSMUST00000173860 1544 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Slc25a26-201ENSMUST00000061118 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Kctd13-201ENSMUST00000032924 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Flg-207ENSMUST00000180293 768 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Mzt1-203ENSMUST00000227948 952 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Otx2os1-206ENSMUST00000228153 787 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Il17b-201ENSMUST00000025471 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Ino80e-202ENSMUST00000106342 1840 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Arf1-202ENSMUST00000163300 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Gnpda1-201ENSMUST00000063814 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Rassf1-201ENSMUST00000010211 1727 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Fam71e1-202ENSMUST00000205359 1307 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Ssu72-201ENSMUST00000030905 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 BC037034-205ENSMUST00000159649 2093 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Krt4-201ENSMUST00000023797 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Snx5-201ENSMUST00000028909 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Tmsb10-202ENSMUST00000114049 690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Gm24589-201ENSMUST00000116692 94 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Ptov1-201ENSMUST00000046575 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Atp2b2-208ENSMUST00000205052 5658 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Dirc2-201ENSMUST00000023554 5395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Nfatc2-201ENSMUST00000029057 2310 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Rapgef1-201ENSMUST00000091146 6212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 R3hdm4-201ENSMUST00000045628 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Lpcat3-201ENSMUST00000004381 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Ppdpf-201ENSMUST00000016488 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 2010010A06Rik-202ENSMUST00000186356 694 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Papd7-202ENSMUST00000198607 4750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Cers1-203ENSMUST00000165819 2728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
Ddb1Q3U1J4 Chmp7-201ENSMUST00000036381 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Kcnc3-201ENSMUST00000107906 5062 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Gm15582-201ENSMUST00000132849 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Tpm2-203ENSMUST00000107914 1164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Hmga1-206ENSMUST00000119486 1003 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Shisa5-218ENSMUST00000200515 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Gm18115-201ENSMUST00000221209 621 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Exosc5-201ENSMUST00000079634 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Neto2-205ENSMUST00000216286 2932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Rela-201ENSMUST00000025867 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Lrrc38-201ENSMUST00000052458 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Gm37820-201ENSMUST00000194021 2147 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Srpx-202ENSMUST00000115543 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Znhit2-201ENSMUST00000162726 1281 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Rbm4-203ENSMUST00000178615 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Gm10358-201ENSMUST00000212864 1250 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 B130046B21Rik-201ENSMUST00000181510 2216 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Zfp579-206ENSMUST00000162731 2489 ntAPPRIS P1 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Cntln-204ENSMUST00000169371 5365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Nudt16-201ENSMUST00000035179 1631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Dmrta2-201ENSMUST00000061187 2922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Mtg2-202ENSMUST00000108901 1444 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Gm9194-201ENSMUST00000220749 1447 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Sapcd2-202ENSMUST00000100323 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Prkcz-203ENSMUST00000105624 694 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Gm14964-202ENSMUST00000149574 716 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Surf1-201ENSMUST00000015934 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Utp23-204ENSMUST00000161651 582 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Hist1h2bc-201ENSMUST00000018246 1156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 D830030K20Rik-204ENSMUST00000225885 1142 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Hist1h2ba-201ENSMUST00000052776 384 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Prss53-202ENSMUST00000205300 1662 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Cacnb1-204ENSMUST00000107561 1778 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Zfp943-202ENSMUST00000153985 1598 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Med25-201ENSMUST00000003049 2619 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Spr-ps1-201ENSMUST00000089584 605 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Rxra-201ENSMUST00000077257 4905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Bcs1l-202ENSMUST00000113732 1679 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Nkiras2-203ENSMUST00000107376 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Dpys-202ENSMUST00000110306 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 5330438D12Rik-201ENSMUST00000064101 2229 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 1700041G16Rik-202ENSMUST00000186344 1824 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Gabarapl1-201ENSMUST00000032264 1820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Gpd1-203ENSMUST00000162194 1515 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Ndufv3-201ENSMUST00000046288 1537 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 H2-DMa-201ENSMUST00000042121 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Dact3-201ENSMUST00000108493 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Phldb3-201ENSMUST00000073325 2273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Gm13401-201ENSMUST00000117074 291 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 4930526A20Rik-201ENSMUST00000134228 941 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Hrh3-204ENSMUST00000165248 1224 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
Ddb1Q3U1J4 Ndufab1-ps-201ENSMUST00000166096 468 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.1 ms