Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Pdcd5-202ENSMUST00000120714 767 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 4930505A04Rik-201ENSMUST00000041763 904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.38■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Eif4g3-201ENSMUST00000058133 2663 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Eif1a-202ENSMUST00000168382 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 2310001K24Rik-202ENSMUST00000186760 740 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl21-201ENSMUST00000025743 802 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Fam167b-201ENSMUST00000052835 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Aire-204ENSMUST00000128241 1938 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Aire-205ENSMUST00000130972 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Aire-212ENSMUST00000145975 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Aire-201ENSMUST00000019257 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Cables2-201ENSMUST00000108891 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Map4k3-202ENSMUST00000112389 4231 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Taf9-205ENSMUST00000190594 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Matn4-203ENSMUST00000109358 2056 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Hoxb3os-201ENSMUST00000131275 2315 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Phox2b-201ENSMUST00000012664 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Elmo2-204ENSMUST00000103088 3052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Stk11-210ENSMUST00000213772 1239 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Cacnb1-204ENSMUST00000107561 1778 ntTSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Dscc1-201ENSMUST00000023059 1324 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Noxa1-201ENSMUST00000044018 1617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Rasgef1a-201ENSMUST00000164960 3284 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 9330171B17Rik-201ENSMUST00000035939 2073 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Hist1h2aj-201ENSMUST00000091710 352 ntBASIC29.36■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Zmiz2-201ENSMUST00000012612 4199 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Proca1-203ENSMUST00000108317 1359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Dio3-202ENSMUST00000173014 2030 ntAPPRIS P1 BASIC29.35■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Wisp2-201ENSMUST00000029188 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Htra3-202ENSMUST00000114233 1901 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Paics-203ENSMUST00000120912 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 4930405A21Rik-202ENSMUST00000139042 994 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 A430033K04Rik-204ENSMUST00000200521 1110 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 A430033K04Rik-201ENSMUST00000032590 1109 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7367-201ENSMUST00000057611 492 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Prmt6-201ENSMUST00000106567 2450 ntAPPRIS P1 BASIC29.35■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr162-204ENSMUST00000204667 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Mrpl9-201ENSMUST00000029786 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Klhl36-201ENSMUST00000034287 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Prickle4-201ENSMUST00000113299 990 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Prickle4-202ENSMUST00000113300 1110 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Calml4-206ENSMUST00000215870 803 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Hist3h2ba-201ENSMUST00000078267 614 ntAPPRIS P1 BASIC29.34■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Trim63-202ENSMUST00000105875 1886 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Pgf-204ENSMUST00000223220 2080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Aig1-205ENSMUST00000162610 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 0610040J01Rik-201ENSMUST00000081747 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Khdc3-204ENSMUST00000173734 1228 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3764-209ENSMUST00000181550 1093 ntTSL 3 BASIC29.33■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm29791-202ENSMUST00000207888 369 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18959-201ENSMUST00000208954 655 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Rgcc-201ENSMUST00000022595 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 0610009B22Rik-201ENSMUST00000007921 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Prss33-201ENSMUST00000059906 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Tspan10-201ENSMUST00000044105 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
Ccdc88bQ4QRL3 Coq5-201ENSMUST00000040421 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Galnt9-201ENSMUST00000040001 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Fam229a-201ENSMUST00000106043 558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Wdr74-202ENSMUST00000210512 1078 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 AC159205.6-201ENSMUST00000224935 887 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Phldb3-201ENSMUST00000073325 2273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Srsf11-202ENSMUST00000072875 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Nup85-201ENSMUST00000021085 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Cdca4-202ENSMUST00000220899 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Cdc123-201ENSMUST00000043864 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp1r1b-204ENSMUST00000137634 1343 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Steap1-201ENSMUST00000015796 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Anapc13-203ENSMUST00000188398 727 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Nck2-201ENSMUST00000086421 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Mpst-201ENSMUST00000043865 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm24841-201ENSMUST00000158676 357 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Chst8-203ENSMUST00000154629 2079 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Mmp11-201ENSMUST00000000924 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Fez2-202ENSMUST00000112487 2020 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gse1-203ENSMUST00000120493 4610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Plxdc1-202ENSMUST00000107564 619 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 D330023K18Rik-201ENSMUST00000133550 920 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm45058-201ENSMUST00000205810 766 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm11273-201ENSMUST00000044043 390 ntAPPRIS P1 BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Tuba3b-201ENSMUST00000087445 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Cpeb3-202ENSMUST00000123727 2411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Ythdc1-202ENSMUST00000119339 3222 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Bin2-204ENSMUST00000182775 1908 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Ptges3l-202ENSMUST00000103102 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Scamp4-201ENSMUST00000079883 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Dennd5a-201ENSMUST00000080437 5004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Fcgrt-201ENSMUST00000003512 1770 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6627-201ENSMUST00000218299 2386 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 AA467197-202ENSMUST00000110512 751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Muc2-203ENSMUST00000179227 399 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27463-201ENSMUST00000183569 57 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd8-201ENSMUST00000008094 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Wtap-204ENSMUST00000159986 3187 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gabbr1-202ENSMUST00000172789 1460 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Tatdn2-201ENSMUST00000089018 3096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Kctd13-201ENSMUST00000032924 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Gpr180-201ENSMUST00000022728 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Eif1b-201ENSMUST00000007139 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Ube2d2a-201ENSMUST00000167406 2393 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
Ccdc88bQ4QRL3 Spata2l-201ENSMUST00000098327 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.5 ms