Protein–RNA interactions for Protein: Q9CQ56

Use1, Vesicle transport protein USE1, mousemouse

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Use1Q9CQ56 Cyp26c1-201ENSMUST00000073391 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Use1Q9CQ56 Nectin3-202ENSMUST00000023335 9116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Use1Q9CQ56 Ankrd17-203ENSMUST00000168058 9311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
Use1Q9CQ56 Smarcd2-201ENSMUST00000021052 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
Use1Q9CQ56 Prss12-201ENSMUST00000029603 2602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Use1Q9CQ56 Fam213a-201ENSMUST00000022317 1537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Use1Q9CQ56 Wnt16-201ENSMUST00000031681 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Use1Q9CQ56 Gm20421-201ENSMUST00000153344 672 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Use1Q9CQ56 Gclm-206ENSMUST00000178826 1002 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Use1Q9CQ56 Gm1673-201ENSMUST00000094869 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
Use1Q9CQ56 Abhd5-202ENSMUST00000111497 2576 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Galk1-201ENSMUST00000021114 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Nfix-201ENSMUST00000076715 1403 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Icam5-201ENSMUST00000019616 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Gm19439-201ENSMUST00000198195 2273 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Otx2-204ENSMUST00000122009 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 U2af2-209ENSMUST00000209099 2088 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Nxn-201ENSMUST00000021204 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Plekha7-210ENSMUST00000182834 5257 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Hspa1l-201ENSMUST00000007248 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Ankrd39-201ENSMUST00000001172 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Cyyr1-204ENSMUST00000175700 1294 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Gm42778-201ENSMUST00000199644 553 ntBASIC17.01■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Tmem171-201ENSMUST00000064347 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Fbxo42-201ENSMUST00000030757 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Schip1-203ENSMUST00000170788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Slc25a47-202ENSMUST00000221080 1890 ntTSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Podxl2-202ENSMUST00000061262 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Htr6-202ENSMUST00000105802 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Gm37811-201ENSMUST00000192416 2601 ntBASIC17■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Fstl3-201ENSMUST00000020575 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Map3k7-202ENSMUST00000080933 5669 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Tgds-204ENSMUST00000228543 1594 ntBASIC17■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Ldlrad4-201ENSMUST00000063775 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Rab11fip3-202ENSMUST00000120691 5103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Mmp17-201ENSMUST00000031390 6422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Snx21-201ENSMUST00000056181 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 9330111N05Rik-202ENSMUST00000181043 2449 ntTSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Zbtb11os1-201ENSMUST00000186480 1350 ntBASIC17■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Fam171b-201ENSMUST00000051454 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 D1Ertd622e-204ENSMUST00000153115 3495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Pfn2-201ENSMUST00000066882 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Gm10129-202ENSMUST00000193100 1316 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Rnf112-203ENSMUST00000102661 3118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Panx2-203ENSMUST00000162424 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Stac2-201ENSMUST00000017544 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Camkk2-211ENSMUST00000200109 2751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Amigo1-202ENSMUST00000106656 5482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Hspa5-202ENSMUST00000100171 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Csnk1g3-201ENSMUST00000069597 4394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 4930535I16Rik-201ENSMUST00000181410 519 ntAPPRIS P1 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Ltbp4-202ENSMUST00000108369 5377 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Ddx59-201ENSMUST00000027655 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Egln2-202ENSMUST00000108382 1756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Tsc22d1-201ENSMUST00000022587 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Tha1-201ENSMUST00000033230 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Rrs1-201ENSMUST00000072079 2048 ntAPPRIS P1 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Gnb2-204ENSMUST00000111027 1610 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Ap2a2-201ENSMUST00000003038 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Yeats4-201ENSMUST00000020382 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Keap1-204ENSMUST00000193982 2163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Tspoap1-202ENSMUST00000100644 7390 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Trpc4ap-201ENSMUST00000041059 3204 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Rian-206ENSMUST00000182119 329 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Cox6a1-201ENSMUST00000040154 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Krtap5-3-201ENSMUST00000084414 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Hist1h2ag-201ENSMUST00000091741 485 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Npnt-202ENSMUST00000042744 4619 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Ctf1-201ENSMUST00000047393 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Mthfd2-201ENSMUST00000005810 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Bmp8a-202ENSMUST00000102641 1917 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Eif2b4-201ENSMUST00000077693 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Lrrc27-202ENSMUST00000106104 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Gdf1-201ENSMUST00000207684 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Dhps-201ENSMUST00000078665 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Tmem198-201ENSMUST00000050899 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Cspg5-205ENSMUST00000199736 2107 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Osbpl1a-207ENSMUST00000121808 3030 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Dmrt2-201ENSMUST00000053068 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 C1ql3-201ENSMUST00000061545 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Cux1-206ENSMUST00000176172 4882 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Npas3-201ENSMUST00000101432 5879 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 AC142113.1-201ENSMUST00000214931 801 ntTSL 5 BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 H2-Ab1-201ENSMUST00000040828 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Pstk-201ENSMUST00000075610 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Mrgprf-202ENSMUST00000117718 1935 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Tmem136-202ENSMUST00000213544 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Prdm6-203ENSMUST00000115399 2227 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Rab11fip5-202ENSMUST00000204087 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Grk6-201ENSMUST00000001115 2994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Arrb2-205ENSMUST00000108568 1777 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Fmr1-201ENSMUST00000088546 4409 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Six3-203ENSMUST00000176081 3680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Negr1-201ENSMUST00000041425 2095 ntTSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Mrpl12-201ENSMUST00000043627 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Nfatc2-205ENSMUST00000137451 2369 ntTSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 AC131586.2-201ENSMUST00000228370 1512 ntBASIC16.96■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Mtch2-205ENSMUST00000136872 2596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Cacna1a-201ENSMUST00000121390 7926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Use1Q9CQ56 Hipk2-206ENSMUST00000161779 7684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.96■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.7 ms