Protein–RNA interactions for Protein: Q00780

Col8a1, Collagen alpha-1(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a1Q00780 Mycbp-202ENSMUST00000106202 1536 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 Spint2-202ENSMUST00000108236 1211 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 4931413I07Rik-201ENSMUST00000173637 764 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 Pcyox1-206ENSMUST00000204116 546 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 Ndufa6-201ENSMUST00000023085 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 Il17a-201ENSMUST00000027061 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 Cklf-208ENSMUST00000212433 1304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 Dusp22-203ENSMUST00000110310 2319 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 Tatdn2-201ENSMUST00000089018 3096 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 9530080O11Rik-201ENSMUST00000137239 1475 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 Tub-201ENSMUST00000033341 5997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 Stau2-217ENSMUST00000162751 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 Mmp28-204ENSMUST00000119346 1517 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 Eif2b4-202ENSMUST00000114603 1966 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 Aadat-201ENSMUST00000079472 1972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
Col8a1Q00780 Pelo-201ENSMUST00000109226 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Syt8-202ENSMUST00000105976 1289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Syt8-205ENSMUST00000122393 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Gm15545-202ENSMUST00000141011 899 ntTSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Gm26938-201ENSMUST00000182839 744 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Tpsg1-201ENSMUST00000024999 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Arl2-201ENSMUST00000025893 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Pym1-201ENSMUST00000065210 1156 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Ly6g6d-201ENSMUST00000007259 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Krt5-201ENSMUST00000023709 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Nbl1-201ENSMUST00000042844 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Fam78b-205ENSMUST00000165874 4986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Lzic-201ENSMUST00000030842 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Ergic3-201ENSMUST00000006035 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Lrch3-208ENSMUST00000165616 1875 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 3830408C21Rik-205ENSMUST00000225426 1898 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Cbfb-202ENSMUST00000109392 2891 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Rfk-201ENSMUST00000025617 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Scarb1-201ENSMUST00000086075 2521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Bcl9l-206ENSMUST00000220303 5760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Cacna1a-202ENSMUST00000122053 7589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Prkra-201ENSMUST00000002808 1614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Tbcel-201ENSMUST00000066148 5000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Lpcat3-201ENSMUST00000004381 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Mtmr1-201ENSMUST00000015358 4634 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Picalm-215ENSMUST00000209068 3511 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Mpp6-201ENSMUST00000036225 1896 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Fem1c-201ENSMUST00000036226 5726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Psmg4-201ENSMUST00000124996 474 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Ubtf-207ENSMUST00000128016 1062 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Gm45058-201ENSMUST00000205810 766 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Zfp524-203ENSMUST00000209030 1128 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Gm26709-203ENSMUST00000223260 715 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Olfr279-201ENSMUST00000050451 933 ntAPPRIS P1 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Bricd5-201ENSMUST00000054946 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Ksr1-202ENSMUST00000108264 2748 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Ankrd40-203ENSMUST00000107818 3487 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Fam46a-202ENSMUST00000187711 5648 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Nudt3-201ENSMUST00000025050 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Agfg1-202ENSMUST00000113444 3142 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Zdhhc14-201ENSMUST00000089185 3115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Crtap-201ENSMUST00000084881 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Dnpep-204ENSMUST00000185797 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Prmt9-201ENSMUST00000056237 2781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Celf6-203ENSMUST00000118549 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Tmem79-202ENSMUST00000107552 2063 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Rassf8-203ENSMUST00000111704 5446 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Bpifa3-202ENSMUST00000109746 1102 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Gm42882-201ENSMUST00000201788 506 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Ndufa12-201ENSMUST00000020209 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Hint1-201ENSMUST00000020504 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Rps12-206ENSMUST00000218221 460 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Slc35d2-204ENSMUST00000222168 472 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 AC154471.1-201ENSMUST00000224418 436 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Rprml-201ENSMUST00000057870 1010 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Ntmt1-201ENSMUST00000041830 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Sox12-201ENSMUST00000063332 4169 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Rbbp7-202ENSMUST00000112326 1430 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Gm45623-201ENSMUST00000210744 1457 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Gpc3-202ENSMUST00000114857 1880 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Fam207a-201ENSMUST00000045454 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Uba2-201ENSMUST00000102746 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Nfix-204ENSMUST00000109764 5476 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Cbfb-201ENSMUST00000052209 2883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Ncoa5-202ENSMUST00000121377 2930 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Klhl8-201ENSMUST00000031254 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Cpeb2-204ENSMUST00000166713 6846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Abr-202ENSMUST00000072740 5394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Arhgap35-201ENSMUST00000075845 9147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Tomm6-202ENSMUST00000113302 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Phgr1-202ENSMUST00000130293 542 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Mpdu1-201ENSMUST00000018905 1321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Gm9774-202ENSMUST00000192538 1392 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Gm16475-201ENSMUST00000207306 512 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Gm31727-201ENSMUST00000210102 360 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Gm45631-201ENSMUST00000210318 1244 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Galk1-201ENSMUST00000021114 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 St3gal4-201ENSMUST00000034537 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Lysmd2-201ENSMUST00000034702 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Ephx4-201ENSMUST00000049146 1279 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Scaf8-201ENSMUST00000076734 4869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Gpr137-203ENSMUST00000099776 1569 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Larp4b-201ENSMUST00000091829 5720 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Col8a1Q00780 Fam3c-205ENSMUST00000165576 2826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.9 ms