Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 A930024E05Rik-201ENSMUST00000148466 1896 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Alg5-201ENSMUST00000044567 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Dus1l-202ENSMUST00000106133 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Txndc5-201ENSMUST00000035988 2843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 1810026B05Rik-205ENSMUST00000184855 409 ntTSL 3 BASIC29.61■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Fxyd1-208ENSMUST00000205807 539 ntTSL 3 BASIC29.61■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Klc1-204ENSMUST00000122300 2268 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Casp6-201ENSMUST00000029626 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm4779-203ENSMUST00000147742 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp668-202ENSMUST00000106261 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm17484-201ENSMUST00000167899 2322 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Bex3-202ENSMUST00000113112 826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tmed5-204ENSMUST00000118036 1045 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tpsg1-202ENSMUST00000160377 1040 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm10517-202ENSMUST00000192970 758 ntBASIC29.6■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Ewsr1-204ENSMUST00000093365 1290 ntTSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem80-201ENSMUST00000026578 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Ssu72-201ENSMUST00000030905 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tbc1d25-201ENSMUST00000039892 2648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Klhdc1-201ENSMUST00000063445 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gm43231-201ENSMUST00000202960 2258 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Nr1h2-201ENSMUST00000073488 1999 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tsks-201ENSMUST00000080233 1806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 E030042O20Rik-201ENSMUST00000135244 1427 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Echdc2-204ENSMUST00000116309 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Ccnd3-ps-201ENSMUST00000117963 881 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Tsfm-202ENSMUST00000120547 1271 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Gadd45b-203ENSMUST00000220246 732 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Strn3-201ENSMUST00000013130 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Olig2-201ENSMUST00000035608 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Sybu-208ENSMUST00000228057 3026 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Mycbp-202ENSMUST00000106202 1536 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Pih1d1-201ENSMUST00000085375 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Atg16l2-202ENSMUST00000122116 2083 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Ankle1-202ENSMUST00000120725 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Aadat-201ENSMUST00000079472 1972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 Stk11-201ENSMUST00000003152 2566 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
Ccdc88bQ4QRL3 En2-201ENSMUST00000036177 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm12085-201ENSMUST00000119263 940 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem80-202ENSMUST00000126510 959 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 1700025A08Rik-201ENSMUST00000200753 609 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Casp3-203ENSMUST00000210534 583 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gng11-201ENSMUST00000031670 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Hmces-202ENSMUST00000113606 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 5730507C01Rik-201ENSMUST00000063216 2431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm21362-201ENSMUST00000194272 928 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Metrn-201ENSMUST00000002344 987 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Anks1b-217ENSMUST00000182550 1868 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Sumf1-201ENSMUST00000032191 2593 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Vsig10-201ENSMUST00000086464 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Ctsh-201ENSMUST00000034915 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Rab1b-201ENSMUST00000025804 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 1810062O18Rik-202ENSMUST00000128848 745 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm3331-201ENSMUST00000183423 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm42477-201ENSMUST00000202427 469 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Pdcd2-201ENSMUST00000054450 1120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gzmd-201ENSMUST00000082093 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Nlrp5-ps-201ENSMUST00000044683 1913 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Ccnd3-215ENSMUST00000183044 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Arx-201ENSMUST00000046565 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Azi2-207ENSMUST00000134433 2499 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Eif4a1-213ENSMUST00000163666 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Clcc1-203ENSMUST00000106613 3064 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Lsm6-201ENSMUST00000051867 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Josd2-206ENSMUST00000121922 684 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Adrb3-202ENSMUST00000117565 1336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Setd3-201ENSMUST00000071095 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 1700096K18Rik-201ENSMUST00000188465 1454 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7628-201ENSMUST00000134690 2010 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 2410002F23Rik-217ENSMUST00000188111 2131 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Gaa-202ENSMUST00000106258 1369 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 C630004M23Rik-201ENSMUST00000194765 1682 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Slc17a7-202ENSMUST00000209634 1860 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Ism1-201ENSMUST00000099307 2944 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Ppic-201ENSMUST00000025419 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Guca1a-201ENSMUST00000059348 871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Inhbb-201ENSMUST00000038765 4255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Sh2b3-203ENSMUST00000118580 2393 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Pknox1-203ENSMUST00000175806 2272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Sirt7-201ENSMUST00000080202 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 AI846148-201ENSMUST00000025924 3183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Arl4c-203ENSMUST00000187810 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Rap1b-201ENSMUST00000064667 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd11-206ENSMUST00000154469 1473 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 2810408A11Rik-201ENSMUST00000018714 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Golph3-205ENSMUST00000228671 2842 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Ccl27a-219ENSMUST00000173865 657 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Ndufa12-201ENSMUST00000020209 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Eif3h-201ENSMUST00000022925 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Zc3h15-201ENSMUST00000081591 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Fbxl5-201ENSMUST00000047857 2858 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp800-203ENSMUST00000115321 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Ramp2-202ENSMUST00000122006 899 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Zfp324-204ENSMUST00000210619 447 ntTSL 3 BASIC29.51■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Clk4-201ENSMUST00000093132 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Gm38027-201ENSMUST00000192315 235 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Nudt3-201ENSMUST00000025050 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 2010300C02Rik-203ENSMUST00000162875 4634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Lyl1-201ENSMUST00000037165 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Ccdc88bQ4QRL3 Smtnl2-201ENSMUST00000050226 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.9 ms