Protein–RNA interactions for Protein: Q9ER60

Scn4a, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, mousemouse

Predictions only

Length 1,841 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Scn4aQ9ER60 Hlx-201ENSMUST00000048572 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Sigmar1-202ENSMUST00000071561 1547 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Scn4aQ9ER60 Snhg20-203ENSMUST00000182811 2153 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Tmem254c-202ENSMUST00000100819 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Gm11452-201ENSMUST00000122376 690 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Ndufab1-ps-201ENSMUST00000166096 468 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Gm9694-201ENSMUST00000193347 1189 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Dctn3-201ENSMUST00000030158 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Ttpal-202ENSMUST00000109408 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Agxt-201ENSMUST00000027491 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Etv4-202ENSMUST00000107176 2377 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 A930024E05Rik-201ENSMUST00000148466 1896 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Nek4-204ENSMUST00000226833 1252 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Pigf-201ENSMUST00000024957 988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Gm8994-201ENSMUST00000077886 1236 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Foxo6-201ENSMUST00000102656 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Tcp11-201ENSMUST00000042692 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Edf1-201ENSMUST00000015236 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Gm2651-201ENSMUST00000203560 838 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 AC153845.2-202ENSMUST00000213372 807 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Tmem254b-201ENSMUST00000022418 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Mdfic-202ENSMUST00000120512 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 4930426L09Rik-201ENSMUST00000028069 1459 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Fam166b-201ENSMUST00000052829 1349 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Enkd1-201ENSMUST00000013299 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Gm26871-202ENSMUST00000180774 695 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Gm37722-201ENSMUST00000193757 208 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Pard6a-204ENSMUST00000212352 1234 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Ifi27l2a-201ENSMUST00000055071 463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Lsmem1-201ENSMUST00000095760 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Gm26708-203ENSMUST00000208236 1624 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Klhdc9-201ENSMUST00000061878 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Artn-202ENSMUST00000097913 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Kcnk10-203ENSMUST00000221305 1357 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 1700020A23Rik-202ENSMUST00000110281 521 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 4930458A03Rik-201ENSMUST00000198197 961 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Mfap2-203ENSMUST00000166376 890 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Cd70-201ENSMUST00000019633 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 AC124569.2-201ENSMUST00000225998 818 ntBASIC25.1■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Esco1-202ENSMUST00000097670 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Acsl3-203ENSMUST00000134566 2492 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Tmem250-ps-201ENSMUST00000133808 2483 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Ptar1-201ENSMUST00000099560 2064 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Rerg-204ENSMUST00000149100 635 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Mpst-202ENSMUST00000167140 1279 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Prdx6-201ENSMUST00000051925 959 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Mindy2-202ENSMUST00000213380 2521 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Dvl3-201ENSMUST00000003318 2498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Schip1-205ENSMUST00000182532 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Ccdc69-201ENSMUST00000055040 1402 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Terf2-204ENSMUST00000133925 2666 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Gpr160-204ENSMUST00000108261 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Gm13431-203ENSMUST00000147012 388 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Gm27002-201ENSMUST00000182789 620 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Gm28914-201ENSMUST00000188115 667 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 BC048679-201ENSMUST00000073406 522 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Klhdc3-202ENSMUST00000165007 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Kctd20-204ENSMUST00000122163 2423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Ctdsp1-201ENSMUST00000027367 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 2810468N07Rik-201ENSMUST00000163493 1349 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Gm28051-201ENSMUST00000179306 445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Lce1k-201ENSMUST00000179917 663 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 AC159301.1-201ENSMUST00000225130 1182 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Ssu72-201ENSMUST00000030905 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Gal3st1-201ENSMUST00000063004 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Tmem47-203ENSMUST00000171953 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Scn4aQ9ER60 Trmo-202ENSMUST00000086563 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Irx3-201ENSMUST00000093312 2610 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Dgcr6-208ENSMUST00000153123 920 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Gm27702-201ENSMUST00000184512 56 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Flywch2-201ENSMUST00000024704 694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Fam213b-201ENSMUST00000030935 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 4933427E11Rik-201ENSMUST00000056711 1214 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 3830408C21Rik-206ENSMUST00000225489 1810 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Rhd-201ENSMUST00000030627 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Lgals3-203ENSMUST00000146468 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Eif5a-203ENSMUST00000071026 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Letm2-201ENSMUST00000079160 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Mgarp-202ENSMUST00000108046 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Rfesd-203ENSMUST00000179078 1436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Maff-202ENSMUST00000163691 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Gm45640-201ENSMUST00000210665 1896 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Ypel1-201ENSMUST00000035682 3322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Il9r-204ENSMUST00000142396 1542 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Lyl1-201ENSMUST00000037165 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Rbm38-204ENSMUST00000173393 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Fndc11-202ENSMUST00000108835 1154 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Gm15582-201ENSMUST00000132849 1581 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 4930526A20Rik-201ENSMUST00000134228 941 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Vti1a-206ENSMUST00000225529 1244 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Ets1-202ENSMUST00000050797 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Kcnq2-203ENSMUST00000081528 2382 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Rps27l-203ENSMUST00000127896 575 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Rpl3l-202ENSMUST00000170239 1375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Rtcb-201ENSMUST00000001834 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Cbln2-201ENSMUST00000068423 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Gm11611-201ENSMUST00000134289 1326 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Syne4-208ENSMUST00000176304 1006 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Scn4aQ9ER60 Gm26887-201ENSMUST00000181282 547 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.4 ms