Protein–RNA interactions for Protein: Q9D6Y1

Ccdc3, Coiled-coil domain-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 273 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc3Q9D6Y1 Creb1-203ENSMUST00000171164 1287 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Tpgs1-201ENSMUST00000020552 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Crybb1-201ENSMUST00000031286 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc36-202ENSMUST00000109355 2411 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Phox2b-201ENSMUST00000012664 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Cyp4f15-204ENSMUST00000168171 2168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Gm21596-201ENSMUST00000178049 1316 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Phf23-204ENSMUST00000133485 1607 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Nkiras2-203ENSMUST00000107376 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Marc2-201ENSMUST00000068725 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Gm7628-201ENSMUST00000134690 2010 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Slc25a10-201ENSMUST00000026899 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Eif3j2-201ENSMUST00000057110 2379 ntAPPRIS P1 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Gp5-201ENSMUST00000061190 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Tsc22d1-214ENSMUST00000177207 1476 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Csrp2-201ENSMUST00000020403 1384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Pigp-203ENSMUST00000113910 966 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Gm12356-201ENSMUST00000122854 353 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Gm11527-201ENSMUST00000153795 596 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Cmc1-202ENSMUST00000215799 531 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 AC154649.1-201ENSMUST00000227392 384 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 2810474O19Rik-201ENSMUST00000046689 6066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxl5-204ENSMUST00000119523 2801 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Bmpr1b-203ENSMUST00000106230 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Yipf2-203ENSMUST00000180365 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Gm26694-201ENSMUST00000180868 1902 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Prmt9-201ENSMUST00000056237 2781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 D11Wsu47e-202ENSMUST00000106621 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Cdkl3-206ENSMUST00000109079 2051 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Cdkl3-208ENSMUST00000109081 2063 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Anapc16-204ENSMUST00000182898 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Pkp4-210ENSMUST00000168631 4484 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Gpr137-203ENSMUST00000099776 1569 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Zfp821-206ENSMUST00000212964 2033 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Galnt16-204ENSMUST00000218943 2047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Atf6b-201ENSMUST00000015605 2566 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Cep57-209ENSMUST00000148086 2467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Neil2-201ENSMUST00000038229 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Gm6627-201ENSMUST00000218299 2386 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Dnaja4-202ENSMUST00000120452 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Snca-201ENSMUST00000114268 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Unc50-203ENSMUST00000118059 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 9130019P16Rik-203ENSMUST00000185712 650 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 6530437J22Rik-201ENSMUST00000207515 773 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 4932443I19Rik-204ENSMUST00000214337 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Gm8909-202ENSMUST00000097335 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Pgf-204ENSMUST00000223220 2080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Fzd8-201ENSMUST00000041080 3346 ntAPPRIS P1 BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Nbl1-201ENSMUST00000042844 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Ccdc3Q9D6Y1 Dcun1d1-201ENSMUST00000108182 4980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Fiz1-204ENSMUST00000207030 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Trim67-201ENSMUST00000041106 5694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Cyp4f13-204ENSMUST00000139353 1389 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Prr22-201ENSMUST00000168666 1350 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Naxd-201ENSMUST00000033901 1359 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Gm9885-202ENSMUST00000186234 2209 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Nectin3-201ENSMUST00000023334 3062 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 C230037L18Rik-201ENSMUST00000136218 1886 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Gm2399-201ENSMUST00000104944 225 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Gm13836-201ENSMUST00000121159 501 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Insig2-203ENSMUST00000159085 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Dleu2-210ENSMUST00000183054 722 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Tbkbp1-203ENSMUST00000107614 2391 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Trmt11-201ENSMUST00000019927 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxl5-201ENSMUST00000047857 2858 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem102-201ENSMUST00000051025 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Fzd2-201ENSMUST00000057893 3663 ntAPPRIS P1 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Hmga1-202ENSMUST00000117254 1328 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Lrrc75b-201ENSMUST00000051129 4601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Tmem260-209ENSMUST00000226422 6333 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Pacsin3-215ENSMUST00000168916 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Pacsin3-201ENSMUST00000028694 1862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Zdhhc13-201ENSMUST00000118927 2410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Igf2bp2-201ENSMUST00000100052 3899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Fbxo7-202ENSMUST00000117597 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Pigp-202ENSMUST00000113906 745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 AL672049.1-201ENSMUST00000197943 91 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Atp5c1-201ENSMUST00000026887 1060 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Nrn1-203ENSMUST00000223611 1443 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Nubp1-201ENSMUST00000023146 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Ica1-203ENSMUST00000115519 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Gm43672-201ENSMUST00000199072 1731 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Nsfl1c-203ENSMUST00000103160 1369 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Lrg1-201ENSMUST00000041357 1351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Sdf4-204ENSMUST00000105579 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 3830408C21Rik-206ENSMUST00000225489 1810 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Rpap3-201ENSMUST00000023104 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Atad2b-201ENSMUST00000045664 8035 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Cenps-202ENSMUST00000105695 544 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Tlcd1-203ENSMUST00000108338 714 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Gm715-201ENSMUST00000117865 831 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Pgap3-205ENSMUST00000128897 1264 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Tnfaip8l2-201ENSMUST00000013851 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Dmrta2os-202ENSMUST00000141893 691 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Smim10l1-204ENSMUST00000191462 574 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Josd2-218ENSMUST00000206887 693 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Cst3-201ENSMUST00000028938 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Fxn-201ENSMUST00000081333 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Arid3c-202ENSMUST00000150809 1327 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Ccdc3Q9D6Y1 Fzr1-205ENSMUST00000140901 3057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 23.2 ms