Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

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Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Hebp1-201ENSMUST00000045855 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usf1Q61069 Guca1a-201ENSMUST00000059348 871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usf1Q61069 Lsp1-204ENSMUST00000105967 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usf1Q61069 Klhdc9-201ENSMUST00000061878 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usf1Q61069 Sigmar1-201ENSMUST00000059354 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usf1Q61069 3830408C21Rik-206ENSMUST00000225489 1810 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
Usf1Q61069 Aldh7a1-206ENSMUST00000172734 1880 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
Usf1Q61069 Barx2-201ENSMUST00000116615 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
Usf1Q61069 Slc9a3r2-201ENSMUST00000002572 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
Usf1Q61069 Kcnq2-203ENSMUST00000081528 2382 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
Usf1Q61069 2310035C23Rik-202ENSMUST00000086721 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Tlcd2-202ENSMUST00000108435 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Snx15-207ENSMUST00000154601 767 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Gm14968-201ENSMUST00000155528 769 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Gm6345-202ENSMUST00000180900 204 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Gm4316-202ENSMUST00000212490 1115 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Prss27-201ENSMUST00000059482 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Nkx2-9-201ENSMUST00000072631 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Slc35g2-201ENSMUST00000093792 1590 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Plin1-202ENSMUST00000178257 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Tcp11-201ENSMUST00000042692 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Ppp2ca-201ENSMUST00000020608 7102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 E4f1-205ENSMUST00000226941 2642 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Pias2-202ENSMUST00000114777 4968 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Kctd9-201ENSMUST00000078053 3157 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Il15ra-201ENSMUST00000078834 1600 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Ntng1-204ENSMUST00000106571 1446 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Ntng1-210ENSMUST00000138953 1443 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Acp5-204ENSMUST00000213815 1419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Acp5-206ENSMUST00000217643 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Josd2-203ENSMUST00000118493 922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Josd2-206ENSMUST00000121922 684 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Gm33142-201ENSMUST00000193913 867 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Gm45058-201ENSMUST00000205810 766 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Gm18032-201ENSMUST00000222541 538 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Rprml-201ENSMUST00000057870 1010 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Krt1-201ENSMUST00000023790 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Nab2-202ENSMUST00000099157 2311 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Klhdc3-202ENSMUST00000165007 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Sft2d3-201ENSMUST00000054984 2810 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Nfe2-201ENSMUST00000075192 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Triobp-202ENSMUST00000109688 2553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Chd5-202ENSMUST00000030775 9486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Snx5-201ENSMUST00000028909 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Crocc-202ENSMUST00000097816 6273 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Lrrc36-204ENSMUST00000213547 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Zpbp2-202ENSMUST00000081033 1300 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Dbndd2-204ENSMUST00000109350 1055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 H2-Q6-201ENSMUST00000113879 981 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Tmem60-201ENSMUST00000115259 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Ccdc58-202ENSMUST00000163352 970 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Ccdc58-203ENSMUST00000164916 1096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Gm27463-201ENSMUST00000183569 57 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Ntpcr-201ENSMUST00000034313 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Vpreb1-201ENSMUST00000075017 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Tmem51-201ENSMUST00000036572 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Chadl-201ENSMUST00000072910 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Ptges3-202ENSMUST00000084771 1559 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Esco1-202ENSMUST00000097670 2088 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Mon2-202ENSMUST00000073792 9301 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Best2-201ENSMUST00000059072 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Chn2-201ENSMUST00000046856 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Vav3-201ENSMUST00000046864 5019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Mgst3-201ENSMUST00000028005 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Fgf9-202ENSMUST00000074654 1198 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Adgrl1-207ENSMUST00000141158 8181 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Gse1-202ENSMUST00000118136 4492 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Dpf1-203ENSMUST00000108230 1553 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Runx2-210ENSMUST00000162373 1565 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Glipr2-201ENSMUST00000030202 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Gm45623-201ENSMUST00000210744 1457 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 AC126028.2-201ENSMUST00000228100 1833 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Raph1-202ENSMUST00000090293 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Rrs1-201ENSMUST00000072079 2048 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Ccdc125-202ENSMUST00000170347 1216 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Gm42738-201ENSMUST00000201813 439 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Hsbp1-202ENSMUST00000212468 638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 AC130711.1-201ENSMUST00000224277 906 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Lysmd2-201ENSMUST00000034702 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Lce1i-201ENSMUST00000090866 731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Gfra3-201ENSMUST00000025224 1992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Asph-217ENSMUST00000146441 2576 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Nab2-201ENSMUST00000026469 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Pank2-204ENSMUST00000150843 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Sra1-201ENSMUST00000001415 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Oxsr1-201ENSMUST00000040853 4647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Akp3-201ENSMUST00000044878 1680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Fmnl2-204ENSMUST00000127122 5508 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Igfbp2-201ENSMUST00000047328 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 1810055G02Rik-201ENSMUST00000039048 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Impdh2-201ENSMUST00000081111 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Lmbr1-207ENSMUST00000200564 1598 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Ndufb11-201ENSMUST00000116621 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 5430402O13Rik-201ENSMUST00000126537 869 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Prss40-201ENSMUST00000047840 1275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 C030014I23Rik-201ENSMUST00000080911 1810 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Lin7a-203ENSMUST00000218031 1769 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Gm15751-201ENSMUST00000134552 1862 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 AL591207.1-203ENSMUST00000222401 1380 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Usf1Q61069 Man1a-203ENSMUST00000105470 2847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 15.1 ms