Protein–RNA interactions for Protein: Q61069

Usf1, Upstream stimulatory factor 1, mousemouse

Predictions only

Length 310 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Usf1Q61069 Cul4a-202ENSMUST00000121426 1044 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usf1Q61069 Mir142hg-201ENSMUST00000123700 269 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usf1Q61069 Impa1-204ENSMUST00000191670 1100 ntTSL 2 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usf1Q61069 1700025A08Rik-201ENSMUST00000200753 609 ntBASIC16.71■□□□□ 0.27
Usf1Q61069 Ckm-201ENSMUST00000003643 1235 ntTSL 5 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usf1Q61069 Gm11273-201ENSMUST00000044043 390 ntAPPRIS P1 BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usf1Q61069 Eif1b-201ENSMUST00000007139 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usf1Q61069 Pstk-201ENSMUST00000075610 1135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usf1Q61069 Wtap-204ENSMUST00000159986 3187 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usf1Q61069 Rapgef1-203ENSMUST00000102872 6402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.27
Usf1Q61069 Brpf3-201ENSMUST00000004985 5766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Brd1-201ENSMUST00000088911 4702 ntTSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Lmo4-203ENSMUST00000121796 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Gm8309-201ENSMUST00000206627 1448 ntBASIC16.7■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Slc25a39-202ENSMUST00000107098 1606 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Dtx4-201ENSMUST00000045521 5765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Dnpep-204ENSMUST00000185797 2510 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Ttc14-211ENSMUST00000200271 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Snx20-201ENSMUST00000034087 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Mtg1-201ENSMUST00000036977 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Mdfi-201ENSMUST00000035375 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Rps14-202ENSMUST00000118551 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Ppic-201ENSMUST00000025419 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Hist3h2ba-201ENSMUST00000078267 614 ntAPPRIS P1 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Sptbn4-201ENSMUST00000011895 8747 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Letm2-201ENSMUST00000079160 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Eml2-202ENSMUST00000117338 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.7■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Pcyt2-201ENSMUST00000026129 1881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Fam98b-201ENSMUST00000028825 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Lmtk3-201ENSMUST00000072580 4807 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Kndc1-202ENSMUST00000121839 2210 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Angptl6-201ENSMUST00000043726 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Gbx2-201ENSMUST00000036954 2135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Ankle2-201ENSMUST00000031474 5215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Gnas-205ENSMUST00000109083 730 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Phgr1-202ENSMUST00000130293 542 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Arl4aos-201ENSMUST00000135883 748 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Gm15138-201ENSMUST00000151778 379 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 E030044B06Rik-201ENSMUST00000181195 1266 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Gm38285-201ENSMUST00000192928 922 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 4930554G22Rik-201ENSMUST00000196102 686 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Tsr3-201ENSMUST00000063574 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Pfdn4-201ENSMUST00000063682 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 0610009B22Rik-201ENSMUST00000007921 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Ildr2-204ENSMUST00000192732 2263 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 4930432B10Rik-202ENSMUST00000181330 1612 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Dbf4-207ENSMUST00000171808 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 P2rx2-201ENSMUST00000058016 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Rbbp7-202ENSMUST00000112326 1430 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Npdc1-201ENSMUST00000055921 1412 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Atmin-201ENSMUST00000109099 4877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Gfi1-202ENSMUST00000065478 2639 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Hyal2-207ENSMUST00000195752 2062 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Eml4-203ENSMUST00000112363 5238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Dennd3-201ENSMUST00000043414 5299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Ly6g6d-201ENSMUST00000007259 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Birc5-201ENSMUST00000081387 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Hist1h2aj-201ENSMUST00000091710 352 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Stim2-201ENSMUST00000117661 4934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Fam53a-202ENSMUST00000065119 2009 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Hook2-203ENSMUST00000209764 2516 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
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Usf1Q61069 Foxp1-225ENSMUST00000177229 1848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
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Usf1Q61069 Inmt-201ENSMUST00000003569 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
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Usf1Q61069 E030042O20Rik-201ENSMUST00000135244 1427 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Trim54-201ENSMUST00000013771 1434 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Cpne2-202ENSMUST00000109537 2121 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Rps6ka3-201ENSMUST00000033671 7244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Stx3-202ENSMUST00000069285 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Itga9-201ENSMUST00000044165 7020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Dlk2-202ENSMUST00000166280 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Frat1-201ENSMUST00000087155 2614 ntAPPRIS P1 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Plin1-201ENSMUST00000032762 1916 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Rbm38-204ENSMUST00000173393 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Cdkl3-210ENSMUST00000121591 2387 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Noc2l-202ENSMUST00000179886 2813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Zfp598-201ENSMUST00000047179 3286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Tmem145-201ENSMUST00000108409 2298 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Fam117b-201ENSMUST00000036540 5532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Kctd2-202ENSMUST00000106533 2649 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Ptf1aos-201ENSMUST00000122978 916 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Smim12-201ENSMUST00000142029 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 1810012K08Rik-201ENSMUST00000155199 574 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Gm27741-201ENSMUST00000185060 237 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Slc11a1-211ENSMUST00000187516 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Gm18959-201ENSMUST00000208954 655 ntBASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Rbfox3-202ENSMUST00000069343 1553 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Set-201ENSMUST00000067996 2834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Kcnn2-203ENSMUST00000169783 1625 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Zfyve9-202ENSMUST00000106657 6459 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
Usf1Q61069 Gm6209-202ENSMUST00000194629 1506 ntTSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 21 ms