Protein–RNA interactions for Protein: Q9R1R2

Trim3, Tripartite motif-containing protein 3, mousemouse

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trim3Q9R1R2 Pgf-204ENSMUST00000223220 2080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Myo1b-203ENSMUST00000114537 4618 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Ddx41-201ENSMUST00000021956 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Rad1-201ENSMUST00000022856 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Mprip-203ENSMUST00000108751 4021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Mchr1-201ENSMUST00000166855 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Klc3-203ENSMUST00000108458 1823 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Bmpr1b-203ENSMUST00000106230 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Eid2b-201ENSMUST00000094651 1751 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Negr1-202ENSMUST00000074015 4983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Map7d2-203ENSMUST00000112471 3670 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Speg-206ENSMUST00000122266 917 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Mpig6b-202ENSMUST00000174190 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Gm9780-201ENSMUST00000184272 350 ntTSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 AC121965.1-201ENSMUST00000221422 861 ntTSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Gm9970-201ENSMUST00000068997 558 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Fcrlb-201ENSMUST00000094337 1284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Gm9885-202ENSMUST00000186234 2209 ntBASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Picalm-206ENSMUST00000207484 8209 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Slc35d2-201ENSMUST00000099441 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Iqsec2-207ENSMUST00000168786 5993 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Neurog1-201ENSMUST00000058475 1686 ntAPPRIS P1 BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Rpap3-201ENSMUST00000023104 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Lca5l-201ENSMUST00000054855 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Neil2-201ENSMUST00000038229 1932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Zfp444-203ENSMUST00000108566 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Gpatch2-201ENSMUST00000044812 1639 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Pwwp2b-201ENSMUST00000093993 3057 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Nr4a1-201ENSMUST00000023779 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Gm7628-201ENSMUST00000134690 2010 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Impdh2-201ENSMUST00000081111 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Tsc22d4-205ENSMUST00000110985 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Snhg6-203ENSMUST00000182580 473 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Med30-201ENSMUST00000037115 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Hoxc12-201ENSMUST00000055562 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 E030030I06Rik-201ENSMUST00000069372 876 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Mplkip-201ENSMUST00000049744 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Lonrf2-202ENSMUST00000147695 6932 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Irak1bp1-202ENSMUST00000113245 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Cyp4f15-204ENSMUST00000168171 2168 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Zfp821-206ENSMUST00000212964 2033 ntTSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Mlf2-201ENSMUST00000032214 1451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Gm4779-203ENSMUST00000147742 1991 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Igfbpl1-201ENSMUST00000044297 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Erlin1-202ENSMUST00000112028 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Zfp444-202ENSMUST00000108565 849 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Mpc1-208ENSMUST00000155364 958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Gm29442-201ENSMUST00000188725 724 ntTSL 3 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Gm44899-202ENSMUST00000209433 511 ntTSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Nudt14-202ENSMUST00000221397 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Wasl-202ENSMUST00000041737 1298 ntTSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Slit3-201ENSMUST00000069837 5228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Fem1c-201ENSMUST00000036226 5726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Kcnb1-201ENSMUST00000059826 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Sart1-201ENSMUST00000044207 5091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Paics-201ENSMUST00000031160 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Kcnq5-203ENSMUST00000115300 6975 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Rbm18-201ENSMUST00000028251 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Dxo-211ENSMUST00000180043 1447 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Zmynd10-201ENSMUST00000010188 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Eif3b-201ENSMUST00000100507 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Ism1-201ENSMUST00000099307 2944 ntTSL 5 BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Gm11747-201ENSMUST00000142751 1648 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Fcmr-201ENSMUST00000038829 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Tmem54-203ENSMUST00000106064 1066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Gm13534-201ENSMUST00000121169 513 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 4930467K11Rik-201ENSMUST00000180831 723 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Lgmn-202ENSMUST00000110020 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Pcyt2-203ENSMUST00000106188 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Mrgprf-202ENSMUST00000117718 1935 ntTSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Gm35558-201ENSMUST00000222675 2219 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Tmem245-202ENSMUST00000107609 2643 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Cdkl3-206ENSMUST00000109079 2051 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Cdkl3-208ENSMUST00000109081 2063 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Tnrc6c-202ENSMUST00000106344 8847 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Fbxw5-201ENSMUST00000015239 2388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Pqlc1-201ENSMUST00000070135 1911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Tmem234-215ENSMUST00000173758 453 ntTSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 A730056A06Rik-202ENSMUST00000206959 526 ntTSL 3 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Tssk2-201ENSMUST00000055374 1387 ntAPPRIS P1 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Znrf1-205ENSMUST00000172856 4600 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Mtg1-201ENSMUST00000036977 1595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Coq9-201ENSMUST00000034234 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Sox12-201ENSMUST00000063332 4169 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Smad7-201ENSMUST00000026999 4278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Rarb-207ENSMUST00000225921 2756 ntBASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Lrrc75b-201ENSMUST00000051129 4601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Mgarp-202ENSMUST00000108046 1409 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 H2-Q7-201ENSMUST00000071951 1406 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 H2-Q7-203ENSMUST00000078205 1419 ntTSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Abr-202ENSMUST00000072740 5394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Ddx39b-203ENSMUST00000173731 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Fbxo30-201ENSMUST00000070300 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Gm6627-201ENSMUST00000218299 2386 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Fbxo17-201ENSMUST00000032818 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Mrpl52-204ENSMUST00000199195 463 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 4930413G21Rik-201ENSMUST00000205998 993 ntBASIC17.21■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Cystm1-201ENSMUST00000050584 831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Jkamp-201ENSMUST00000057257 1292 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Trim3Q9R1R2 Tmem53-201ENSMUST00000062824 991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.2 ms